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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 关于LAMMPS中EAM势的问题
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elmer123

禁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
11楼2016-05-18 15:51:39
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lyc592475024

铁杆木虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by alundilong at 2016-05-18 08:13:10
manybody应该是默认安装的，
如果已经有的话，那就太奇怪了。。。。你可以把你的in放上了。...

因为没有找到直接对应Fe的eam，所以后来换成了eam/fs
但是，还是不能运行，这是我的in文件

boundary        p p p
units           metal
atom_style      atomic
neighbor        2.0 bin
neigh_modify    delay 5


# create geometry

lattice         bcc 2.86
region          box block 0 20 0 20 0 20
create_box      1 box
create_atoms    1 box
mass            1 56


#potentials

pair_style       eam/fs
pair_coeff       * * Fe_mm.eam.fs  Fe


#define groups
region           1 block INF INF INF INF INF INF
group            1 region 1


minimize         1.0e-4 1.0e-6 100 1000


#conpute

thermo_style     custom vol
displace_atoms   1 random 20 20 20 1

run              1000000
thermo_style     custom vol
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12楼2016-05-18 23:16:24
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lyc592475024

铁杆木虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by elmer123 at 2016-05-18 15:51:39
势函数所在位置，后面还要再加个元素名称

那个不是必须的吧，
而且我加了之后也还是不行
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13楼2016-05-18 23:17:52
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alundilong

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
12楼: Originally posted by lyc592475024 at 2016-05-18 09:16:24
因为没有找到直接对应Fe的eam，所以后来换成了eam/fs
但是，还是不能运行，这是我的in文件

boundary        p p p
units           metal
atom_style      atomic
neighbor        2.0 bin
neigh_modify  ...

刚试了一下，完全没有问题，可以运行！
楼主确定代码没改动过吗？
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14楼2016-05-19 00:48:25
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lyc592475024

铁杆木虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by alundilong at 2016-05-19 00:48:25
刚试了一下，完全没有问题，可以运行！
楼主确定代码没改动过吗？...

没，你看我运行后是这样显示的

LAMMPS (7 Apr 2016)
Lattice spacing in x,y,z = 2.86 2.86 2.86
Created orthogonal box = (0 0 0) to (57.2 57.2 57.2)
  1 by 1 by 1 MPI processor grid
Created 16000 atoms
ERROR: Unknown pair style (../force.cpp:190)
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15楼2016-05-19 01:36:07
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lyc592475024

铁杆木虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by alundilong at 2016-05-19 00:48:25
刚试了一下，完全没有问题，可以运行！
楼主确定代码没改动过吗？...

这是我运行后的Log文件

LAMMPS (7 Apr 2016)
Lattice spacing in x,y,z = 2.86 2.86 2.86
Created orthogonal box = (0 0 0) to (57.2 57.2 57.2)
  1 by 1 by 1 MPI processor grid
Created 16000 atoms
ERROR: Unknown pair style (../force.cpp:190)
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16楼2016-05-19 01:38:54
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alundilong

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
16楼: Originally posted by lyc592475024 at 2016-05-18 11:38:54
这是我运行后的Log文件

LAMMPS (7 Apr 2016)
Lattice spacing in x,y,z = 2.86 2.86 2.86
Created orthogonal box = (0 0 0) to (57.2 57.2 57.2)
  1 by 1 by 1 MPI processor grid
Created 16000 atoms
...

Please find my log file.
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  • 附件 1 : log.lammps
    • 2016-05-19 01:47:31, 2.58 K
17楼2016-05-19 01:47:42
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lyc592475024

铁杆木虫 (小有名气)
引用回帖:
17楼: Originally posted by alundilong at 2016-05-19 01:47:42
Please find my log file....

我改成lj势后，能正常运行。
为什么会出现这种情况？

请问能重新下载安装势能包吗？
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18楼2016-05-19 02:10:58
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lyc592475024

铁杆木虫 (小有名气)
引用回帖:
17楼: Originally posted by alundilong at 2016-05-19 01:47:42
Please find my log file....

我在make package manybody的时候出现了一个错误，但是我没看明白。能指点一下吗？ 谢谢~~

Standard packages: asphere body class2 colloid compress coreshell dipole gpu granular kim kokkos kspace manybody mc meam misc molecule mpiio opt peri poems python qeq reax replica rigid shock snap srd voronoi xtc

User-contributed packages: user-atc user-awpmd user-cg-cmm user-colvars user-cuda user-diffraction user-dpd user-drude user-eff user-fep user-h5md user-intel user-lb user-mgpt user-misc user-molfile user-omp user-phonon user-qmmm user-qtb user-quip user-reaxc user-smd user-smtbq user-sph user-tally user-vtk

make package                 list available packages
make package-status (ps)     status of all packages
make yes-package             install a single pgk in src dir
make no-package              remove a single pkg from src dir
make yes-all                 install all pgks in src dir
make no-all                  remove all pkgs from src dir
make yes-standard (yes-std)  install all standard pkgs
make no-standard (no-srd)    remove all standard pkgs

make yes-user                install all user pkgs
make no-user                 remove all user pkgs
make no-lib                  remove all pkgs with external libs
make package-update (pu)  replace src files with package files
make package-overwrite    replace package files with src files
make package-diff (pd)    diff src files against package file
make: *** [manybody] Error 1
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19楼2016-05-19 04:10:18
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alundilong

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
19楼: Originally posted by lyc592475024 at 2016-05-18 14:10:18
我在make package manybody的时候出现了一个错误，但是我没看明白。能指点一下吗？ 谢谢~~

Standard packages: asphere body class2 colloid compress coreshell dipole gpu granular kim kokkos kspace manybo ...

楼主试一下：
make clean-all
make yes-standard
make mpi
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20楼2016-05-19 04:27:12
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