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计算石墨烯热导率平衡态，求助！ 已有2人参与
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如题，我想用lammps计算石墨烯的平衡态热导率，我用ms建立16*16*1的石墨烯模型，边界条件如果是ppp，则运行没有问题，如果改为pps，则总是出现如下错误： cannot use neighbor bins -box size << cutoff (../neighbor.cpp:1737) 按照lammps error中的提示，显示 Cannot use neighbor bins - box size << cutoffToo many neighbor bins will be created. This typically happens when the simulation box is very small in some dimension, compared to the neighbor cutoff. Use the “nsq” style instead of “bin” style. 我尝试着将我的box设置大一点，从16*16*1改为50*50*1，可是错误依然存在。势函数采用的是tersoff势函数。 部分in文件如下： units metal variable T equal 300 # in K variable V equal vol # in A^3 variable dt equal 0.0005 # in ps variable p equal 100000 # correlation length variable s equal 1 # sample interval variable d equal $p*$s # dump interval # convert from LAMMPS real units to SI # donot change this part variable kB equal 1.3806504e-23 # [J/K] Boltzmann variable eV2J equal 1.60217646e-19 variable A2m equal 1.0e-10 variable ps2s equal 1.0e-12 variable convert equal ${eV2J}*${eV2J}/${ps2s}/${A2m} # setup problem #dimension 3 #boundary p p p #lattice fcc 5.376 orient x 1 0 0 orient y 0 1 0 orient z 0 0 1 #region box block 0 4 0 4 0 4 #create_box 1 box #create_atoms 1 box #mass 1 39.948 #pair_style lj/cut 13.0 #pair_coeff * * 0.010325 3.405 #timestep ${dt} #thermo $d # for reading data file # read structure from data file dimension 3 boundary p p s read_data data.graphite #potential function pair_style tersoff pair_coeff * * SiC.tersoff Si timestep ${dt} thermo $d |
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 分子动力学模拟 |
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【答案】应助回帖
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Hello, I think you are using the Green-Kubo method. The problem of lammps is that the heat current (also called heat flux) formula implemented in lammps is only correct of two-body potentials and is wrong for many-body potentials such as the Tersoff potential. Using the Tersoff parameters by Lindsay and Broido, the converged thermal conductivity of pristine grpahene at 300 K is computed to be about 900 W/mK, but using the correct formula I derived, I got 2700 W/mK. See my recent paper published in Phys. Rev. B: arXiv:1503.06565 [cond-mat.mes-hall] "Force and heat current formulas for many-body potentials in molecular dynamics simulation with applications to thermal conductivity calculations", by Zheyong Fan, Luiz Felipe C. Pereira, Hui-Qiong Wang, Jin-Cheng Zheng, Davide Donadio, Ari Harju The value of 2700 W/mK reported in my paper is also a little underestimated. My current improved value is about 2900 W/mK. The difference is related to the time-convergence, but this difference is marginal. I will talk out this in my future publication. |
7楼2016-05-13 19:51:50
2楼2016-05-13 12:46:34
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8楼2016-05-13 19:53:50
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10楼2016-05-14 16:26:42
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