应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 16s rDNA菌种鉴定TA克隆后测序引物及比对相关问题
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 1261  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

AWANGJIACUO

新虫 (初入文坛)

[交流] 16s rDNA菌种鉴定TA克隆后测序引物及比对相关问题 已有2人参与

各位虫友，本人最近在做一份16s rDNA菌种鉴定，是肠道微生物提取的DNA，经27F和1492R扩增条带很亮，回收后直接测序峰图显示模板不纯，故做TA克隆，转化涂板后做菌落PCR显示大部分为阳性克隆，然后提取相应质粒进行测序，问题出现了：（1）用M13-47和M13-48测序结果峰图是OK的，但用27F和1492R测序的峰图仍显示模板不纯，我确定挑的是单菌落，问题出在哪了呢；（2）M13-47和M13-48测序结果拼接后比对的结果,有个不明白的地方是，比对的参考菌株显示时是complete genome的partial sequence，而不是16S ribosomal RNA,请问各位大神这是正常现象吗？
回复此楼

» 猜你喜欢
好好活吧，因为我们会死很久。。。
1楼 2016-05-09 17:03:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yesucao

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
1、楼主提供的肠道微生物，自然DNA模板就混合的，16S扩增的条带都是1500bp，相当于测序的模板是非单一的，测序会出现杂峰的情况；
2、楼主后期做TA克隆是正确的方案，将后期的拼接结果在NCBI中进行比对就可以了。
赞一下 回复此楼
2楼2016-05-09 19:56:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

AWANGJIACUO

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yesucao at 2016-05-09 19:56:28
1、楼主提供的肠道微生物，自然DNA模板就混合的，16S扩增的条带都是1500bp，相当于测序的模板是非单一的，测序会出现杂峰的情况；
2、楼主后期做TA克隆是正确的方案，将后期的拼接结果在NCBI中进行比对就可以了。

谢谢回复  但是还是没能回答我的问题
赞一下 回复此楼
好好活吧，因为我们会死很久。。。
3楼2016-05-09 22:31:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cyhm082

捐助贵宾 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
那你尝试用27F和1492R以质粒为模板进行扩增，再以PCR产物测序看看咯

发自小木虫Android客户端
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2016-05-11 22:38:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

AWANGJIACUO

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by cyhm082 at 2016-05-11 22:38:57
那你尝试用27F和1492R以质粒为模板进行扩增，再以PCR产物测序看看咯

嗯嗯 谢谢 我试试
回复此楼
好好活吧，因为我们会死很久。。。
5楼2016-05-12 15:37:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 AWANGJIACUO 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 食品工程专硕求调剂 +3 小张zxy张 2026-03-26 3/150 2026-03-27 01:14 by dgnhs
[考研] 349求调剂 +5 杰斯塔里斯 2026-03-21 5/250 2026-03-27 00:31 by wxiongid
[考研] 291求调剂 +9 hhhhxn.. 2026-03-23 9/450 2026-03-26 18:59 by 不吃魚的貓
[考研] 340求调剂 +3 Amber00 2026-03-26 3/150 2026-03-26 18:57 by 不吃魚的貓
[考研] 085602化学工程求调剂。 +4 平乐乐乐 2026-03-26 4/200 2026-03-26 17:57 by fmesaito
[考研] 一志愿北京化工大学材料与化工 264分各科过A区国家线 +6 哈哈157349 2026-03-21 6/300 2026-03-26 10:39 by 醉在风里
[考研] 085600 材料与化工 329分求调剂 +9 Mr. Z 2026-03-25 9/450 2026-03-26 10:36 by baoball
[考研] 332求调剂 +6 032500 2026-03-25 6/300 2026-03-25 22:45 by 418490947
[考研] 机械学硕总分317求调剂！！！！ +4 Acaciad 2026-03-25 4/200 2026-03-25 19:59 by hanserlol
[考研] 302求调剂 +4 锦衣卫藤椒 2026-03-25 4/200 2026-03-25 16:29 by 功夫疯狂
[考研] 材料学求调剂 +6 Stella_Yao 2026-03-20 6/300 2026-03-25 00:37 by baoball
[考研] 291求调剂 +3 HanBeiNingZC 2026-03-24 3/150 2026-03-24 16:34 by barlinike
[考研] 293求调剂 +3 涛涛Wjt 2026-03-22 5/250 2026-03-22 22:21 by jiangpengfei
[考研] 石河子大学（211、双一流）硕博研究生长期招生公告 +3 李子目 2026-03-22 3/150 2026-03-22 21:01 by 怎么释怀
[考研] 315分，诚求调剂，材料与化工085600 +3 13756423260 2026-03-22 3/150 2026-03-22 20:11 by edmund7
[考研] 求调剂一志愿海大，0703化学学硕304分，有大创项目，四级已过 +6 幸运哩哩 2026-03-22 10/500 2026-03-22 20:10 by edmund7
[考研] 311求调剂 +3 26研0 2026-03-20 3/150 2026-03-22 14:46 by ColorlessPI
[考研] 0805材料320求调剂 +3 深海物语 2026-03-20 3/150 2026-03-21 15:46 by 无际的草原
[考研] 一志愿 南京航空航天大学大学 ，080500材料科学与工程学硕 +5 @taotao 2026-03-20 5/250 2026-03-20 20:16 by JourneyLucky
[考研] 353求调剂 +3 拉钩不许变 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:56 by JourneyLucky
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭