24小时热门版块排行榜

返回列表

cgzhang_gg

铜虫 (著名写手)

应助: 5 (幼儿园)
金币: 38.2
散金: 790
红花: 5
帖子: 1094
在线: 478.8小时
虫号: 1521579
注册: 2011-12-03
专业: 极端条件下使用的金属材料

[交流] 关于 run 0 command 重要性

lammps 里面的run 0 command 具有重要的作用：不妨看下面的例子：
*********************************************************************************************************************
# TiO2 Rutile
variable       a loop 4
log                vacan.formation.tect.O.$a
units             metal
atom_style    charge
boundary       p p p

lattice             custom 4.493  a1 1.0 0.0 0.0 a2 0.0 1.0 0.0 a3 0.0 0.0 0.669&
                     basis 0.0 0.0 0.0 basis 0.5 0.5 0.5 &
                     basis 0.303 0.303 0.0 basis 0.697 0.697 0.0 &
                     basis 0.803 0.197 0.5 basis 0.197 0.803 0.5

region             mybox block -4 4 -4 4 -4 4
create_box    2 mybox
create_atoms 2 box basis 1 1 basis 2 1 &
                        basis 3 2 basis 4 2 basis 5 2 basis 6 2
# mass after simulation box is defined, before a simulation is run.
mass             1    47.867 # Ti
mass             2 15.9994  # O
set                type 1  charge 2.196 # Ti
set                type 2 charge -1.098 # O

# potential
pair_style       hybrid/overlay table linear 150000 coul/long 11.0

pair_coeff       1  1 table  TiO2.pair.table  Ti_Ti 11.0
pair_coeff       1  2 table  TiO2.pair.table  Ti_O 11.0
pair_coeff       2  2 table  TiO2.pair.table  O_O 11.0
pair_coeff       *  * coul/long # right

kspace_style pppm 1.0e-5

Sample Text
variable       E equal pe
#variable       cE  equal  $E
variable       N  equal  atoms

#print       "@@@@before minimum! cE=${cE}"
neighbor          0.3 bin
neigh_modify delay 2 every 1 check yes

thermo             1
min_style       cg
minimize          1.0e-20 1.0e-20 10000 100000 #etol ,ftol, max iterations, max number

print          "@@@@@ 1. atoms and total potential: $N  $E"  # output pe after a minimum

clear
next          a
#jump          in.TiO2  muti_point
*******************************************************************************************************************************
in.TiO2  例子是进行了四次相同的结构优化，对同一个构型，得到的正确的结果应该相同的：
@@@@@ 1. atoms and total potential: 3072  -40730.760848533624085
@@@@@ 1. atoms and total potential: 3072  -40730.70939078804804
@@@@@ 1. atoms and total potential: 3072  -40730.70939078804804
@@@@@ 1. atoms and total potential: 3072  -40730.70939078804804
但经过测试，只有当在in.TiO2文件中，在重新设置构型后，进行一次 run 0 command 之后，才可以得到相同的结果，如上。如果没有书写  run 0  command，则得到的结果不相同，根据不同的机器，结果不同。如下：

@@@@@ 1. atoms and total potential: 3072  -40730.76084853617067
@@@@@ 1. atoms and total potential: 3072  -45348.092323018747265
@@@@@ 1. atoms and total potential: 3072  -42739.32519361760933
@@@@@ 1. atoms and total potential: 3072  -40900.023453094305296

自己的理解：run 0 command 有一些初始化的作用。当不用run 0 command 时pe 可能是不确定的。不知道大家是怎么理解的？

回复此楼