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计算石墨烯热导率平衡态，求助！ 已有2人参与
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如题，我想用lammps计算石墨烯的平衡态热导率，我用ms建立16*16*1的石墨烯模型，边界条件如果是ppp，则运行没有问题，如果改为pps，则总是出现如下错误： cannot use neighbor bins -box size << cutoff (../neighbor.cpp:1737) 按照lammps error中的提示，显示 Cannot use neighbor bins - box size << cutoffToo many neighbor bins will be created. This typically happens when the simulation box is very small in some dimension, compared to the neighbor cutoff. Use the “nsq” style instead of “bin” style. 我尝试着将我的box设置大一点，从16*16*1改为50*50*1，可是错误依然存在。势函数采用的是tersoff势函数。 部分in文件如下： units metal variable T equal 300 # in K variable V equal vol # in A^3 variable dt equal 0.0005 # in ps variable p equal 100000 # correlation length variable s equal 1 # sample interval variable d equal $p*$s # dump interval # convert from LAMMPS real units to SI # donot change this part variable kB equal 1.3806504e-23 # [J/K] Boltzmann variable eV2J equal 1.60217646e-19 variable A2m equal 1.0e-10 variable ps2s equal 1.0e-12 variable convert equal ${eV2J}*${eV2J}/${ps2s}/${A2m} # setup problem #dimension 3 #boundary p p p #lattice fcc 5.376 orient x 1 0 0 orient y 0 1 0 orient z 0 0 1 #region box block 0 4 0 4 0 4 #create_box 1 box #create_atoms 1 box #mass 1 39.948 #pair_style lj/cut 13.0 #pair_coeff * * 0.010325 3.405 #timestep ${dt} #thermo $d # for reading data file # read structure from data file dimension 3 boundary p p s read_data data.graphite #potential function pair_style tersoff pair_coeff * * SiC.tersoff Si timestep ${dt} thermo $d |
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Yes, someone uses 1.42 Angatrom, but most people use 3.35 Angstrom. You should state the value you choose when reporting your data. This is just a choice and is not important. Yes, Green-Kubo in lammps with many-body potentials (such as Tersoff, Stillinger-Weber, REBO, AIREBO, ect) is WRONG and should NOT be used. You can find details in my paper: http://journals.aps.org/prb/abstract/10.1103/PhysRevB.92.094301 Using NEMD is OK, because the heat current is added externally. But NEMD is very time-consuming if you want to extrapolate to the infinite-size limit. |
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brucefan
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