24小时热门版块排行榜    

查看: 2796  |  回复: 7

ZXG分子对接

金虫 (小有名气)

[求助] autodock 对接参数设置问题 已有1人参与

请问一下用autodock对接含金属离子的蛋白,我查了一下需要添加力场参数到ADT-paramter.dat里面,但是我没有这个文件,是需要自己创建吗? 用的是win系统。

发自小木虫Android客户端
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

autodock

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longytu

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

这个文件是有的,在你的安装文件夹中找找
2楼2016-06-04 10:58:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ZXG分子对接

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by longytu at 2016-06-04 10:58:46
这个文件是有的,在你的安装文件夹中找找

谢谢~还有一个问题加电荷是add.kollman charge 还是compute gasteiger?有什么区别吗?我刚接触这个,不是很了解。

发自小木虫Android客户端
3楼2016-06-04 11:10:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longytu

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by ZXG分子对接 at 2016-06-04 11:10:52
谢谢~还有一个问题加电荷是add.kollman charge 还是compute gasteiger?有什么区别吗?我刚接触这个,不是很了解。
...

一般选择compute gasteiger就可以
4楼2016-06-04 13:32:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

linkaiglk

金虫 (著名写手)

你好 能请教你吗?我想学一下用AutoDock建立多肽与大分子蛋白对接模型
5楼2016-07-26 22:13:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ZXG分子对接

金虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by linkaiglk at 2016-07-26 22:13:15
你好 能请教你吗?我想学一下用AutoDock建立多肽与大分子蛋白对接模型

不好意思啊,我是初学者。。。。

发自小木虫Android客户端
6楼2016-07-28 11:20:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whhvaliant

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by ZXG分子对接 at 2016-07-28 07:20:42
不好意思啊,我是初学者。。。。
...

请问,怎么在ADT-paramter.dat里添加参数文件,具体怎么操作?金属离子参数文件在哪儿找?
已经困扰很久,不胜感激!!
7楼2018-10-22 14:59:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wh-joseph

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by ZXG分子对接 at 2016-06-04 11:10:52
谢谢~还有一个问题加电荷是add.kollman charge 还是compute gasteiger?有什么区别吗?我刚接触这个,不是很了解。
...

你好,请问您找到ADT-paramter.dat文件了吗?在哪里呀
8楼2019-10-14 21:01:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 ZXG分子对接 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 3/150 2026-11-10 01:40 by FChKX8meu1ds
[考博] 27博士申请 +3 白白白ly 2026-11-09 3/150 2026-11-09 21:39 by szq0819
[文学芳草园] 厉娜 +3 张丹枫1991 2026-11-09 5/250 2026-11-09 16:53 by 张丹枫1991
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 kvewwGtKktqB 2026-11-04 12/600 2026-11-09 13:26 by Equinoxhua
[考研] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 15/750 2026-11-09 13:19 by Equinoxhua
[考博] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 15/750 2026-11-09 11:41 by GwrQVVR6Oenx
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 10/500 2026-11-09 08:00 by IhnEQauGmT3K
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 12/600 2026-11-09 06:32 by l48hFd8Nwae2
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 8/400 2026-11-09 00:14 by l48hFd8Nwae2
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 8/400 2026-11-08 23:01 by l48hFd8Nwae2
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 9/450 2026-11-08 22:46 by l48hFd8Nwae2
[教师之家] 延安大学回应“副教授留绝笔信”:确已离世,正核实举报内容 +3 yexuqing 2026-11-04 5/250 2026-11-07 13:22 by 苏东坡二世
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 10/500 2026-11-06 16:12 by 5sJFDKp2kwuI
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +6 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 12/600 2026-11-06 16:10 by 5sJFDKp2kwuI
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 11/550 2026-11-06 16:10 by 5sJFDKp2kwuI
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 kvewwGtKktqB 2026-11-04 14/700 2026-11-06 05:10 by qL1cU46YIdK0
[考博] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 7/350 2026-11-06 02:13 by qL1cU46YIdK0
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 10/500 2026-11-06 02:04 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 9/450 2026-11-06 02:02 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 hNpp4Y2CGvSC 2026-11-04 12/600 2026-11-06 01:53 by qL1cU46YIdK0
信息提示
请填处理意见