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新丰客木虫 (小有名气)
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shell脚本问题
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写shell脚本提交sge，但提交集群之后qstat显示run一会就Eqw。刚刚接触shell脚本，跟着书学了一遍，sge以及mpi用法都是临时查网上的。主要疑问有这几个： 0，先说我要做的，就是通过不同大小的k点数目来测试其在多少k点时候能量已经开始收敛。我的做法是把pwscf的脚本K_POINTS部分先删掉成beta12.ktest.in文件，然后创建一个$k_points.in的文件存放不同的k点，然后用cat将原来pwscf脚本beta12.ktest.in文件连接起来成为一个新脚本conjunction.in。这些都通过for(())循环来用pw.x来执行。 1，shell虽然都当作字符处理但是我的np已经声明declare过了为何错误提示还会说Unable to read script file because of error: Numerical value invalid! The initial portion of string "$np" contains no decimal number非十进制？？？ 2，若把#$ -pe orte8x $np定义并行环境，后改成数字就可以交但运行后Eqw，投递任务出错，这是什么意思？ 4，我再写sge或者pbe环境变量时到底需要编写那些必要变量（网上虽然有一些但是都必要的么）集群上并没有提示。 5，mpirun的用法上的理解，np是核数就是总共用np个核来计算，npool是通信池数，就是把总的k点分成npl个块来计算。np个核除以npl个块就是每个块用来计算的核数。是这个意思么？还有网上只有fortran和c的mpi编写，对于shell来说调用mpi时候用什么解释器么？还是说其中的那个#$ -S /bin/bash/就够了。 6，我有一个可以修改的脚本，但我希望能有朋友能帮忙解答一下问题，当然您要是给现成的脚本我也谢谢，可我还是希望能得到答复。谢谢。 #! /bin/bash/ #$ -S /bin/bash/ declare -i np=128 declare -i npl=16 np=${np}*1 npl=${npl}*1 INPUT_PATH="pwd" #$ -pe orte8x $np #$ -N beta12.kpoints.in #$ -cwd #$ -o /home/oai/work/tmp/outdir/err.out #$ -j y #$ -l h_cpu=12:00:00 #$ -q para0.q if [ -f conjunction* ] then rm -f conjunction* fi for((k=10;k <=30;k=k+10)) do cat > $k.points.in << EOF K_POINTS {automatic} $k $k 1 1 1 1 EOF cat beta12.ktest.in $k.points.in > conjunction_$k.in mpirun -np ${np} home/oai/work/software/espresso-5.2.1/bin/pw.x -npool $npl <$INPUT_PATH/conjunction_$k.in >> $INPUT_PATH/beta12.vcrelax_$k.out qsub $INPUT_PATH/beta12.kpoints.in done |
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#! /bin/sh #$ -S /bin/sh module load intel/intel-ll module load openmpi/intel-ll export workdir=/home/oai/work/tmp/ export OMP_NUM_THREADS=1 export MKL_NUM_THREADS=1 #$ -pe orte 4 #$ -N beta12.kpoints.in #$ -cwd #$ -o /home/oai/work/tmp/outdir/err.out #$ -j y #$ -l h_cpu=12:00:00 #$ -q para0.q declare -i np=128 declare -i npl=16 np=${np}*1 npl=${npl}*1 INPUT_PATH="pwd" if [ -f conjunction* ] then rm -f conjunction* fi for((k=10;k <=30;k=k+10)) do cat > $k.points.in << EOF K_POINTS {automatic} $k $k 1 1 1 1 EOF cat beta12.ktest.in $k.points.in > conjunction_$k.in mpirun -np ${np} home/oai/work/software/espresso-5.1/bin/pw.x -npool $npl <$INPUT_PATH/conjunction_$k.in >> $INPUT_PATH/beta12.vcrelax_$k.out qsub $INPUT_PATH/beta12.kpoints.in done 这是按照集群要求新修改的 |
2楼2016-05-09 12:09:55
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#! /bin/sh #$ -S /bin/sh #module load intel/intel-11 #module load openmpi/intel-11 export workdir=`pwd` export OMP_NUM_THREADS=1 export MKL_NUM_THREADS=1 nps=32 npls=4 NAME=pai3 if [ -f ${NAME} ] then rm -fr ${NAME} else mkdir ${NAME} fi cp ${NAME}.ktest.in `pwd`/${NAME} cd `pwd`/${NAME} #echo `pwd` #echo "$workdir" for (( k=10;k <=100;k=k+5 )) do cat > QSUB_${NAME}_kpoints_$k << LLL #$ -pe orte8x 32 #$ -N kpoints #$ -cwd #$ -j y #$ -l h_cpu=36:00:00 #$ -q para1.q if [ -f *conjunction* ] then rm -f *conjunction* fi if [ -f ${k}.points.in ] then rm -f ${k}.points.in fi cat > $k.points.in << EOF K_POINTS {automatic} $k $k 1 1 1 1 EOF cat ${NAME}.ktest.in $k.points.in > ${NAME}_conjunction_$k.in mpirun -np ${nps} /home/gm/work/software/espresso-5.1/bin/pw.x -npool ${npls} <`pwd`/${NAME}_conjunction_$k.in >> `pwd`/${NAME}_vcrelax_$k.out echo "$INPUT_PAHT" rm -f $k.points.in ${NAME}_conjunction_$k.in LLL echo "`$workdir`" #echo `pwd` #echo "$INPUT_PATH" qsub `pwd`/QSUB_${NAME}_kpoints_$k #echo "$workdir" done |
8楼2016-05-23 14:01:26
