应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 16s rDNA菌种鉴定TA克隆后测序引物及比对相关问题
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 1270  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

AWANGJIACUO

新虫 (初入文坛)

[交流] 16s rDNA菌种鉴定TA克隆后测序引物及比对相关问题 已有2人参与

各位虫友，本人最近在做一份16s rDNA菌种鉴定，是肠道微生物提取的DNA，经27F和1492R扩增条带很亮，回收后直接测序峰图显示模板不纯，故做TA克隆，转化涂板后做菌落PCR显示大部分为阳性克隆，然后提取相应质粒进行测序，问题出现了：（1）用M13-47和M13-48测序结果峰图是OK的，但用27F和1492R测序的峰图仍显示模板不纯，我确定挑的是单菌落，问题出在哪了呢；（2）M13-47和M13-48测序结果拼接后比对的结果,有个不明白的地方是，比对的参考菌株显示时是complete genome的partial sequence，而不是16S ribosomal RNA,请问各位大神这是正常现象吗？
回复此楼

» 猜你喜欢
好好活吧，因为我们会死很久。。。
1楼 2016-05-09 17:03:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yesucao

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
1、楼主提供的肠道微生物，自然DNA模板就混合的，16S扩增的条带都是1500bp，相当于测序的模板是非单一的，测序会出现杂峰的情况；
2、楼主后期做TA克隆是正确的方案，将后期的拼接结果在NCBI中进行比对就可以了。
赞一下 回复此楼
2楼2016-05-09 19:56:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

AWANGJIACUO

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yesucao at 2016-05-09 19:56:28
1、楼主提供的肠道微生物，自然DNA模板就混合的，16S扩增的条带都是1500bp，相当于测序的模板是非单一的，测序会出现杂峰的情况；
2、楼主后期做TA克隆是正确的方案，将后期的拼接结果在NCBI中进行比对就可以了。

谢谢回复  但是还是没能回答我的问题
赞一下 回复此楼
好好活吧，因为我们会死很久。。。
3楼2016-05-09 22:31:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cyhm082

捐助贵宾 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
那你尝试用27F和1492R以质粒为模板进行扩增，再以PCR产物测序看看咯

发自小木虫Android客户端
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2016-05-11 22:38:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

AWANGJIACUO

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by cyhm082 at 2016-05-11 22:38:57
那你尝试用27F和1492R以质粒为模板进行扩增，再以PCR产物测序看看咯

嗯嗯 谢谢 我试试
回复此楼
好好活吧，因为我们会死很久。。。
5楼2016-05-12 15:37:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 AWANGJIACUO 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085602化工求调剂（331分） +8 111@127 2026-03-30 8/400 2026-03-30 21:23 by 研究僧导导
[考研] 一志愿郑大材料工程290求调剂 +11 Youth_ 2026-03-30 11/550 2026-03-30 21:01 by peike
[考研] 332求调剂 +14 032500 2026-03-25 14/700 2026-03-30 20:03 by 无际的草原
[考研] 085600 286分 材料求调剂 +11 麻辣鱿鱼 2026-03-27 12/600 2026-03-30 19:33 by Wang200018
[有机交流] 考研调剂 +8 watb 2026-03-26 8/400 2026-03-30 18:40 by 544594351
[考研] 287求调剂 +14 land xuxu 2026-03-26 14/700 2026-03-30 18:38 by 544594351
[考研] 0703化学/290求调剂/本科经历丰富/工科也可 +13 丹青奶盖 2026-03-26 15/750 2026-03-30 12:35 by fangnagu
[考研] 311求调剂 +10 lin0039 2026-03-26 10/500 2026-03-30 10:26 by herarysara
[考研] 375求调剂 +6 雨夏整夜 2026-03-29 6/300 2026-03-30 10:21 by herarysara
[考研] 343求调剂 +6 爱羁绊 2026-03-29 6/300 2026-03-29 12:00 by 无际的草原
[考研] 数一英一271专硕（085401）求调剂，可跨 +7 前行必有光 2026-03-28 8/400 2026-03-28 23:22 by 小木虫tim
[考研] 292求调剂 +14 鹅鹅鹅额额额额� 2026-03-25 15/750 2026-03-28 08:45 by WYUMater
[考研] 0703化学求调剂，各位老师看看我！！！ +5 祁祺祺 2026-03-25 5/250 2026-03-27 21:44 by 东方猪猪
[考博] 26申博 +3 加油冲啊！ 2026-03-26 3/150 2026-03-27 15:38 by cls512
[考研] 316求调剂 +5 Pigcasso 2026-03-24 5/250 2026-03-27 12:10 by zhshch
[考研] 314求调剂 +3 溪云珂 2026-03-26 3/150 2026-03-27 11:20 by sanrepian
[考研] 321求调剂 +6 Ymlll 2026-03-24 6/300 2026-03-26 20:50 by 不吃魚的貓
[考研] 材料调剂 5+4 想要一壶桃花水 2026-03-25 10/500 2026-03-26 19:56 by 不吃魚的貓
[考研] 303求调剂 +6 蓝山月 2026-03-25 6/300 2026-03-25 22:47 by 418490947
[考研] 一志愿武理085500机械专业总分300求调剂 +3 an10101 2026-03-24 7/350 2026-03-25 00:00 by 山鬼0-
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭