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Ccfreesia

铜虫 (小有名气)
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8楼: Originally posted by 不取俗名 at 2016-07-07 18:29:08
4. 一般固定下两层，上两层relax就好了

我看文献中也有固定下面一层，上三层relax的，这个是根据什么设定的呢，需要做测试吗？？
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11楼2016-07-08 11:23:49
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Ccfreesia

铜虫 (小有名气)
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4楼: Originally posted by 080908010 at 2016-07-07 17:54:11
建模没建好

您是指吸附分子放的位置不对么？？还是基底模型呢？
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12楼2016-07-08 11:24:38
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Ccfreesia

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 不取俗名 at 2016-07-07 18:28:15
2. 你建模的过程

建模过程也是根据类似文献中进行操作的。。。什么问题会造成这种结果呢?求指点
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13楼2016-07-08 11:26:12
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080908010

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
12楼: Originally posted by Ccfreesia at 2016-07-08 11:24:38
您是指吸附分子放的位置不对么？？还是基底模型呢？...

吸附分子位置没调好

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既然选择了，我们都已无法全身而退。
14楼2016-07-08 12:41:10
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朱全喜

新虫 (小有名气)
吸附分子是什么，可能是与基底之间相互作用太强。这样的话一般就是在选择好吸附位后只驰豫Z方向。

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15楼2016-07-08 13:08:05
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Ccfreesia

铜虫 (小有名气)
是汞原子，有人说只弛豫z方向是不科学的，除非确定在x,y方向没有发生位移，这种说法是对的么?

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16楼2016-07-08 13:32:52
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Ccfreesia

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
15楼: Originally posted by 朱全喜 at 2016-07-08 13:08:05
吸附分子是什么，可能是与基底之间相互作用太强。这样的话一般就是在选择好吸附位后只驰豫Z方向。

是汞原子，有人说只弛豫z方向是不科学的，除非确定在x,y方向没有发生位移，这种说法是对的么?

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17楼2016-07-08 13:33:19
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不取俗名

木虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by Ccfreesia at 2016-07-08 11:21:28
在不同吸附位上选的间距不同，放在hollow位和bridge位上会变乱，top位上根据分子键长取得大概值，优化后不会变乱。hollow位我直接用的create centroid，放在了中间位置，这样做有问题么，还是要通过计算把吸附分子 ...

那就放atop位好了

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18楼2016-07-08 13:57:48
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Ccfreesia

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
18楼: Originally posted by 不取俗名 at 2016-07-08 13:57:48
那就放atop位好了
...

额，只考虑top位?其它位点不用考虑，这样可以么?

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19楼2016-07-08 14:45:25
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Ccfreesia

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
18楼: Originally posted by 不取俗名 at 2016-07-08 13:57:48
那就放atop位好了
...

不是要放在不同位点，优化后比较吸附能，然后判断更倾向于吸附哪个位点么？

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20楼2016-07-08 14:46:51
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