| 查看: 2647 | 回复: 7 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
新丰客木虫 (小有名气)
|
[求助]
shell脚本问题
|
||
|
写shell脚本提交sge，但提交集群之后qstat显示run一会就Eqw。刚刚接触shell脚本，跟着书学了一遍，sge以及mpi用法都是临时查网上的。主要疑问有这几个： 0，先说我要做的，就是通过不同大小的k点数目来测试其在多少k点时候能量已经开始收敛。我的做法是把pwscf的脚本K_POINTS部分先删掉成beta12.ktest.in文件，然后创建一个$k_points.in的文件存放不同的k点，然后用cat将原来pwscf脚本beta12.ktest.in文件连接起来成为一个新脚本conjunction.in。这些都通过for(())循环来用pw.x来执行。 1，shell虽然都当作字符处理但是我的np已经声明declare过了为何错误提示还会说Unable to read script file because of error: Numerical value invalid! The initial portion of string "$np" contains no decimal number非十进制？？？ 2，若把#$ -pe orte8x $np定义并行环境，后改成数字就可以交但运行后Eqw，投递任务出错，这是什么意思？ 4，我再写sge或者pbe环境变量时到底需要编写那些必要变量（网上虽然有一些但是都必要的么）集群上并没有提示。 5，mpirun的用法上的理解，np是核数就是总共用np个核来计算，npool是通信池数，就是把总的k点分成npl个块来计算。np个核除以npl个块就是每个块用来计算的核数。是这个意思么？还有网上只有fortran和c的mpi编写，对于shell来说调用mpi时候用什么解释器么？还是说其中的那个#$ -S /bin/bash/就够了。 6，我有一个可以修改的脚本，但我希望能有朋友能帮忙解答一下问题，当然您要是给现成的脚本我也谢谢，可我还是希望能得到答复。谢谢。 #! /bin/bash/ #$ -S /bin/bash/ declare -i np=128 declare -i npl=16 np=${np}*1 npl=${npl}*1 INPUT_PATH="pwd" #$ -pe orte8x $np #$ -N beta12.kpoints.in #$ -cwd #$ -o /home/oai/work/tmp/outdir/err.out #$ -j y #$ -l h_cpu=12:00:00 #$ -q para0.q if [ -f conjunction* ] then rm -f conjunction* fi for((k=10;k <=30;k=k+10)) do cat > $k.points.in << EOF K_POINTS {automatic} $k $k 1 1 1 1 EOF cat beta12.ktest.in $k.points.in > conjunction_$k.in mpirun -np ${np} home/oai/work/software/espresso-5.2.1/bin/pw.x -npool $npl <$INPUT_PATH/conjunction_$k.in >> $INPUT_PATH/beta12.vcrelax_$k.out qsub $INPUT_PATH/beta12.kpoints.in done |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 pwscf |
» 猜你喜欢
40+中年人失业后，还能找到好工作吗？
已经有13人回复
-
用NBS溴化时溶剂除了CCl4外还有什么
已经有6人回复
-
申请科研项目纯靠实力能成功吗？
已经有11人回复
-
极限拉扯，如何抉择
已经有15人回复
-
二审4个多月了还是Awaiting Reviewer Scores
已经有4人回复
-
OpenAI又攻克数学难题了，离AI做有机合成还有多远？
已经有13人回复
-
课题组会帮你通过考核么？
已经有7人回复
-
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有9人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急
已经有8人回复
-
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急
已经有10人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 请教一个VASP脚本问题，谢谢~
已经有2人回复
- shell 下join指令求助
已经有3人回复
- shell script的“（“错误的问题
已经有7人回复
- GAMESS version May 1 linux64 Gfortran+MKL编译详细过程
已经有12人回复
- shell编程小问题
已经有8人回复
- python之蟒开启理论计算化学的新时代
已经有22人回复
- batch_g03升级batch_auto_g03 啦！
已经有7人回复
- 某Nwchem编译脚本存在问题
已经有0人回复
- 使用AdNDP方法以及ELF/LOL、多中心键级研究多中心键
已经有14人回复
- BASH脚本的一个小问题
已经有3人回复
- 【求助】shell脚本awk实现特定取词
已经有6人回复
- 【sobereva个人文集】制作动画分析电子结构特征
已经有29人回复
- 【sobereva个人文集】自写Link生成Gaussian的IRC任务中每个点的波函数文件
已经有10人回复
- 关于VASP优化的UNIX SHELL脚本问题，急急！
已经有2人回复
- 【原创】在Fedora下安装Materials Studio 4.3
已经有17人回复
- 【求助】linux下的g03的批处理shell脚本的问题
已经有4人回复
- 【分享】mdbbs发布了三年优质资源汇总电子书
已经有48人回复
- 【neweroica个人文集】GaussView对VASP的接口程序—— vout2gout (v0.0)
已经有129人回复
cugmsn
木虫 (著名写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 7111.4
- 散金: 23
- 红花: 3
- 帖子: 1377
- 在线: 511.5小时
- 虫号: 262897
- 注册: 2006-07-01
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
5楼2016-05-19 19:59:19
新丰客
木虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 4069.3
- 红花: 2
- 帖子: 124
- 在线: 88.6小时
- 虫号: 3016715
- 注册: 2014-03-04
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
|
#! /bin/sh #$ -S /bin/sh module load intel/intel-ll module load openmpi/intel-ll export workdir=/home/oai/work/tmp/ export OMP_NUM_THREADS=1 export MKL_NUM_THREADS=1 #$ -pe orte 4 #$ -N beta12.kpoints.in #$ -cwd #$ -o /home/oai/work/tmp/outdir/err.out #$ -j y #$ -l h_cpu=12:00:00 #$ -q para0.q declare -i np=128 declare -i npl=16 np=${np}*1 npl=${npl}*1 INPUT_PATH="pwd" if [ -f conjunction* ] then rm -f conjunction* fi for((k=10;k <=30;k=k+10)) do cat > $k.points.in << EOF K_POINTS {automatic} $k $k 1 1 1 1 EOF cat beta12.ktest.in $k.points.in > conjunction_$k.in mpirun -np ${np} home/oai/work/software/espresso-5.1/bin/pw.x -npool $npl <$INPUT_PATH/conjunction_$k.in >> $INPUT_PATH/beta12.vcrelax_$k.out qsub $INPUT_PATH/beta12.kpoints.in done 这是按照集群要求新修改的 |
2楼2016-05-09 12:09:55
cugmsn
木虫 (著名写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 7111.4
- 散金: 23
- 红花: 3
- 帖子: 1377
- 在线: 511.5小时
- 虫号: 262897
- 注册: 2006-07-01
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
6楼2016-05-19 20:00:29
新丰客
木虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 4069.3
- 红花: 2
- 帖子: 124
- 在线: 88.6小时
- 虫号: 3016715
- 注册: 2014-03-04
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
7楼2016-05-23 13:58:15
200