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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)

[求助] ABI SOLID测序平台的接头序列(adapter)有哪些,如何找呢?谢谢

请教一下,有朋友了解 ABI SOLID测序平台吗?
我有一组来自ABI SOLID测序平台的RNA测序fastq结果。现在想进行去接头的处理,但是不知道ABI SOLID的接头序列是哪些?
有朋友了解吗?能提示一下,谢谢!!
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by ygidtu at 2016-06-21 11:49:31
fastqc里有一项是adapter content,你看一下这个曲线,如果有波动代表有接头,平的为0,就是没有接头。一般来说GEO上的数据都是去过接头的,那项内容合格就没有任何问题了
...

fastqc里adapter content我看了,有波动,比较低。你说的GEO数据是…………??我是在NCBI的SRA上下载的(可能不是很懂)。
7楼2016-06-21 17:09:33
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ygidtu

新虫 (正式写手)

★ ★
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2016-06-20 07:39:56
测序平台的官网,是有各种他们用的接头序列的,你找到那个文件。然后fastqc看一下最多的那些重复序列,去跟官网的接头序列比对一下,一般能找到。PS:你既然测了序,直接问测序公司,他们应该会告诉你才对

发自小木虫Android客户端
2楼2016-06-19 23:42:45
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ygidtu at 2016-06-19 23:42:45
测序平台的官网,是有各种他们用的接头序列的,你找到那个文件。然后fastqc看一下最多的那些重复序列,去跟官网的接头序列比对一下,一般能找到。PS:你既然测了序,直接问测序公司,他们应该会告诉你才对
...

我是从NCBI上下载的SRA数据。所以问不了公司。
3楼2016-06-21 10:53:59
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ygidtu at 2016-06-19 23:42:45
测序平台的官网,是有各种他们用的接头序列的,你找到那个文件。然后fastqc看一下最多的那些重复序列,去跟官网的接头序列比对一下,一般能找到。PS:你既然测了序,直接问测序公司,他们应该会告诉你才对
...

一般接头序列的长度是多少啊?
我用fastqc看了下,出现最多的只有一条就是"NNNNNNNN…………………………"
4楼2016-06-21 10:56:23
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