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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » Dmol3 高手请进
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aaronrod

新虫 (初入文坛)

[求助] Dmol3 高手请进 已有1人参与

1,在Dmol3里面怎样固定一部分原子进行几何优化，是固定笛卡尔坐标还是固定分数坐标？    我选择固定分数坐标，但是没有用，原子还是会移动


2,Materials Studio 的版本不同，是否会对计算结果产生明显的影响，尤其是Dmol3这个模块



感激不尽
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1楼 2016-05-22 22:11:16
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chimegreen

木虫 (正式写手)

Dr.
1、选中要固定的原子——Modify——Constraints。3、Task选择Energy，有时候会有不收敛的情况，调节一下其他参数。第二个问题不是问题，不需考虑。

发自小木虫Android客户端
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快乐科研，快乐生活。
5楼2016-05-24 08:53:43
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
8楼: Originally posted by aaronrod at 2016-05-25 10:04:49
还有您说的MS8和MS4.4是两道分水岭，具体是指哪些方面的变化比较大呢？  我用MS8计算吸附能，和MS5的计算结果能量差值大约为0.15ev，这属于正常范围吗？...

这个我不记得了，上次问过创腾的，他们说有一些内置参数稍有不同；吸附能0.15eV误差不算小了，我建议你最好针对同一个结构算单点能作为比较，先排除结构弛豫造成的不同。实在不行你就致电创腾确定一下吧。
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不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
9楼2016-05-25 10:40:03
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普通回帖

aaronrod

新虫 (初入文坛)
再追加个问题:
3, 用dmol 对单个原子进行几何优化时候，为什么输出文件里面没有能量值
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2楼2016-05-22 22:21:29
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tsglss

铁杆木虫 (著名写手)
请问，Dmol计算结果可靠吗？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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做好自己
3楼2016-05-22 22:22:28
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
1、都固定就好了；
2、有影响，MS8，MS4.4这两个版本是两道分水岭，但计算参数可以通过keywords来尽可能向下兼容；
3、单个的原子本来也不必结构弛豫，输出文件按说不可能没有能量值，也许计算出错了；
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不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
4楼2016-05-23 05:20:37
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aaronrod

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by chimegreen at 2016-05-24 08:53:43
1、选中要固定的原子——Modify——Constraints。3、Task选择Energy，有时候会有不收敛的情况，调节一下其他参数。第二个问题不是问题，不需考虑。

谢谢你的建议，
1、选择Constraints之后还要选择fix Cartesian poistion 或者fix fractional poistion 这两个理论上是都可以的，但是我在选择fix fractional poistion时发现没有起到固定效果，优化之后原子仍然会移动

3、Task选择Energy 之后计算可以收敛，但仍然没有能量这一项。我用单机MS7.0计算单个原子能量时候就一些正常，但是使用集群上MS8.0计算就出现问题，所以我想知道是不是跟版本有关，或者是集群上软件安装有问题
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6楼2016-05-25 09:40:26
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aaronrod

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 卡开发发 at 2016-05-23 05:20:37
1、都固定就好了；
2、有影响，MS8，MS4.4这两个版本是两道分水岭，但计算参数可以通过keywords来尽可能向下兼容；
3、单个的原子本来也不必结构弛豫，输出文件按说不可能没有能量值，也许计算出错了；

感谢建议
我用单机MS7.0计算单个原子能量时候就一切正常，但是使用集群上MS8.0计算就出现问题，所以我想知道是不是跟版本有关，或者是集群上软件安装有问题
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7楼2016-05-25 09:43:20
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aaronrod

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 卡开发发 at 2016-05-23 05:20:37
1、都固定就好了；
2、有影响，MS8，MS4.4这两个版本是两道分水岭，但计算参数可以通过keywords来尽可能向下兼容；
3、单个的原子本来也不必结构弛豫，输出文件按说不可能没有能量值，也许计算出错了；

还有您说的MS8和MS4.4是两道分水岭，具体是指哪些方面的变化比较大呢？  我用MS8计算吸附能，和MS5的计算结果能量差值大约为0.15ev，这属于正常范围吗？
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8楼2016-05-25 10:04:49
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aaronrod

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 卡开发发 at 2016-05-25 10:40:03
这个我不记得了，上次问过创腾的，他们说有一些内置参数稍有不同；吸附能0.15eV误差不算小了，我建议你最好针对同一个结构算单点能作为比较，先排除结构弛豫造成的不同。实在不行你就致电创腾确定一下吧。...

10楼2016-05-25 10:42:23
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