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西大慢慢

铁虫 (著名写手)

[求助] 怎么鉴定crispr/cas9单敲和双敲小鼠 已有1人参与

各位大神,我想请教一个问题,我目前通过crispr/cas9系统敲除了小鼠某个基因,通过PCR获得了该基因的片段,通过测序发现敲除的片段只有20bp,因此不能通过凝胶电泳分离目的基因鉴定小鼠属于野生,单敲,双敲(如果敲除的片段足够大,通过凝胶电泳可以发现,双敲的片段小跑的距离远,野生的片段大跑的慢,单敲的会出现两条带从而鉴别开来)。但通过测序我们可以鉴定出野生型以及单敲、双敲,而不能区分双敲和单敲,因为它们的测序结果在敲除片段的峰都是杂峰。因而,我们将PCR产物通过TA克隆然后转入大肠杆菌中培养,然后随机的挑选菌落,每个菌落培养后,再测序,并且与该基因序列对比,如果有一条序列不完整为单敲,两条不完整为双敲。然后我的问题是,通过TA克隆的载体转入大肠杆菌后,连接不同的基因型载体的大肠杆菌是分布在不同的菌落吗?或者换句话说,将不同大小的基因片段克隆在同一种质粒载体转化进入大肠杆菌,在同一个培养皿中培养,它们会分布在不同的菌落上吗?或者你们是怎样鉴定这种小鼠基因型的

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armigera

金虫 (正式写手)

我们原来是在这20bp的区域设计引物,如果不能pcr出来说明双敲,p出来量少为单敲,量多为野生

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3楼2016-06-12 09:03:15
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西大慢慢

铁虫 (著名写手)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by armigera at 2016-06-12 09:00:28
每个菌落都是由一种菌生长起来的,而每个菌里面的质粒在你能看到菌落的时候都是单一的(因为有质粒不兼容性),所以你这个方法理论上是可以的。可能会遇到不同大小质粒分布数量不同,但你这是定性实验,多挑几个就能 ...

谢谢,我再问一问可不可以通过聚丙烯酰胺凝胶电泳将片段为20bp差异的分开,如果可以的话就可以不用测序了

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4楼2016-06-12 10:36:38
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armigera

金虫 (正式写手)


myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰·手有余香,谢谢你的理解与支持。祝您科研顺利,文章多多。 2016-06-12 19:38:46
每个菌落都是由一种菌生长起来的,而每个菌里面的质粒在你能看到菌落的时候都是单一的(因为有质粒不兼容性),所以你这个方法理论上是可以的。可能会遇到不同大小质粒分布数量不同,但你这是定性实验,多挑几个就能解决。

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2楼2016-06-12 09:00:28
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西大慢慢

铁虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by armigera at 2016-06-12 09:03:15
我们原来是在这20bp的区域设计引物,如果不能pcr出来说明双敲,p出来量少为单敲,量多为野生

那可不可以通过聚丙烯酰胺凝胶电泳将20个bp大小差异的DNA片段分离开来

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5楼2016-06-12 10:38:07
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armigera

金虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 西大慢慢 at 2016-06-12 10:36:38
谢谢,我再问一问可不可以通过聚丙烯酰胺凝胶电泳将片段为20bp差异的分开,如果可以的话就可以不用测序了
...

足够长的聚丙烯酰胺凝胶电泳可以分1bp

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6楼2016-06-12 10:43:49
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西大慢慢

铁虫 (著名写手)

送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by armigera at 2016-06-12 10:43:49
足够长的聚丙烯酰胺凝胶电泳可以分1bp
...

谢谢,我的片段是600bp左右,相差20的话就可以跑出来是吧?

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7楼2016-06-12 11:10:05
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とうあらわ

新虫 (小有名气)

请问下双敲是什么意思呢?

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8楼2016-06-13 00:55:23
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西大慢慢

铁虫 (著名写手)

双敲就是同一基因在两条染色体上都敲除了

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9楼2016-06-13 07:24:16
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とうあらわ

新虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 西大慢慢 at 2016-06-13 07:24:16
双敲就是同一基因在两条染色体上都敲除了

用酶切的方法可以吗?讲靶位点上下的一小段序列扩增出来,因为片段小,然后搜寻只在靶位点工作的酶切酶,酶切后,敲出的应该不会发生酶切的。所以如果单敲的应该有三条带,双敲的只有一条带。你觉得可以吗?

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10楼2016-06-15 21:23:57
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