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jolinluo

铁虫 (小有名气)

[交流] 【求助】Amorphous Cell构建带苯环刚性聚合物链体系

我要键的高分子链是很多苯环的刚性体系。amorphous cell constuction过程中报错,检查*.acclog文件的提示为: Catenation or spearing found
       就是在建立链的过程中,出现了苯环穿越或者刺穿其他苯环才能保持链的连续性的情况。我现在把初始密度降到足够低0.1g/cc,并且在preferences tab中将dynamic steps = 10000, minimazation steps = 8000, 还是会报错。请问有经验的高手,除此外哪些参数可以调节从而顺利建好一条刚性链。非常感谢

[ Last edited by lei0736 on 2008-11-4 at 22:02 ]
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yijun0516

铜虫 (小有名气)

★ ★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
zxzj05(金币+1,VIP+0):3Q! ^_^ 多多支持! 5-26 11:45
不知道你要建的具体结构,还有两个方面要注意:1 建repeat unit的时候, 指定的head atom 和tail atom最好相距最远 2 建polymer 的时候torsion是可以调整的
2楼2008-11-02 10:15:56
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jolinluo

铁虫 (小有名气)

我的体系的repeat unit几乎完全刚性,都是双键和苯环。其实这个问题是由于链构建过程中1个键1个键插入造成的。当插入苯环的第1个键的时候可以随意,但第2个键就有方向性了,总的6个原子要在一个平面上,结果发现排不下去,硬排下去就会发生环间的穿越。 搜到文献中指出,对带苯环的刚性链体系,可以在建polymer的amorphous cell 之前插入一些小分子如甲烷分子,造成一些阻碍,这样会一定程度上阻止苯环穿越。现在我想问,怎样在amorphous cell建聚合物之前先加入小分子?
非常感谢
3楼2008-11-02 19:34:47
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yuerainsea

★ ★ ★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
zxzj05(金币+2,VIP+0):3Q! ^_^ 多多支持! 5-26 11:46
你看的那个文献我也看过,我个人认为不是说之前加入10个甲烷分子,而是建的时候加入10个或100个甲烷分子,造成阻碍。我做的分子也有苯环和双键,我用这种方法还是失败。不过你还是可以试试。另外,可以调节一下建盒子的参数,比如lookahead bond之类的,还有就是我发现有的时候成功,有的时候失败,不知道和软件的稳定性有什么关系,还是聚合物构象相关
4楼2008-11-03 09:28:58
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jolinluo

铁虫 (小有名气)

嗯,正在尝试。这种方法概率上也不能保证100%的成功。不过lookahead bond之类应该有用,提前看6个键(苯环平面的)估计有帮助。
另外一个有意思的现象时,在建amorphous cell的过程中,其实是先在初始预设的低密度盒子内排好多链,然后再渐渐缩小盒子。如果初始要10个构型,它先排好10个大的box,然后逐一缩小每个box。我发现有的box缩小成功,有的在minimazation时会失败。因此,估计在建amorphous cell前充分将单链minimazation/dynamics也是有必要的
5楼2008-11-03 10:40:40
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zzqpdl

金虫 (正式写手)

我现在也遇到了这个问题,卡在这不知道怎么办了
有建模成果过一次,建好的链成了一个扁平的形状排列
之后建第二个的时候,就建不成功了
还有就是建模的时候add的名字改不了,我第一次建模用的名称,在之后换了其他链去add还是会出现那个名称,不知道怎么解决啊
急请教高手啊
6楼2008-11-06 13:30:28
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466902981

金虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
经典!多谢了!
7楼2009-05-26 11:25:43
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