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leigp木虫 (正式写手)
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fix heat计算石墨烯热导率，固定两端原子是否合适？ 已有1人参与
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大家好，我刚接触lammps，想采用fix heat方法计算石墨烯纳米带的热导率。我看很多文献上为了防止石墨烯纳米带的整体移动通常将纳米带两端的原子固定。但是我采用该方法进行计算后，发现在弛豫过程中，虽然体系整体的温度保持在400K，但是由于两端原子固定的原因导致温度分布出现中间高两端低的现象，如下图： 当体系达到平衡后，在体系的左端加入热量，右端抽取热量。由于固定原子的存在导致与其相邻的原子速度相对较低，因此如果抽取的热量过高时则会导致原子速度降低至零而出现错误。下面是我的in文件，希望了解的大神能帮我看一下，是否是我in文件中设置有问题，在此谢过了！！ # MD simulation of Graphene thermal conductivity # Initialization units metal variable T equal 400 variable V equal vol variable dt equal 0.0005 variable p equal 10000 # correlation length variable s equal 1 # sample interval variable d equal $p*$s # dump interval variable width equal 14.6544 variable kB equal 1.3806504e-23 # [J/K] Boltzmann variable eV2J equal 1.602e-19 variable A2m equal 1.0e-10 variable ps2s equal 1.0e-12 variable convert equal ${eV2J}*${eV2J}/${ps2s}/${A2m} dimension 3 newton on boundary p p p atom_style full neighbor 0.3 bin neigh_modify check yes lattice fcc 1 region box block 0.000 14.6544 0.000 100.00 0.000 50.000 units lattice y方向为热流施加方向，为防止两端原子的相互作用将y方向盒子长度设置为10nm,并将石墨烯纳米带放置于盒子中部 read_data graphene.data ################### set group ############################ region up block INF INF INF 26.0 INF INF units lattice region down block INF INF 81 INF INF INF units lattice region steady union 2 up down group steady region steady region remain block INF INF 26.0 81 INF INF units lattice group remain region remain region hot block INF INF 26.0 36.0 INF INF units lattice group hot region hot region cold block INF INF 71 81 INF INF units lattice group cold region cold velocity remain create $T 458 mom yes dist gaussian units lattice velocity steady set 0.0 0.0 0.0 # Potential ********************************************************* pair_style airebo 2.0 pair_coeff * * CH.airebo C fix nve remain nve fix temp remain temp/berendsen $T $T 0.0005 fix 1 steady setforce 0.0 0.0 0.0 compute mytemp remain temp compute hottemp hot temp compute coldtemp cold temp compute ke remain ke/atom variable temp atom c_ke*${eV2J}/(1.5*${kB}) fix temp_profile1 remain ave/spatial 1 1000000 1000000 y lower 1.0 v_temp file 11.profile units lattice thermo_style custom step c_mytemp c_hottemp c_coldtemp etotal vol thermo_modify lost warn thermo 500 timestep ${dt} dump 1 all atom 1000 dump.lammps run 2000000 unfix temp fix hot remain heat 1 1 region hot fix cold remain heat 1 -1 region cold run 2000000 reset_timestep 0 fix temp_profile2 remain ave/spatial 1 2000000 2000000 y lower 1.0 v_temp file temp.profile units lattice dump 2 all atom 1000 graphene.lammps # Run run 10000000 # every 1 set group steady vx 0 vy 0 vz 0  未施加温度梯度时的温度分布 |
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层主好，最近一直被fix heat 命令困扰着。 用fix heat 命令 fix 1 hot heat 1 4.3 region hot fix 2 cold heat 1 -4.3 region cold ERROR: Fix heat kinetic energy went negative (../fix_heat.cpp:201) Last command: run 100000 然后我改变了fix 2 中抽出热流值（-4.3<efulx<-2.1）还是出现以上错误 如果eflux设置>-2.1，体系温度又上升太高，请问这该怎么办呢？ 还有输出和抽出的热流值是否一定要一致呢？ |
5楼2017-06-13 16:51:44
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