应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 关于用lammps的compute 命令计算原子位移
51/1返回列表
查看: 5022  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

我爱bigbang

金虫 (小有名气)

[求助] 关于用lammps的compute 命令计算原子位移 已有2人参与

我想要计算原子的位移，使用的是compute dis all displace/atom，但是计算出现错误。ERROR: Dump custom compute does not calculate per-atom vector
部分输入文件如下：
fix 1 all npt temp 300.0 300.1 1.0 x 0.0 0.0  3000 y 0.0 0.0 3000  z 0.0 0.0 3000
fix 2 all temp/rescale 1 300 300.1 0.05 1.0

compute         s all  stress/atom NULL
compute         strea all  reduce sum c_s[1]
variable        stressa equal c_strea/vol
compute         streb all  reduce sum c_s[2]
variable        stressb equal c_streb/vol
compute         strec all  reduce sum c_s[3]
variable        stressc equal c_strec/vol
compute         epot all  pe/atom
compute         csym all centro/atom 4
compute         coord all coord/atom 2.0
compute 1 all pe/atom
compute 2 all ke/atom
compute dis all displace/atom
thermo_style    custom step temp etotal press v_stressa  v_stressb v_stressc vol lx ly lz
dump 2 all custom 1000 dump.2 id type xu yu zu c_1 c_2 c_dis                                         

run  200000
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2016-05-03 15:25:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

我爱bigbang

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by abinitio at 2016-05-03 15:50:51
没用过此命令。
我想说的是，为什么不通过两个时间的位置坐标来自己 算呢？

我想dump出来的话，可以直接从OVITO中看到。
赞一下 回复此楼
3楼2016-05-03 15:54:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答

abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
没用过此命令。
我想说的是，为什么不通过两个时间的位置坐标来自己 算呢？
赞一下 回复此楼
2楼2016-05-03 15:50:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qw8276617

银虫 (小有名气)
你的thermo-style里含有矢量，而dump里不能含有矢量

发自小木虫IOS客户端
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2016-05-03 20:55:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qw8276617

银虫 (小有名气)
dump可以这样写，c_dis[1]

发自小木虫IOS客户端
赞一下(2人) 回复此楼
5楼2016-05-03 20:56:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 302求调剂 +6 易！? 2026-04-13 6/300 2026-04-13 09:39 by fqwang
[考研] 一志愿鲁东大学071000生物学学硕初试分数276求调剂 +5 慕绝cc 2026-04-09 5/250 2026-04-13 09:15 by boborun
[考研] 290调剂生物0860 +28 哇哈哈，。 2026-04-11 31/1550 2026-04-13 01:16 by 幸免 ..
[考研] 复试调剂 +14 积极向上； 2026-04-10 16/800 2026-04-12 20:02 by gruyclewee
[考研] 2本，初试303，0860求调剂 +6 floriea 2026-04-12 8/400 2026-04-12 18:13 by zhouxiaoyu
[考研] 一志愿华中农微生物，288分，三年实验经历 +11 代fish 2026-04-09 11/550 2026-04-12 10:21 by Hayaay
[考研] 347求调剂 +4 mhyqyy 2026-04-06 4/200 2026-04-12 02:27 by 秋豆菜芽
[考研] 0860004 求调剂 309分 +9 Yin DY 2026-04-08 9/450 2026-04-11 22:55 by dongdian1
[考研] 11408。358求调剂 +3 TMYzds 2026-04-07 3/150 2026-04-11 17:10 by 氮气气气
[考研] 0854调剂 +8 950824he@ 2026-04-09 8/400 2026-04-11 10:11 by zhq0425
[考研] 346，工科求调剂 +3 moser233 2026-04-09 3/150 2026-04-11 10:04 by zhq0425
[考研] 266求调剂 +29 阳阳哇塞 2026-04-07 29/1450 2026-04-10 16:20 by 高维春
[考研] 江苏大学 工科调剂 捡漏 +3 Evan_Liu 2026-04-09 5/250 2026-04-10 10:22 by Evan_Liu
[考研] 297求调剂 +27 GENJIOW 2026-04-07 30/1500 2026-04-09 23:20 by wolf97
[考研] 求机械专硕297第二批调剂 +5 拾柒12。 2026-04-08 5/250 2026-04-09 16:43 by 允当适度
[考研] 085600材料与化工专硕329 求调剂 +24 额cc 2026-04-06 25/1250 2026-04-09 16:01 by wp06
[考研] 1U盾记得记得就 +9 sanjin020722 2026-04-08 10/500 2026-04-09 14:11 by 诗与自由
[考研] 085801 总分275 本科新能源 求调剂 +8 bradoner 2026-04-08 9/450 2026-04-09 13:43 by only周
[考研] 软件工程求调剂22软工296分求调剂，接受跨调 +4 yangchen2017 2026-04-08 5/250 2026-04-08 21:56 by 土木硕士招生
[考研] 338求调剂 +8 wxygxsaaaaa 2026-04-06 8/400 2026-04-08 06:58 by 无际的草原
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭