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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » ABI SOLID测序平台的接头序列（adapter）有哪些，如何找呢？谢谢
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)

[求助] ABI SOLID测序平台的接头序列（adapter）有哪些，如何找呢？谢谢

请教一下，有朋友了解 ABI SOLID测序平台吗？
我有一组来自ABI SOLID测序平台的RNA测序fastq结果。现在想进行去接头的处理，但是不知道ABI SOLID的接头序列是哪些？
有朋友了解吗？能提示一下，谢谢！！
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1楼 2016-06-19 18:36:56
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ygidtu

新虫 (正式写手)
★ ★
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2016-06-20 07:39:56
测序平台的官网，是有各种他们用的接头序列的，你找到那个文件。然后fastqc看一下最多的那些重复序列，去跟官网的接头序列比对一下，一般能找到。PS:你既然测了序，直接问测序公司，他们应该会告诉你才对

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2楼2016-06-19 23:42:45
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ygidtu at 2016-06-19 23:42:45
测序平台的官网，是有各种他们用的接头序列的，你找到那个文件。然后fastqc看一下最多的那些重复序列，去跟官网的接头序列比对一下，一般能找到。PS:你既然测了序，直接问测序公司，他们应该会告诉你才对
...

我是从NCBI上下载的SRA数据。所以问不了公司。
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3楼2016-06-21 10:53:59
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ygidtu at 2016-06-19 23:42:45
测序平台的官网，是有各种他们用的接头序列的，你找到那个文件。然后fastqc看一下最多的那些重复序列，去跟官网的接头序列比对一下，一般能找到。PS:你既然测了序，直接问测序公司，他们应该会告诉你才对
...

一般接头序列的长度是多少啊？
我用fastqc看了下，出现最多的只有一条就是"NNNNNNNN…………………………"
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4楼2016-06-21 10:56:23
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ygidtu

新虫 (正式写手)
fastqc里有一项是adapter content，你看一下这个曲线，如果有波动代表有接头，平的为0，就是没有接头。一般来说GEO上的数据都是去过接头的，那项内容合格就没有任何问题了

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5楼2016-06-21 11:49:31
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billie113
祝福
6楼2016-06-21 13:27:13
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by ygidtu at 2016-06-21 11:49:31
fastqc里有一项是adapter content，你看一下这个曲线，如果有波动代表有接头，平的为0，就是没有接头。一般来说GEO上的数据都是去过接头的，那项内容合格就没有任何问题了
...

fastqc里adapter content我看了，有波动，比较低。你说的GEO数据是…………？？我是在NCBI的SRA上下载的（可能不是很懂）。
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7楼2016-06-21 17:09:33
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ygidtu

新虫 (正式写手)
如果都接近为0，只有最开始的那一段有点起伏，那就不用管了

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8楼2016-06-21 17:26:31
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好好照顾

新虫 (初入文坛)
请问楼主这个问题解决了没有，我也有想同的问题

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9楼2017-06-18 19:58:25
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