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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物化学 » 求助DNA引物设计软件
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射手1992

铜虫 (小有名气)

[求助] 求助DNA引物设计软件 已有2人参与

自己设计了DNA碱基序列，求帮助去什么网站或者用什么软件可以检测其二级结构，得到它的各种参数，多谢大神指点。。。

@biostar2009 发自小木虫Android客户端
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1楼 2016-05-21 23:36:39
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ftts1

捐助贵宾 (正式写手)

思维能力 创新能力培训
dna二级结构没意义啊！要对应氨基酸的3d结构才有意义

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2楼2016-05-22 11:41:19
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ftts1

捐助贵宾 (正式写手)

思维能力 创新能力培训
计算3维结构计算量很大我做过，用gromacs，这个是用的分子力场，速度最快，其他的优化软件更慢

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3楼2016-05-22 11:44:10
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
自己设计了DNA碱基序列，你的意思是设计的引物还是长序列？
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4楼2016-05-22 11:59:31
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mlxmiao

木虫 (著名写手)
NCBI在线设计

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5楼2016-05-22 12:01:53
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804371539

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
大致懂是什么意思，试试primer express
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6楼2016-05-22 21:12:21
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竹在心间

银虫 (小有名气)
pp5好用

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7楼2016-05-24 22:43:37
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梅太奇阿拉干

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by ftts1 at 2016-05-22 11:44:10
计算3维结构计算量很大我做过，用gromacs，这个是用的分子力场，速度最快，其他的优化软件更慢

只需要氨基酸序列就可以计算三维结构了吗？gromacs上手简单吗？

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8楼2016-05-25 00:06:58
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ftts1

捐助贵宾 (正式写手)

思维能力 创新能力培训
引用回帖:
8楼: Originally posted by 梅太奇阿拉干 at 2016-05-25 00:06:58
只需要氨基酸序列就可以计算三维结构了吗？gromacs上手简单吗？
...

不行，要转换成原子分子，gromacs上手不简单，去计算化学专区看一下咯

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9楼2016-05-25 00:23:50
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ftts1

捐助贵宾 (正式写手)

思维能力 创新能力培训
引用回帖:
3楼: Originally posted by ftts1 at 2016-05-22 11:44:10
计算3维结构计算量很大我做过，用gromacs，这个是用的分子力场，速度最快，其他的优化软件更慢

分子模拟专区

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10楼2016-05-25 00:27:51
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