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fzhrobin

木虫 (正式写手)

[交流] 得到差异蛋白,我们能做什么

大家好!有个疑问也是困惑想请教大家
如果我得到两个植物样品(一个对照和一个逆境胁迫处理)的差异蛋白,也预测到差异蛋白它们可能的功能,那么接下来从蛋白质组学的角度研究的话,我们能做些哪方面的研究呢?
查到的文献,很多都是先做2-D电泳,找出差异蛋白,然后用软件进行分析,预测功能(或者直接通过高分辨质谱找出差异蛋白)。大多数之后没有后文了(一篇文章到此结束),要不就到了基因层面,再进行west-blot验证。如果我们从蛋白的角度出发,不涉及基因的话,我们还能做些什么研究呢?疑惑之处,请大家帮忙解答。

或者大家有新的思路,欢迎分享
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~!


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差异蛋白GO,KEGG分类与富集;
再看富集到的GO或KEGG分类主要涉及什么功能;
如果还有文献报道表达水平,可以看一下表达水平与翻译水平的相关性;
如果要发高水平的文章,应该需要再做实验验证的吧?
4楼2016-05-13 12:36:38
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fzhrobin

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by xp198766 at 2016-05-13 12:36:38
差异蛋白GO,KEGG分类与富集;
再看富集到的GO或KEGG分类主要涉及什么功能;
如果还有文献报道表达水平,可以看一下表达水平与翻译水平的相关性;
如果要发高水平的文章,应该需要再做实验验证的吧?

请问,如果做KEGG分析的话,一般能发什么档次的文章?
7楼2016-06-13 14:03:43
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普通回帖

fzhrobin(金币+1): 谢谢参与
2楼2016-05-13 10:02:58
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狂狼222

禁虫 (小有名气)


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3楼2016-05-13 11:24:37
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爱情曼陀罗

新虫 (著名写手)

5楼2016-05-14 12:58:16
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Crescendo

铁杆木虫 (著名写手)


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研究感兴趣蛋白功能

发自小木虫Android客户端
日拱一卒,功不唐捐
6楼2016-05-14 16:29:40
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~!


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引用回帖:
7楼: Originally posted by fzhrobin at 2016-06-13 14:03:43
请问,如果做KEGG分析的话,一般能发什么档次的文章?...

这都是标准流程,不能说发什么档次的文章。一般做了组学的东西,都要涉及通路分析。如果发现新东西,好东西就高IF,如果没什么特点,就难说了
8楼2016-06-13 14:13:41
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fzhrobin

木虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by xp198766 at 2016-06-13 14:13:41
这都是标准流程,不能说发什么档次的文章。一般做了组学的东西,都要涉及通路分析。如果发现新东西,好东西就高IF,如果没什么特点,就难说了...

请问,通路分析对于没有一点相关基础或者说背景的人来说,上手快不快?是不是都是利用一些软件进行的分析呢?我们是刚刚起步,准备做点蛋白质组学方面的研究
9楼2016-06-13 14:21:30
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yuguiyan

至尊木虫 (文坛精英)

引用回帖:
9楼: Originally posted by fzhrobin at 2016-06-13 14:21:30
请问,通路分析对于没有一点相关基础或者说背景的人来说,上手快不快?是不是都是利用一些软件进行的分析呢?我们是刚刚起步,准备做点蛋白质组学方面的研究...

很难啊,是个坑

发自小木虫Android客户端
10楼2016-06-13 15:06:35
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