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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » rna测序文库问题
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biobi0

新虫 (小有名气)

[求助] rna测序文库问题 已有1人参与

构建不同RNA测序文库  比如small RNA 先是接头连接 再反转录cDNA  再进一步PCR 测序        为什么做Rip测序文库  先是反转录cDNA 再接头连接 再pcr测序
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1楼 2016-05-10 16:35:21
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jianguochen

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你说的Rip是指RNA Immunoprecipitation的么？small RNA 建库先加接头是因为其太短，不适合像常规mRNA那样用N6或者oligo dT进行逆转录；而你的Rip免疫沉淀下来的还是mRNA吧，自然就是按mRNA的套路来了。
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2楼2016-05-11 09:21:16
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biobi0

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jianguochen at 2016-05-11 09:21:16
你说的Rip是指RNA Immunoprecipitation的么？small RNA 建库先加接头是因为其太短，不适合像常规mRNA那样用N6或者oligo dT进行逆转录；而你的Rip免疫沉淀下来的还是mRNA吧，自然就是按mRNA的套路来了。

是的是的 我查了是这个原因  能再请教下你 为什么有的要做链特异呢？？

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3楼2016-05-11 21:57:05
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jianguochen

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by biobi0 at 2016-05-11 21:57:05
是的是的 我查了是这个原因  能再请教下你 为什么有的要做链特异呢？？
...

链特异是区分RNA转录自DNA的哪一条链，虽然绝大部分mRNA转录自正义链，但反义链也是有转录的。连特异性测序可以对应read1 、read2与正义链转录本、反义链转录本的关系。没记错的话，read2来自正义链、read1来自反义链。你自己可以空间想象一下或者画一画。
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4楼2016-05-12 09:22:10
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