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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » QE(Pwscf) » shell脚本问题
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新丰客

木虫 (小有名气)

[求助] shell脚本问题

写shell脚本提交sge，但提交集群之后qstat显示run一会就Eqw。刚刚接触shell脚本，跟着书学了一遍，sge以及mpi用法都是临时查网上的。主要疑问有这几个：
0，先说我要做的，就是通过不同大小的k点数目来测试其在多少k点时候能量已经开始收敛。我的做法是把pwscf的脚本K_POINTS部分先删掉成beta12.ktest.in文件，然后创建一个$k_points.in的文件存放不同的k点，然后用cat将原来pwscf脚本beta12.ktest.in文件连接起来成为一个新脚本conjunction.in。这些都通过for(())循环来用pw.x来执行。
1，shell虽然都当作字符处理但是我的np已经声明declare过了为何错误提示还会说Unable to read script file because of error: Numerical value invalid!
The initial portion of string "$np" contains no decimal number非十进制？？？
2，若把#$ -pe orte8x $np定义并行环境，后改成数字就可以交但运行后Eqw，投递任务出错，这是什么意思？
4，我再写sge或者pbe环境变量时到底需要编写那些必要变量（网上虽然有一些但是都必要的么）集群上并没有提示。
5，mpirun的用法上的理解，np是核数就是总共用np个核来计算，npool是通信池数，就是把总的k点分成npl个块来计算。np个核除以npl个块就是每个块用来计算的核数。是这个意思么？还有网上只有fortran和c的mpi编写，对于shell来说调用mpi时候用什么解释器么？还是说其中的那个#$ -S /bin/bash/就够了。
6，我有一个可以修改的脚本，但我希望能有朋友能帮忙解答一下问题，当然您要是给现成的脚本我也谢谢，可我还是希望能得到答复。谢谢。


#! /bin/bash/
#$ -S /bin/bash/
declare -i np=128
declare -i npl=16
np=${np}*1
npl=${npl}*1
INPUT_PATH="pwd"

#$ -pe orte8x $np
#$ -N beta12.kpoints.in
#$ -cwd
#$ -o /home/oai/work/tmp/outdir/err.out
#$ -j y
#$ -l h_cpu=12:00:00
#$ -q para0.q

if [ -f conjunction* ]
then rm -f conjunction*  
fi      
         
for((k=10;k <=30;k=k+10))
do      

cat > $k.points.in << EOF
K_POINTS {automatic}
$k $k 1 1 1 1
EOF


cat  beta12.ktest.in  $k.points.in > conjunction_$k.in


mpirun -np ${np} home/oai/work/software/espresso-5.2.1/bin/pw.x -npool $npl <$INPUT_PATH/conjunction_$k.in >> $INPUT_PATH/beta12.vcrelax_$k.out
  qsub $INPUT_PATH/beta12.kpoints.in
done
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1楼 2016-05-08 23:40:13
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新丰客

木虫 (小有名气)
#! /bin/sh
#$ -S /bin/sh
module load intel/intel-ll
module load openmpi/intel-ll
export workdir=/home/oai/work/tmp/
export OMP_NUM_THREADS=1
export MKL_NUM_THREADS=1

#$ -pe orte 4
#$ -N beta12.kpoints.in
#$ -cwd
#$ -o /home/oai/work/tmp/outdir/err.out
#$ -j y
#$ -l h_cpu=12:00:00
#$ -q para0.q


declare -i np=128
declare -i npl=16
np=${np}*1
npl=${npl}*1
INPUT_PATH="pwd"


if [ -f conjunction* ]
then rm -f conjunction*
fi

for((k=10;k <=30;k=k+10))
do

cat > $k.points.in << EOF
K_POINTS {automatic}
$k $k 1 1 1 1
EOF

cat beta12.ktest.in $k.points.in > conjunction_$k.in

mpirun -np ${np} home/oai/work/software/espresso-5.1/bin/pw.x -npool $npl <$INPUT_PATH/conjunction_$k.in >> $INPUT_PATH/beta12.vcrelax_$k.out


qsub $INPUT_PATH/beta12.kpoints.in
done
这是按照集群要求新修改的
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2楼2016-05-09 12:09:55
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新丰客

木虫 (小有名气)
求助
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3楼2016-05-11 12:31:42
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新丰客

木虫 (小有名气)
已解决
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4楼2016-05-19 13:06:12
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cugmsn

木虫 (著名写手)
曲高和寡

发自小木虫Android客户端
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Don't stay in step,the profect partner is waiting there.
5楼2016-05-19 19:59:19
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cugmsn

木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 新丰客 at 2016-05-19 13:06:12
已解决

可以分享一下正确的脚本吗？

发自小木虫Android客户端
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Don't stay in step,the profect partner is waiting there.
6楼2016-05-19 20:00:29
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新丰客

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by cugmsn at 2016-05-19 20:00:29
可以分享一下正确的脚本吗？
...

其实把if以及for格式写正确就没什大错误了，写成提交脚本的形式更好
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7楼2016-05-23 13:58:15
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新丰客

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by cugmsn at 2016-05-19 20:00:29
可以分享一下正确的脚本吗？
...

#! /bin/sh
#$ -S /bin/sh
#module load intel/intel-11
#module load openmpi/intel-11
export workdir=`pwd`
export OMP_NUM_THREADS=1
export MKL_NUM_THREADS=1

nps=32
npls=4

NAME=pai3
if [ -f ${NAME} ]
then
   rm -fr ${NAME}
else
   mkdir ${NAME}
fi

cp ${NAME}.ktest.in `pwd`/${NAME}
cd `pwd`/${NAME}
#echo `pwd`
#echo "$workdir"


for (( k=10;k <=100;k=k+5 ))
do

cat > QSUB_${NAME}_kpoints_$k << LLL

#$ -pe orte8x 32
#$ -N kpoints
#$ -cwd
#$ -j y
#$ -l h_cpu=36:00:00
#$ -q para1.q


if [ -f *conjunction* ]
then rm -f *conjunction*
fi

if [ -f ${k}.points.in ]
then rm -f ${k}.points.in
fi

cat > $k.points.in << EOF
K_POINTS {automatic}
$k $k 1 1 1 1
EOF

cat ${NAME}.ktest.in $k.points.in > ${NAME}_conjunction_$k.in

mpirun -np ${nps} /home/gm/work/software/espresso-5.1/bin/pw.x -npool ${npls} <`pwd`/${NAME}_conjunction_$k.in >> `pwd`/${NAME}_vcrelax_$k.out

echo "$INPUT_PAHT"

rm -f $k.points.in ${NAME}_conjunction_$k.in
LLL

echo "`$workdir`"
#echo `pwd`
#echo "$INPUT_PATH"
qsub `pwd`/QSUB_${NAME}_kpoints_$k
#echo "$workdir"
done
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8楼2016-05-23 14:01:26
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