应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » QE(Pwscf) » shell脚本问题
81/1返回列表
查看: 2396  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

新丰客

木虫 (小有名气)

[求助] shell脚本问题

写shell脚本提交sge，但提交集群之后qstat显示run一会就Eqw。刚刚接触shell脚本，跟着书学了一遍，sge以及mpi用法都是临时查网上的。主要疑问有这几个：
0，先说我要做的，就是通过不同大小的k点数目来测试其在多少k点时候能量已经开始收敛。我的做法是把pwscf的脚本K_POINTS部分先删掉成beta12.ktest.in文件，然后创建一个$k_points.in的文件存放不同的k点，然后用cat将原来pwscf脚本beta12.ktest.in文件连接起来成为一个新脚本conjunction.in。这些都通过for(())循环来用pw.x来执行。
1，shell虽然都当作字符处理但是我的np已经声明declare过了为何错误提示还会说Unable to read script file because of error: Numerical value invalid!
The initial portion of string "$np" contains no decimal number非十进制？？？
2，若把#$ -pe orte8x $np定义并行环境，后改成数字就可以交但运行后Eqw，投递任务出错，这是什么意思？
4，我再写sge或者pbe环境变量时到底需要编写那些必要变量（网上虽然有一些但是都必要的么）集群上并没有提示。
5，mpirun的用法上的理解，np是核数就是总共用np个核来计算，npool是通信池数，就是把总的k点分成npl个块来计算。np个核除以npl个块就是每个块用来计算的核数。是这个意思么？还有网上只有fortran和c的mpi编写，对于shell来说调用mpi时候用什么解释器么？还是说其中的那个#$ -S /bin/bash/就够了。
6，我有一个可以修改的脚本，但我希望能有朋友能帮忙解答一下问题，当然您要是给现成的脚本我也谢谢，可我还是希望能得到答复。谢谢。


#! /bin/bash/
#$ -S /bin/bash/
declare -i np=128
declare -i npl=16
np=${np}*1
npl=${npl}*1
INPUT_PATH="pwd"

#$ -pe orte8x $np
#$ -N beta12.kpoints.in
#$ -cwd
#$ -o /home/oai/work/tmp/outdir/err.out
#$ -j y
#$ -l h_cpu=12:00:00
#$ -q para0.q

if [ -f conjunction* ]
then rm -f conjunction*  
fi      
         
for((k=10;k <=30;k=k+10))
do      

cat > $k.points.in << EOF
K_POINTS {automatic}
$k $k 1 1 1 1
EOF


cat  beta12.ktest.in  $k.points.in > conjunction_$k.in


mpirun -np ${np} home/oai/work/software/espresso-5.2.1/bin/pw.x -npool $npl <$INPUT_PATH/conjunction_$k.in >> $INPUT_PATH/beta12.vcrelax_$k.out
  qsub $INPUT_PATH/beta12.kpoints.in
done
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

pwscf

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2016-05-08 23:40:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

新丰客

木虫 (小有名气)
#! /bin/sh
#$ -S /bin/sh
module load intel/intel-ll
module load openmpi/intel-ll
export workdir=/home/oai/work/tmp/
export OMP_NUM_THREADS=1
export MKL_NUM_THREADS=1

#$ -pe orte 4
#$ -N beta12.kpoints.in
#$ -cwd
#$ -o /home/oai/work/tmp/outdir/err.out
#$ -j y
#$ -l h_cpu=12:00:00
#$ -q para0.q


declare -i np=128
declare -i npl=16
np=${np}*1
npl=${npl}*1
INPUT_PATH="pwd"


if [ -f conjunction* ]
then rm -f conjunction*
fi

for((k=10;k <=30;k=k+10))
do

cat > $k.points.in << EOF
K_POINTS {automatic}
$k $k 1 1 1 1
EOF

cat beta12.ktest.in $k.points.in > conjunction_$k.in

mpirun -np ${np} home/oai/work/software/espresso-5.1/bin/pw.x -npool $npl <$INPUT_PATH/conjunction_$k.in >> $INPUT_PATH/beta12.vcrelax_$k.out


qsub $INPUT_PATH/beta12.kpoints.in
done
这是按照集群要求新修改的
赞一下 回复此楼
2楼2016-05-09 12:09:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

新丰客

木虫 (小有名气)
求助
回复此楼
3楼2016-05-11 12:31:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

新丰客

木虫 (小有名气)
已解决
回复此楼
4楼2016-05-19 13:06:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cugmsn

木虫 (著名写手)
曲高和寡

发自小木虫Android客户端
回复此楼
Don't stay in step,the profect partner is waiting there.
5楼2016-05-19 19:59:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cugmsn

木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 新丰客 at 2016-05-19 13:06:12
已解决

可以分享一下正确的脚本吗？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
Don't stay in step,the profect partner is waiting there.
6楼2016-05-19 20:00:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

新丰客

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by cugmsn at 2016-05-19 20:00:29
可以分享一下正确的脚本吗？
...

其实把if以及for格式写正确就没什大错误了，写成提交脚本的形式更好
赞一下 回复此楼
7楼2016-05-23 13:58:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

新丰客

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by cugmsn at 2016-05-19 20:00:29
可以分享一下正确的脚本吗？
...

#! /bin/sh
#$ -S /bin/sh
#module load intel/intel-11
#module load openmpi/intel-11
export workdir=`pwd`
export OMP_NUM_THREADS=1
export MKL_NUM_THREADS=1

nps=32
npls=4

NAME=pai3
if [ -f ${NAME} ]
then
   rm -fr ${NAME}
else
   mkdir ${NAME}
fi

cp ${NAME}.ktest.in `pwd`/${NAME}
cd `pwd`/${NAME}
#echo `pwd`
#echo "$workdir"


for (( k=10;k <=100;k=k+5 ))
do

cat > QSUB_${NAME}_kpoints_$k << LLL

#$ -pe orte8x 32
#$ -N kpoints
#$ -cwd
#$ -j y
#$ -l h_cpu=36:00:00
#$ -q para1.q


if [ -f *conjunction* ]
then rm -f *conjunction*
fi

if [ -f ${k}.points.in ]
then rm -f ${k}.points.in
fi

cat > $k.points.in << EOF
K_POINTS {automatic}
$k $k 1 1 1 1
EOF

cat ${NAME}.ktest.in $k.points.in > ${NAME}_conjunction_$k.in

mpirun -np ${nps} /home/gm/work/software/espresso-5.1/bin/pw.x -npool ${npls} <`pwd`/${NAME}_conjunction_$k.in >> `pwd`/${NAME}_vcrelax_$k.out

echo "$INPUT_PAHT"

rm -f $k.points.in ${NAME}_conjunction_$k.in
LLL

echo "`$workdir`"
#echo `pwd`
#echo "$INPUT_PATH"
qsub `pwd`/QSUB_${NAME}_kpoints_$k
#echo "$workdir"
done
赞一下 回复此楼
8楼2016-05-23 14:01:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 新丰客 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料工程085601，270求调剂 +29 @ASDF1234 2026-04-08 31/1550 2026-04-11 09:38 by 小晏唯
[考研] 085402通信工程调剂，有4项学科竞赛国奖（电赛国二），硕士研究生调剂自荐信。 +5 m永o不v言o弃m 2026-04-09 5/250 2026-04-11 09:33 by zhq0425
[考研] 求调剂 +10 翩翩一书生 2026-04-09 10/500 2026-04-11 09:32 by 益达核桃露
[考研] 284求调剂 +12 archer.. 2026-04-10 13/650 2026-04-11 08:44 by zhq0425
[考研] 本人女孩 +5 吼吼， 2026-04-10 7/350 2026-04-11 08:40 by 来看流星雨10
[考研] 材料类284调剂 +40 想换手机不想解� 2026-04-08 48/2400 2026-04-10 23:28 by 314126402
[考研] 调剂 +12 卷卷卷心菜_ 2026-04-09 13/650 2026-04-10 22:36 by Ftglcn90
[考研] 283求调剂 +21 那个噜子 2026-04-09 21/1050 2026-04-10 21:18 by zhouxiaoyu
[考研] 0856专硕求调剂 希望是a区院校 +21 好好休息好不好 2026-04-09 24/1200 2026-04-10 16:58 by luoyongfeng
[考研] 285求调剂 +9 AZMK 2026-04-07 11/550 2026-04-10 15:24 by AZMK
[考研] 一志愿西交机械专硕求调剂 +8 求上岸的小王 2026-04-10 8/400 2026-04-10 15:09 by hemengdong
[考研] 求调剂 +16 熊二想上岸 2026-04-04 16/800 2026-04-10 11:24 by may_新宇
[考研] 277求调剂 +19 倪建设 2026-04-06 19/950 2026-04-10 09:24 by guosr9609
[考研] 材料专硕(0856) 339分求调剂 +9 哈哈哈鹅哈哈哈 2026-04-09 10/500 2026-04-09 20:01 by Orcid
[考研] 281求调剂 +10 椰子蘑菇 2026-04-06 10/500 2026-04-08 11:43 by zzucheup
[考研] 材料调剂 +13 汉123456 2026-04-07 14/700 2026-04-07 22:53 by 来看流星雨10
[考研] 338求调剂 +5 小猪红色 678 2026-04-06 6/300 2026-04-07 21:18 by 乔哒哒哒
[考研] 277求调剂 数一104分 +9 瓶子PZ 2026-04-05 14/700 2026-04-07 17:52 by 蓝云思雨
[考研] 315求调剂 +5 ＆123456789 2026-04-05 5/250 2026-04-05 19:55 by nepu_uu
[考研] 272求调剂 +4 电气李 2026-04-05 4/200 2026-04-05 10:41 by lbsjt
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭