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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 表面弛豫问题求助
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Ccfreesia

铜虫 (小有名气)

[求助] 表面弛豫问题求助已有1人参与

研究吸附问题时，吸附剂表面的原子需要固定么，
我将表面三层弛豫，底层固定，把吸附分子放在吸附位后进行结构优化，完成后表面原子发生了位移，表面已经乱了，
是不是我做的弛豫有问题呢，还是应该改为只在z方向上弛豫？？？
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1楼2016-07-04 22:51:12
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Ccfreesia

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Pan1Peter at 2016-07-06 15:55:32
就我而言，有两个方法解决，只做z方向的变化，或者是在做变化时可以勾选主geometry optimization

做变化时可以勾选主geometry optimization是什么意思呢。。。弱弱的问一句 fix  cartesian坐标和fix fractional 坐标的区别是什么啊。。。
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3楼2016-07-06 21:31:49
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Ccfreesia

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 不取俗名 at 2016-07-07 18:27:48
1. 吸附分子和基底的间距是多少？

在不同吸附位上选的间距不同，放在hollow位和bridge位上会变乱，top位上根据分子键长取得大概值，优化后不会变乱。hollow位我直接用的create centroid，放在了中间位置，这样做有问题么，还是要通过计算把吸附分子放在与中间位置有一定距离的地方呢？
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9楼2016-07-08 11:21:28
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铜虫 (小有名气)
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7楼: Originally posted by 不取俗名 at 2016-07-07 18:28:31
3. 真空层厚度

厚度是经过计算选取的，这个应该没什么问题
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10楼2016-07-08 11:22:11
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铜虫 (小有名气)
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8楼: Originally posted by 不取俗名 at 2016-07-07 18:29:08
4. 一般固定下两层，上两层relax就好了

我看文献中也有固定下面一层，上三层relax的，这个是根据什么设定的呢，需要做测试吗？？
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11楼2016-07-08 11:23:49
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铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 080908010 at 2016-07-07 17:54:11
建模没建好

您是指吸附分子放的位置不对么？？还是基底模型呢？
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12楼2016-07-08 11:24:38
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铜虫 (小有名气)
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6楼: Originally posted by 不取俗名 at 2016-07-07 18:28:15
2. 你建模的过程

建模过程也是根据类似文献中进行操作的。。。什么问题会造成这种结果呢?求指点
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13楼2016-07-08 11:26:12
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Ccfreesia

铜虫 (小有名气)
是汞原子，有人说只弛豫z方向是不科学的，除非确定在x,y方向没有发生位移，这种说法是对的么?

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16楼2016-07-08 13:32:52
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铜虫 (小有名气)
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15楼: Originally posted by 朱全喜 at 2016-07-08 13:08:05
吸附分子是什么，可能是与基底之间相互作用太强。这样的话一般就是在选择好吸附位后只驰豫Z方向。

是汞原子，有人说只弛豫z方向是不科学的，除非确定在x,y方向没有发生位移，这种说法是对的么?

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17楼2016-07-08 13:33:19
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Ccfreesia

铜虫 (小有名气)
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18楼: Originally posted by 不取俗名 at 2016-07-08 13:57:48
那就放atop位好了
...

额，只考虑top位?其它位点不用考虑，这样可以么?

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19楼2016-07-08 14:45:25
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