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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 计算石墨烯热导率平衡态，求助！
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引弓落月

银虫 (小有名气)
你的data文件能贴出来看看？是用msi2lmp转的吗？

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11楼2016-05-16 07:56:47
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jiezhou5322

银虫 (正式写手)
截断半径不能大于模型盒子最短边长的一半

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每个人只能陪你走一段路程
12楼2016-05-16 18:23:28
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青春逍遥啊

新虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by brucefan at 2016-05-13 19:51:50
Hello,

I think you are using the Green-Kubo method. The problem of lammps is that the heat current (also called heat flux)
formula implemented in lammps is only correct of two-body potentials  ...

您好：
  感谢您详细的回答，不好意思，前段时间出去学习，一直没有机会回复。您的文章我会仔细阅读作为参考。
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13楼2016-05-19 19:32:29
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青春逍遥啊

新虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by alundilong at 2016-05-14 03:17:08
试着调整一下你的z方向simulation的长度吧，以前遇到过类似问题。

是的，我把z方向的真空层的厚度变大之后，问题得到了解决。谢谢您的指导。
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14楼2016-05-19 19:33:18
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青春逍遥啊

新虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by brucefan at 2016-05-14 16:26:42
上楼的回答可能能够解决你的报错问题。但应该要注意最后计算热导率所用的厚度。文献中一般用0.335纳米。然后还是要强调一次，这个方法的多体势计算在lammps中搞错了，要慎用。我想给lammps改正，但感觉工作量太大， ...

您说的文献不知道您现在是否还记得，我参考的一篇取得石墨烯厚度是1.42埃。您的意思是这个势函数是多体势，不适合在用lammps根据GK方程求热导率，那采用什么样的势函数会相对比较合适呢？如果用airebo势函数呢？或者说采用NEMD（非平衡分子动力学）来计算石墨烯的热导率更加合适？
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15楼2016-05-19 19:36:38
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brucefan

专家顾问 (著名写手)
引用回帖:
15楼: Originally posted by 青春逍遥啊 at 2016-05-19 19:36:38
您说的文献不知道您现在是否还记得，我参考的一篇取得石墨烯厚度是1.42埃。您的意思是这个势函数是多体势，不适合在用lammps根据GK方程求热导率，那采用什么样的势函数会相对比较合适呢？如果用airebo势函数呢？或 ...

Yes, someone uses 1.42 Angatrom, but most people use 3.35 Angstrom. You should state the value you choose when reporting your data. This is just a choice and is not important.

Yes, Green-Kubo in lammps with many-body potentials (such as Tersoff, Stillinger-Weber, REBO, AIREBO, ect) is WRONG and should NOT be used. You can find details in my paper:

http://journals.aps.org/prb/abstract/10.1103/PhysRevB.92.094301

Using NEMD is OK, because the heat current is added externally. But NEMD is very time-consuming if you want to extrapolate to the infinite-size limit.
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16楼2016-05-19 20:44:59
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青春逍遥啊

新虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by jiezhou5322 at 2016-05-16 18:23:28
截断半径不能大于模型盒子最短边长的一半

您好：谢谢您的回答，我在尝试着把box变大之后问题解决了，感谢。
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17楼2016-05-21 15:50:18
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青春逍遥啊

新虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by 引弓落月 at 2016-05-16 07:56:47
你的data文件能贴出来看看？是用msi2lmp转的吗？

我是用的网上一个小办法，转到vasp转换了一下格式的。现在问题解决了，感谢您的回答。
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18楼2016-05-21 15:50:51
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青春逍遥啊

新虫 (小有名气)
引用回帖:
16楼: Originally posted by brucefan at 2016-05-19 20:44:59
Yes, someone uses 1.42 Angatrom, but most people use 3.35 Angstrom. You should state the value you choose when reporting your data. This is just a choice and is not important.

Yes, Green-Kubo in  ...

您好！感谢您细致的回答，给我很多帮助，我会好好看看您的这篇文章的。
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19楼2016-05-21 15:51:27
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