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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】Amorphous Cell构建带苯环刚性聚合物链体系
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jolinluo

铁虫 (小有名气)

[交流] 【求助】Amorphous Cell构建带苯环刚性聚合物链体系

我要键的高分子链是很多苯环的刚性体系。amorphous cell constuction过程中报错，检查*.acclog文件的提示为： Catenation or spearing found
       就是在建立链的过程中，出现了苯环穿越或者刺穿其他苯环才能保持链的连续性的情况。我现在把初始密度降到足够低0.1g/cc，并且在preferences tab中将dynamic steps = 10000, minimazation steps = 8000, 还是会报错。请问有经验的高手，除此外哪些参数可以调节从而顺利建好一条刚性链。非常感谢

[ Last edited by lei0736 on 2008-11-4 at 22:02 ]
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1楼 2008-11-01 21:41:58
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yijun0516

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
zxzj05(金币+1,VIP+0):3Q！ ^_^ 多多支持！ 5-26 11:45
不知道你要建的具体结构，还有两个方面要注意：1 建repeat unit的时候， 指定的head atom 和tail atom最好相距最远 2 建polymer 的时候torsion是可以调整的
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2楼2008-11-02 10:15:56
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jolinluo

铁虫 (小有名气)
我的体系的repeat unit几乎完全刚性，都是双键和苯环。其实这个问题是由于链构建过程中1个键1个键插入造成的。当插入苯环的第1个键的时候可以随意，但第2个键就有方向性了，总的6个原子要在一个平面上，结果发现排不下去，硬排下去就会发生环间的穿越。 搜到文献中指出，对带苯环的刚性链体系，可以在建polymer的amorphous cell 之前插入一些小分子如甲烷分子，造成一些阻碍，这样会一定程度上阻止苯环穿越。现在我想问，怎样在amorphous cell建聚合物之前先加入小分子？
非常感谢
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3楼2008-11-02 19:34:47
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yuerainsea

★ ★ ★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
zxzj05(金币+2,VIP+0):3Q！ ^_^ 多多支持！ 5-26 11:46
你看的那个文献我也看过，我个人认为不是说之前加入10个甲烷分子，而是建的时候加入10个或100个甲烷分子，造成阻碍。我做的分子也有苯环和双键，我用这种方法还是失败。不过你还是可以试试。另外，可以调节一下建盒子的参数，比如lookahead bond之类的，还有就是我发现有的时候成功，有的时候失败，不知道和软件的稳定性有什么关系，还是聚合物构象相关
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4楼2008-11-03 09:28:58
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jolinluo

铁虫 (小有名气)
嗯，正在尝试。这种方法概率上也不能保证100%的成功。不过lookahead bond之类应该有用，提前看6个键（苯环平面的）估计有帮助。
另外一个有意思的现象时，在建amorphous cell的过程中，其实是先在初始预设的低密度盒子内排好多链，然后再渐渐缩小盒子。如果初始要10个构型，它先排好10个大的box，然后逐一缩小每个box。我发现有的box缩小成功，有的在minimazation时会失败。因此，估计在建amorphous cell前充分将单链minimazation/dynamics也是有必要的
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5楼2008-11-03 10:40:40
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zzqpdl

金虫 (正式写手)
我现在也遇到了这个问题，卡在这不知道怎么办了
有建模成果过一次，建好的链成了一个扁平的形状排列
之后建第二个的时候，就建不成功了
还有就是建模的时候add的名字改不了，我第一次建模用的名称，在之后换了其他链去add还是会出现那个名称，不知道怎么解决啊
急请教高手啊
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6楼2008-11-06 13:30:28
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466902981

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
经典！多谢了！
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7楼2009-05-26 11:25:43
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