24小时热门版块排行榜    

查看: 5357  |  回复: 18
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

青春逍遥啊

新虫 (小有名气)

[求助] 计算石墨烯热导率平衡态,求助! 已有2人参与

如题,我想用lammps计算石墨烯的平衡态热导率,我用ms建立16*16*1的石墨烯模型,边界条件如果是ppp,则运行没有问题,如果改为pps,则总是出现如下错误:
     cannot use neighbor bins -box size << cutoff   (../neighbor.cpp:1737)
按照lammps    error中的提示,显示

Cannot use neighbor bins - box size << cutoffToo many neighbor bins will be created. This typically happens when the simulation box is very small in some dimension, compared to the neighbor cutoff. Use the “nsq” style instead of “bin” style.


我尝试着将我的box设置大一点,从16*16*1改为50*50*1,可是错误依然存在。势函数采用的是tersoff势函数。


部分in文件如下:

units       metal
variable    T equal 300          # in K
variable    V equal vol          # in A^3
variable    dt equal 0.0005      # in ps
variable    p equal 100000     # correlation length
variable    s equal 1      # sample interval
variable    d equal $p*$s   # dump interval

# convert from LAMMPS real units to SI   # donot change this part

variable    kB equal 1.3806504e-23    # [J/K] Boltzmann
variable    eV2J equal 1.60217646e-19
variable    A2m equal 1.0e-10
variable    ps2s equal 1.0e-12
variable    convert equal ${eV2J}*${eV2J}/${ps2s}/${A2m}

# setup problem

#dimension    3
#boundary     p p p
#lattice      fcc 5.376 orient x 1 0 0 orient y 0 1 0 orient z 0 0 1

#region       box block 0 4 0 4 0 4
#create_box   1 box
#create_atoms 1 box
#mass         1 39.948
#pair_style   lj/cut 13.0
#pair_coeff   * * 0.010325 3.405
#timestep     ${dt}
#thermo       $d


# for reading data file

# read structure from data file

dimension    3
boundary     p p s
read_data         data.graphite

#potential function

pair_style  tersoff
pair_coeff * * SiC.tersoff Si
timestep     ${dt}
thermo       $d
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

青春逍遥啊

新虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by brucefan at 2016-05-13 19:51:50
Hello,

I think you are using the Green-Kubo method. The problem of lammps is that the heat current (also called heat flux)
formula implemented in lammps is only correct of two-body potentials  ...

您好:
  感谢您详细的回答,不好意思,前段时间出去学习,一直没有机会回复。您的文章我会仔细阅读作为参考。
13楼2016-05-19 19:32:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 19 个回答

brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你确定你的文件是模拟石墨烯的?怎么看上去是模拟氩的?晶格是fcc,质量是40?这不是石墨烯吧?

当然,即使你这里全都搞对了,你也得不到正确结果,因为lammps在这个问题上有严重错误。具体的细节我以后用电脑再说。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
3楼2016-05-13 18:17:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

不好意思啊,我看错了。你这是部分文件,而且我说的那部分注释掉了。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
4楼2016-05-13 18:19:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

青春逍遥啊

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by brucefan at 2016-05-13 18:19:05
不好意思啊,我看错了。你这是部分文件,而且我说的那部分注释掉了。

嗯啊,我是建的石墨烯,用data读出来的。不知道为什么出现这个错误。
5楼2016-05-13 19:08:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 YLHlRHNwYkce 2026-09-02 8/400 2026-09-03 12:05 by T0rGB46095mJ
[教师之家] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 YLHlRHNwYkce 2026-09-02 8/400 2026-09-03 12:03 by T0rGB46095mJ
[基金申请] 国社科又开始会评了,不知道这次命运如何 +9 雨打竹帘 2026-08-30 13/650 2026-09-03 08:16 by kudofaye
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见(F口面上) +8 gdd2018 2026-08-28 13/650 2026-09-03 06:22 by 羽毛枫f
[公派出国] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ero8OE6tv9cu 2026-09-02 4/200 2026-09-03 03:14 by rM1TE0WVDIIY
[博后之家] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ero8OE6tv9cu 2026-09-02 6/300 2026-09-02 23:59 by rM1TE0WVDIIY
[基金申请] 科研人应该花精力去思考如何解决问题,而不是去凝练问题 +7 瞬息宇宙 2026-09-01 14/700 2026-09-02 17:33 by ma0526
[基金申请] 要骂人了,新模版改版就是要淡化问题凝练这种虚的东西,结果有个评委还在说凝练得不够 +9 瞬息宇宙 2026-08-31 17/850 2026-09-02 14:04 by anjeeshine
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 10/500 2026-09-02 11:35 by 大不刘6
[基金申请] 学科评审组评审是指会评吗? +5 瞬息宇宙 2026-08-31 5/250 2026-09-02 10:13 by 雨冰共舞
[基金申请] 面上函评意见出来了,像什么等级? 20+4 Tsingking1 2026-08-27 17/850 2026-09-01 19:51 by 超级无敌华子
[论文投稿] 小白求助 投论文要求的highlights应该如何写 5+3 l1963982152 2026-08-29 4/200 2026-09-01 09:04 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 能否申诉? +7 echo8914667 2026-08-30 8/400 2026-08-31 17:00 by yihongxu
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗? +7 349506619 2026-08-28 7/350 2026-08-31 13:39 by 冼亮淀粉酶
[基金申请] 29号明天会评吗 +4 笨笨唐 2026-08-28 4/200 2026-08-31 09:30 by huixian257
[基金申请] 为什么到现在没收到通知? +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已,这评审意见是按照杰青的条件评的吧? +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
信息提示
请填处理意见