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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 基因组未知基因验证
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wangxu1017

银虫 (初入文坛)

[求助] 基因组未知基因验证 已有3人参与

各位大虾：
本人通过二代测序获得一株食品中分离的单增李斯特菌(食源性致病菌，革兰氏阳性菌)基因组，通过比较基因组比对发现3个基因组岛含有假定蛋白并没有在其他细菌中发现，请问如何鉴定这个基因？是否要进行蛋白质组学确定有基因功能，或者更简便的方法确定其有蛋白质功能，还是直接进行敲除实验？谢谢
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超越自我i
1楼 2016-06-05 00:34:22
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原海亮

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wangxu1017: 金币+3, ★★★很有帮助 2016-06-06 15:07:09
通常的思维逻辑是这样的，分子生物学上通常是，参考比对序列同源性较高的已知序列，推测酶功能，也就是你做的基因组比对，接下来从两个大方面可以进行，一个是体内验证，也就是你说的基因敲除，当然还有敲除后的基因回补，这可以在原始菌株内验证其真实功能；另一个是体外验证，即做异源表达来纯化获得该基因的蛋白，在体外进行蛋白功能研究。最后其他学科方向都会有不同的研究方式，蛋白组学，生物信息学，生物转化等等，对于没有思路的，个人觉得参考现有的相似蛋白研究成果是必要的，祝好！！

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天空才是极限，我有信心飞的更高！
2楼2016-06-05 08:17:09
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wangxu1017

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 原海亮 at 2016-06-05 08:17:09
通常的思维逻辑是这样的，分子生物学上通常是，参考比对序列同源性较高的已知序列，推测酶功能，也就是你做的基因组比对，接下来从两个大方面可以进行，一个是体内验证，也就是你说的基因敲除，当然还有敲除后的基因 ...

谢谢，是不是参照现有蛋白可以在NCBI或者其他类似网站比对寻找？那么如果这些未知蛋白是假定的，没有比对结果，那只有凭运气咯。

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超越自我i
3楼2016-06-05 10:11:29
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nanhu1984

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

没有捷径，只能通过常规分子生物学方法验证蛋白质功能
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https://www.microbialgenomic.cn/
4楼2016-06-25 23:34:56
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biosci

捐助贵宾 (职业作家)
重组蛋白体外功能表征，或者直接敲除，也可以体内过表达

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5楼2016-06-26 20:58:18
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leonscu

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 原海亮 at 2016-06-05 08:17:09
通常的思维逻辑是这样的，分子生物学上通常是，参考比对序列同源性较高的已知序列，推测酶功能，也就是你做的基因组比对，接下来从两个大方面可以进行，一个是体内验证，也就是你说的基因敲除，当然还有敲除后的基因 ...

您好，可以线下交流一下技术问题吗？
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lessismore.
6楼2017-05-09 14:04:30
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二十一业

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

1、可能是基因组注释的原因，测序公司所用的数据库或者方法没能将该基因的功能注释出来，可先自己再确认一下该蛋白是否确定未知功能。
2、可能是未被研究清楚的基因，利用实验方法，如楼上所说的敲除回补实验结合表型判断或者别的试验方法判断。
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7楼2017-05-10 10:32:50
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