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Ccfreesia

铜虫 (小有名气)

[求助] 表面弛豫问题求助已有1人参与

研究吸附问题时,吸附剂表面的原子需要固定么,
我将表面三层弛豫,底层固定,把吸附分子放在吸附位后进行结构优化,完成后表面原子发生了位移,表面已经乱了,
是不是我做的弛豫有问题呢,还是应该改为只在z方向上弛豫???
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Pan1Peter

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
Ccfreesia: 金币+5, ★★★很有帮助 2016-07-06 22:09:46
就我而言,有两个方法解决,只做z方向的变化,或者是在做变化时可以勾选主geometry optimization
2楼2016-07-06 15:55:32
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Ccfreesia

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by Pan1Peter at 2016-07-06 15:55:32
就我而言,有两个方法解决,只做z方向的变化,或者是在做变化时可以勾选主geometry optimization

做变化时可以勾选主geometry optimization是什么意思呢。。。弱弱的问一句 fix  cartesian坐标和fix fractional 坐标的区别是什么啊。。。
3楼2016-07-06 21:31:49
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080908010

铁杆木虫 (著名写手)

既然选择了,我们都已无法全身而退。
4楼2016-07-07 17:54:11
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不取俗名

木虫 (正式写手)

1. 吸附分子和基底的间距是多少?

发自小木虫Android客户端
5楼2016-07-07 18:27:48
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不取俗名

木虫 (正式写手)

6楼2016-07-07 18:28:15
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不取俗名

木虫 (正式写手)

7楼2016-07-07 18:28:31
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不取俗名

木虫 (正式写手)

4. 一般固定下两层,上两层relax就好了

发自小木虫Android客户端
8楼2016-07-07 18:29:08
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Ccfreesia

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 不取俗名 at 2016-07-07 18:27:48
1. 吸附分子和基底的间距是多少?

在不同吸附位上选的间距不同,放在hollow位和bridge位上会变乱,top位上根据分子键长取得大概值,优化后不会变乱。hollow位我直接用的create centroid,放在了中间位置,这样做有问题么,还是要通过计算把吸附分子放在与中间位置有一定距离的地方呢?
9楼2016-07-08 11:21:28
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Ccfreesia

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 不取俗名 at 2016-07-07 18:28:31
3. 真空层厚度

厚度是经过计算选取的,这个应该没什么问题
10楼2016-07-08 11:22:11
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