24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 828  |  回复: 6
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

jolinluo

铁虫 (小有名气)

[交流] 【求助】Amorphous Cell构建带苯环刚性聚合物链体系

我要键的高分子链是很多苯环的刚性体系。amorphous cell constuction过程中报错,检查*.acclog文件的提示为: Catenation or spearing found
       就是在建立链的过程中,出现了苯环穿越或者刺穿其他苯环才能保持链的连续性的情况。我现在把初始密度降到足够低0.1g/cc,并且在preferences tab中将dynamic steps = 10000, minimazation steps = 8000, 还是会报错。请问有经验的高手,除此外哪些参数可以调节从而顺利建好一条刚性链。非常感谢

[ Last edited by lei0736 on 2008-11-4 at 22:02 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuerainsea

★ ★ ★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
zxzj05(金币+2,VIP+0):3Q! ^_^ 多多支持! 5-26 11:46
你看的那个文献我也看过,我个人认为不是说之前加入10个甲烷分子,而是建的时候加入10个或100个甲烷分子,造成阻碍。我做的分子也有苯环和双键,我用这种方法还是失败。不过你还是可以试试。另外,可以调节一下建盒子的参数,比如lookahead bond之类的,还有就是我发现有的时候成功,有的时候失败,不知道和软件的稳定性有什么关系,还是聚合物构象相关
4楼2008-11-03 09:28:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

yijun0516

铜虫 (小有名气)

★ ★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
zxzj05(金币+1,VIP+0):3Q! ^_^ 多多支持! 5-26 11:45
不知道你要建的具体结构,还有两个方面要注意:1 建repeat unit的时候, 指定的head atom 和tail atom最好相距最远 2 建polymer 的时候torsion是可以调整的
2楼2008-11-02 10:15:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jolinluo

铁虫 (小有名气)

我的体系的repeat unit几乎完全刚性,都是双键和苯环。其实这个问题是由于链构建过程中1个键1个键插入造成的。当插入苯环的第1个键的时候可以随意,但第2个键就有方向性了,总的6个原子要在一个平面上,结果发现排不下去,硬排下去就会发生环间的穿越。 搜到文献中指出,对带苯环的刚性链体系,可以在建polymer的amorphous cell 之前插入一些小分子如甲烷分子,造成一些阻碍,这样会一定程度上阻止苯环穿越。现在我想问,怎样在amorphous cell建聚合物之前先加入小分子?
非常感谢
3楼2008-11-02 19:34:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jolinluo

铁虫 (小有名气)

嗯,正在尝试。这种方法概率上也不能保证100%的成功。不过lookahead bond之类应该有用,提前看6个键(苯环平面的)估计有帮助。
另外一个有意思的现象时,在建amorphous cell的过程中,其实是先在初始预设的低密度盒子内排好多链,然后再渐渐缩小盒子。如果初始要10个构型,它先排好10个大的box,然后逐一缩小每个box。我发现有的box缩小成功,有的在minimazation时会失败。因此,估计在建amorphous cell前充分将单链minimazation/dynamics也是有必要的
5楼2008-11-03 10:40:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 300求调剂 +12 橙a777 2026-04-15 12/600 2026-04-18 23:51 by 路病情
[考研] 一志愿沪9,326求生物学调剂 +12 刘墨墨 2026-04-13 12/600 2026-04-18 23:31 by 路病情
[考研] 生物学调剂 +10 纸扇zhishan 2026-04-13 10/500 2026-04-18 21:19 by zqndavala
[考研] 接受任何调剂 +6 也就是栗子 2026-04-17 7/350 2026-04-18 17:20 by 涵竹刘
[考研] 297,工科调剂? +5 河南农业大学-能 2026-04-14 5/250 2026-04-18 15:17 by Equinoxhua
[考研] 22408 312求调剂 +24 门路摸摸 2026-04-14 26/1300 2026-04-18 13:04 by wunaiy88
[考研] 260求调剂 +4 Zyt1314520.. 2026-04-17 5/250 2026-04-18 08:28 by babysonlkd
[考研] 求调剂 +9 小聂爱学习 2026-04-16 11/550 2026-04-17 22:34 by chixmc
[考研] 304求调剂 +7 castLight 2026-04-16 7/350 2026-04-17 20:05 by 关一盏灯cd
[考研] 295分求调剂 +5 ?要上岸? 2026-04-17 5/250 2026-04-17 16:51 by fenglj492
[考研] 294求调剂 +7 淡然654321 2026-04-17 8/400 2026-04-17 16:36 by wutongshun
[考研] 一志愿A区211,22408 321求调剂 +6 随心所欲☆ 2026-04-15 7/350 2026-04-15 21:45 by lbsjt
[考研] 085404 22408 309分求调剂 +9 lzmk 2026-04-14 10/500 2026-04-15 20:02 by 学员JpLReM
[考研] 0854调剂 +13 长弓傲 2026-04-12 16/800 2026-04-15 13:45 by fenglj492
[考研] 各位老师好,求调剂,本科211,一志愿天津大学生物与医药学硕,差两名录取。 +11 路六六jjj 2026-04-13 11/550 2026-04-14 16:01 by zs92450
[教师之家] 转长聘了 +7 简单化xn 2026-04-13 7/350 2026-04-14 14:50 by xindong
[考研] 085408光电信息工程专硕355一志愿长春光机所调剂 +6 王ymaa 2026-04-13 13/650 2026-04-14 11:33 by 王ymaa
[考研] 一志愿中南大学 0855 机械 286 求调剂 +11 不会吃肉 2026-04-12 11/550 2026-04-13 21:59 by bljnqdcc
[考研] 302求调剂 +10 易!? 2026-04-13 10/500 2026-04-13 19:04 by lbsjt
[考研] 297工科,求调剂? +13 河南农业大学-能 2026-04-12 13/650 2026-04-13 14:12 by dingyanbo1
信息提示
请填处理意见