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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 关于LAMMPS中EAM势的问题
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lyc592475024

铁杆木虫 (小有名气)

[交流] 关于LAMMPS中EAM势的问题 已有5人参与

请问有没有人知道   如果我要使用EAM势计算铁，定义
pair_style   eam
那我的      
pair_coeff 应该怎么定义呢？

为什么运行时总是提示     ERROR: Unknown pair style (../force.cpp:190)
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1楼 2016-05-18 02:01:36
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alundilong

木虫 (正式写手)
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lyc592475024: 回帖置顶 2016-05-18 06:25:58
pair_style eam
pair_coeff * * cuu3
pair_coeff 1*3 1*3 niu3.eam

这里的cuu3和niu3.eam都是文件名，在代码附带的potential文件夹里可以找到。
参见：http://lammps.sandia.gov/doc/pair_eam.html
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3楼2016-05-18 05:49:15
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alundilong

木虫 (正式写手)
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5楼: Originally posted by lyc592475024 at 2016-05-17 16:00:39
我按照这个还是提示   ERROR: Unknown pair style (../force.cpp:190)

但是如果换成 LJ势，却能正常运行...

是否安装了manybody 的包？
Restrictions
All of these styles except the eam/cd style are part of the MANYBODY package. They are only enabled if LAMMPS was built with that package (which it is by default). See the Making LAMMPS section for more info.

The eam/cd style is part of the USER-MISC package and also requires the MANYBODY package. It is only enabled if LAMMPS was built with those packages. See the Making LAMMPS section for more info.
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6楼2016-05-18 06:26:32
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alundilong

木虫 (正式写手)
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12楼: Originally posted by lyc592475024 at 2016-05-18 09:16:24
因为没有找到直接对应Fe的eam，所以后来换成了eam/fs
但是，还是不能运行，这是我的in文件

boundary        p p p
units           metal
atom_style      atomic
neighbor        2.0 bin
neigh_modify  ...

刚试了一下，完全没有问题，可以运行！
楼主确定代码没改动过吗？
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14楼2016-05-19 00:48:25
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alundilong

木虫 (正式写手)
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16楼: Originally posted by lyc592475024 at 2016-05-18 11:38:54
这是我运行后的Log文件

LAMMPS (7 Apr 2016)
Lattice spacing in x,y,z = 2.86 2.86 2.86
Created orthogonal box = (0 0 0) to (57.2 57.2 57.2)
  1 by 1 by 1 MPI processor grid
Created 16000 atoms
...

Please find my log file.
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    • 2016-05-19 01:47:31, 2.58 K
17楼2016-05-19 01:47:42
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alundilong

木虫 (正式写手)
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23楼: Originally posted by lyc592475024 at 2016-05-18 15:13:31
make yes-standard时的部分提示：

cp: cannot stat ‘pair_tersoff_mod_gpu.cpp’: No such file or directory
  updating src/pair_tersoff_mod_gpu.cpp
cp: cannot stat ‘pair_tersoff_mod_gpu.h’: No su ...

楼主确定是在src下运行这些命令？
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24楼2016-05-19 05:41:08
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普通回帖

lyc592475024

铁杆木虫 (小有名气)
为什么我的LAMMPS识别不了EAM势？
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2楼2016-05-18 04:34:00
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lyc592475024

铁杆木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by alundilong at 2016-05-18 05:49:15
pair_style eam
pair_coeff * * cuu3
pair_coeff 1*3 1*3 niu3.eam

这里的cuu3和niu3.eam都是文件名，在代码附带的potential文件夹里可以找到。
参见：http://lammps.sandia.gov/doc/pair_eam.html

我按照这个写是提示   ERROR: Unknown pair style (../force.cpp:190)

但是如果换成 LJ势，却能正常运行
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4楼2016-05-18 06:00:32
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lyc592475024

铁杆木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by alundilong at 2016-05-18 05:49:15
pair_style eam
pair_coeff * * cuu3
pair_coeff 1*3 1*3 niu3.eam

这里的cuu3和niu3.eam都是文件名，在代码附带的potential文件夹里可以找到。
参见：http://lammps.sandia.gov/doc/pair_eam.html

我按照这个还是提示   ERROR: Unknown pair style (../force.cpp:190)

但是如果换成 LJ势，却能正常运行
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5楼2016-05-18 06:00:39
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lyc592475024

铁杆木虫 (小有名气)
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6楼: Originally posted by alundilong at 2016-05-18 06:26:32
是否安装了manybody 的包？
Restrictions
All of these styles except the eam/cd style are part of the MANYBODY package. They are only enabled if LAMMPS was built with that package (which it is by def ...

Installed YES: package MANYBODY
src里所有的都显示安装了，还是不能运行。
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7楼2016-05-18 07:15:40
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lyc592475024

铁杆木虫 (小有名气)
这是我make manybdy时的显示的内容，您看看是不是有什么问题


Standard packages: asphere body class2 colloid compress coreshell dipole gpu granular kim kokkos kspace manybody mc meam misc molecule mpiio opt peri poems python qeq reax replica rigid shock snap srd voronoi xtc

User-contributed packages: user-atc user-awpmd user-cg-cmm user-colvars user-cuda user-diffraction user-dpd user-drude user-eff user-fep user-h5md user-intel user-lb user-mgpt user-misc user-molfile user-omp user-phonon user-qmmm user-qtb user-quip user-reaxc user-smd user-smtbq user-sph user-tally user-vtk

make package                 list available packages
make package-status (ps)     status of all packages
make yes-package             install a single pgk in src dir
make no-package              remove a single pkg from src dir
make yes-all                 install all pgks in src dir
make no-all                  remove all pkgs from src dir
make yes-standard (yes-std)  install all standard pkgs
make no-standard (no-srd)    remove all standard pkgs

make yes-user                install all user pkgs
make no-user                 remove all user pkgs
make no-lib                  remove all pkgs with external libs
make package-update (pu)  replace src files with package files
make package-overwrite    replace package files with src files
make package-diff (pd)    diff src files against package file
make: `MANYBODY' is up to date.
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8楼2016-05-18 07:30:29
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alundilong

木虫 (正式写手)
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7楼: Originally posted by lyc592475024 at 2016-05-17 17:15:40
Installed YES: package MANYBODY
src里所有的都显示安装了，还是不能运行。...

manybody应该是默认安装的，
如果已经有的话，那就太奇怪了。。。。你可以把你的in放上了。
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9楼2016-05-18 08:13:10
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alundilong

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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7楼: Originally posted by lyc592475024 at 2016-05-17 17:15:40
Installed YES: package MANYBODY
src里所有的都显示安装了，还是不能运行。...

去example里找个eam的例子，看看是否工作。
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10楼2016-05-18 08:20:12
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