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AWANGJIACUO新虫 (初入文坛)
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16s rDNA菌种鉴定TA克隆后测序引物及比对相关问题 已有2人参与
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| 各位虫友，本人最近在做一份16s rDNA菌种鉴定，是肠道微生物提取的DNA，经27F和1492R扩增条带很亮，回收后直接测序峰图显示模板不纯，故做TA克隆，转化涂板后做菌落PCR显示大部分为阳性克隆，然后提取相应质粒进行测序，问题出现了：（1）用M13-47和M13-48测序结果峰图是OK的，但用27F和1492R测序的峰图仍显示模板不纯，我确定挑的是单菌落，问题出在哪了呢；（2）M13-47和M13-48测序结果拼接后比对的结果,有个不明白的地方是，比对的参考菌株显示时是complete genome的partial sequence，而不是16S ribosomal RNA,请问各位大神这是正常现象吗？ |
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