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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » autodock 对接参数设置问题
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ZXG分子对接

金虫 (小有名气)

[求助] autodock 对接参数设置问题 已有1人参与

请问一下用autodock对接含金属离子的蛋白，我查了一下需要添加力场参数到ADT-paramter.dat里面，但是我没有这个文件，是需要自己创建吗？ 用的是win系统。

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1楼 2016-05-31 10:56:02
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

这个文件是有的，在你的安装文件夹中找找
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2楼2016-06-04 10:58:46
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ZXG分子对接

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by longytu at 2016-06-04 10:58:46
这个文件是有的，在你的安装文件夹中找找

谢谢~还有一个问题加电荷是add.kollman charge 还是compute gasteiger？有什么区别吗？我刚接触这个，不是很了解。

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3楼2016-06-04 11:10:52
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by ZXG分子对接 at 2016-06-04 11:10:52
谢谢~还有一个问题加电荷是add.kollman charge 还是compute gasteiger？有什么区别吗？我刚接触这个，不是很了解。
...

一般选择compute gasteiger就可以
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4楼2016-06-04 13:32:01
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linkaiglk

金虫 (著名写手)
你好 能请教你吗？我想学一下用AutoDock建立多肽与大分子蛋白对接模型
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5楼2016-07-26 22:13:15
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ZXG分子对接

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by linkaiglk at 2016-07-26 22:13:15
你好 能请教你吗？我想学一下用AutoDock建立多肽与大分子蛋白对接模型

不好意思啊，我是初学者。。。。

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6楼2016-07-28 11:20:42
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whhvaliant

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by ZXG分子对接 at 2016-07-28 07:20:42
不好意思啊，我是初学者。。。。
...

请问，怎么在ADT-paramter.dat里添加参数文件，具体怎么操作？金属离子参数文件在哪儿找?
已经困扰很久，不胜感激！！
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7楼2018-10-22 14:59:11
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wh-joseph

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by ZXG分子对接 at 2016-06-04 11:10:52
谢谢~还有一个问题加电荷是add.kollman charge 还是compute gasteiger？有什么区别吗？我刚接触这个，不是很了解。
...

你好，请问您找到ADT-paramter.dat文件了吗？在哪里呀
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8楼2019-10-14 21:01:40
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