24小时热门版块排行榜    

查看: 5283  |  回复: 18
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

青春逍遥啊

新虫 (小有名气)

[求助] 计算石墨烯热导率平衡态,求助! 已有2人参与

如题,我想用lammps计算石墨烯的平衡态热导率,我用ms建立16*16*1的石墨烯模型,边界条件如果是ppp,则运行没有问题,如果改为pps,则总是出现如下错误:
     cannot use neighbor bins -box size << cutoff   (../neighbor.cpp:1737)
按照lammps    error中的提示,显示

Cannot use neighbor bins - box size << cutoffToo many neighbor bins will be created. This typically happens when the simulation box is very small in some dimension, compared to the neighbor cutoff. Use the “nsq” style instead of “bin” style.


我尝试着将我的box设置大一点,从16*16*1改为50*50*1,可是错误依然存在。势函数采用的是tersoff势函数。


部分in文件如下:

units       metal
variable    T equal 300          # in K
variable    V equal vol          # in A^3
variable    dt equal 0.0005      # in ps
variable    p equal 100000     # correlation length
variable    s equal 1      # sample interval
variable    d equal $p*$s   # dump interval

# convert from LAMMPS real units to SI   # donot change this part

variable    kB equal 1.3806504e-23    # [J/K] Boltzmann
variable    eV2J equal 1.60217646e-19
variable    A2m equal 1.0e-10
variable    ps2s equal 1.0e-12
variable    convert equal ${eV2J}*${eV2J}/${ps2s}/${A2m}

# setup problem

#dimension    3
#boundary     p p p
#lattice      fcc 5.376 orient x 1 0 0 orient y 0 1 0 orient z 0 0 1

#region       box block 0 4 0 4 0 4
#create_box   1 box
#create_atoms 1 box
#mass         1 39.948
#pair_style   lj/cut 13.0
#pair_coeff   * * 0.010325 3.405
#timestep     ${dt}
#thermo       $d


# for reading data file

# read structure from data file

dimension    3
boundary     p p s
read_data         data.graphite

#potential function

pair_style  tersoff
pair_coeff * * SiC.tersoff Si
timestep     ${dt}
thermo       $d
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子动力学模拟

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你确定你的文件是模拟石墨烯的?怎么看上去是模拟氩的?晶格是fcc,质量是40?这不是石墨烯吧?

当然,即使你这里全都搞对了,你也得不到正确结果,因为lammps在这个问题上有严重错误。具体的细节我以后用电脑再说。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
3楼2016-05-13 18:17:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 19 个回答

brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

不好意思啊,我看错了。你这是部分文件,而且我说的那部分注释掉了。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
4楼2016-05-13 18:19:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

青春逍遥啊

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by brucefan at 2016-05-13 18:19:05
不好意思啊,我看错了。你这是部分文件,而且我说的那部分注释掉了。

嗯啊,我是建的石墨烯,用data读出来的。不知道为什么出现这个错误。
5楼2016-05-13 19:08:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

青春逍遥啊

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by brucefan at 2016-05-13 18:17:37
你确定你的文件是模拟石墨烯的?怎么看上去是模拟氩的?晶格是fcc,质量是40?这不是石墨烯吧?

当然,即使你这里全都搞对了,你也得不到正确结果,因为lammps在这个问题上有严重错误。具体的细节我以后用电脑再 ...

您说的严重错误是指?
6楼2016-05-13 19:09:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分? +11 yufeiwaner 2026-08-09 12/600 2026-08-12 01:27 by 南京中西医
[基金申请] 奇怪,两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +7 布布和一二 2026-08-10 9/450 2026-08-11 22:12 by 医学老男孩
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的,真有人买论文么?感觉没必要啊 +8 Tide man 2026-08-10 9/450 2026-08-11 20:39 by beefly
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[硕博家园] 读博的好处 +3 lnee 2026-08-11 3/150 2026-08-11 18:10 by 希望我好好的
[基金申请] 听说今天filecode变了 +26 布布和一二 2026-08-06 49/2450 2026-08-11 13:18 by WH3796
[基金申请] filecode +9 documentary 2026-08-10 9/450 2026-08-11 10:08 by wk7465
[基金申请] 基金中了 +15 laoda193707 2026-08-06 15/750 2026-08-11 00:11 by jiafei2190
[基金申请] 关于代码变化问题,想知道的进来 +17 且听虎啸 2026-08-07 24/1200 2026-08-10 18:35 by zhangduo2008
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +3 majunge000 2026-08-10 3/150 2026-08-10 15:46 by lch2012
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +11 布布和一二 2026-08-08 22/1100 2026-08-10 11:10 by wmfsnow
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +5 西山十月 2026-08-09 7/350 2026-08-10 07:32 by 仁砚薪传
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +5 布布和一二 2026-08-07 5/250 2026-08-09 16:15 by 袁向阳007
[基金申请] fileCode有新解读? +10 Tide man 2026-08-08 18/900 2026-08-09 12:55 by 仁砚薪传
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制,评价高的钱多评价低的钱少,但是增加资助率 +7 a089 2026-08-07 7/350 2026-08-08 18:05 by gltch
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] 大家散了吧,后缀研究没有意义,别浪费时间了,过好目前的每一天,不要焦虑 +5 Tide man 2026-08-06 7/350 2026-08-07 13:11 by 医学老男孩
[基金申请] filecode +14 等待解的谜 2026-08-06 19/950 2026-08-07 12:20 by wlwhappy
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
信息提示
请填处理意见