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西大慢慢铁虫 (著名写手)
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怎么鉴定crispr/cas9单敲和双敲小鼠 已有1人参与
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各位大神，我想请教一个问题，我目前通过crispr/cas9系统敲除了小鼠某个基因，通过PCR获得了该基因的片段，通过测序发现敲除的片段只有20bp,因此不能通过凝胶电泳分离目的基因鉴定小鼠属于野生，单敲，双敲（如果敲除的片段足够大，通过凝胶电泳可以发现，双敲的片段小跑的距离远，野生的片段大跑的慢，单敲的会出现两条带从而鉴别开来）。但通过测序我们可以鉴定出野生型以及单敲、双敲，而不能区分双敲和单敲，因为它们的测序结果在敲除片段的峰都是杂峰。因而，我们将PCR产物通过TA克隆然后转入大肠杆菌中培养，然后随机的挑选菌落，每个菌落培养后，再测序，并且与该基因序列对比，如果有一条序列不完整为单敲，两条不完整为双敲。然后我的问题是，通过TA克隆的载体转入大肠杆菌后，连接不同的基因型载体的大肠杆菌是分布在不同的菌落吗？或者换句话说，将不同大小的基因片段克隆在同一种质粒载体转化进入大肠杆菌，在同一个培养皿中培养，它们会分布在不同的菌落上吗？或者你们是怎样鉴定这种小鼠基因型的 发自小木虫Android客户端 |
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用酶切的方法可以吗？讲靶位点上下的一小段序列扩增出来，因为片段小，然后搜寻只在靶位点工作的酶切酶，酶切后，敲出的应该不会发生酶切的。所以如果单敲的应该有三条带，双敲的只有一条带。你觉得可以吗？ 发自小木虫Android客户端 |
10楼2016-06-15 21:23:57
armigera
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每个菌落都是由一种菌生长起来的，而每个菌里面的质粒在你能看到菌落的时候都是单一的（因为有质粒不兼容性），所以你这个方法理论上是可以的。可能会遇到不同大小质粒分布数量不同，但你这是定性实验，多挑几个就能解决。 发自小木虫Android客户端 |
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西大慢慢2楼2016-06-12 09:00:28
armigera
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4楼2016-06-12 10:36:38
