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青春逍遥啊

新虫 (小有名气)

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[求助] 计算石墨烯热导率平衡态，求助！已有2人参与

如题，我想用lammps计算石墨烯的平衡态热导率，我用ms建立16*16*1的石墨烯模型，边界条件如果是ppp，则运行没有问题，如果改为pps，则总是出现如下错误：
   cannot use neighbor bins -box size << cutoff (../neighbor.cpp:1737)
按照lammps error中的提示，显示

Cannot use neighbor bins - box size << cutoffToo many neighbor bins will be created. This typically happens when the simulation box is very small in some dimension, compared to the neighbor cutoff. Use the “nsq” style instead of “bin” style.

我尝试着将我的box设置大一点，从16*16*1改为50*50*1，可是错误依然存在。势函数采用的是tersoff势函数。

部分in文件如下：

units    metal
variable T equal 300       # in K
variable V equal vol       # in A^3
variable dt equal 0.0005    # in ps
variable p equal 100000    # correlation length
variable s equal 1    # sample interval
variable d equal $p*$s # dump interval

# convert from LAMMPS real units to SI # donot change this part

variable kB equal 1.3806504e-23 # [J/K] Boltzmann
variable eV2J equal 1.60217646e-19
variable A2m equal 1.0e-10
variable ps2s equal 1.0e-12
variable convert equal ${eV2J}*${eV2J}/${ps2s}/${A2m}

# setup problem

#dimension 3
#boundary    p p p
#lattice    fcc 5.376 orient x 1 0 0 orient y 0 1 0 orient z 0 0 1

#region    box block 0 4 0 4 0 4
#create_box 1 box
#create_atoms 1 box
#mass       1 39.948
#pair_style lj/cut 13.0
#pair_coeff * * 0.010325 3.405
#timestep    ${dt}
#thermo    $d

# for reading data file

# read structure from data file

dimension 3
boundary    p p s
read_data       data.graphite

#potential function

pair_style  tersoff
pair_coeff * * SiC.tersoff Si
timestep    ${dt}
thermo    $d

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1楼 2016-05-13 12:42:37

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青春逍遥啊

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引用回帖:

7楼: Originally posted by brucefan at 2016-05-13 19:51:50
Hello,

I think you are using the Green-Kubo method. The problem of lammps is that the heat current (also called heat flux)
formula implemented in lammps is only correct of two-body potentials ...

您好：
感谢您详细的回答，不好意思，前段时间出去学习，一直没有机会回复。您的文章我会仔细阅读作为参考。