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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 关于用lammps的compute 命令计算原子位移
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我爱bigbang

金虫 (小有名气)

[求助] 关于用lammps的compute 命令计算原子位移 已有2人参与

我想要计算原子的位移，使用的是compute dis all displace/atom，但是计算出现错误。ERROR: Dump custom compute does not calculate per-atom vector
部分输入文件如下：
fix 1 all npt temp 300.0 300.1 1.0 x 0.0 0.0  3000 y 0.0 0.0 3000  z 0.0 0.0 3000
fix 2 all temp/rescale 1 300 300.1 0.05 1.0

compute         s all  stress/atom NULL
compute         strea all  reduce sum c_s[1]
variable        stressa equal c_strea/vol
compute         streb all  reduce sum c_s[2]
variable        stressb equal c_streb/vol
compute         strec all  reduce sum c_s[3]
variable        stressc equal c_strec/vol
compute         epot all  pe/atom
compute         csym all centro/atom 4
compute         coord all coord/atom 2.0
compute 1 all pe/atom
compute 2 all ke/atom
compute dis all displace/atom
thermo_style    custom step temp etotal press v_stressa  v_stressb v_stressc vol lx ly lz
dump 2 all custom 1000 dump.2 id type xu yu zu c_1 c_2 c_dis                                         

run  200000
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1楼 2016-05-03 15:25:06
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qw8276617

银虫 (小有名气)
dump可以这样写，c_dis[1]

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5楼2016-05-03 20:56:41
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lx_PICO

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
dis算出来包含四个矢量，用dis[1] dis[2] dis[3]
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6楼2016-05-04 10:32:46
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qw8276617

银虫 (小有名气)
你的thermo-style里含有矢量，而dump里不能含有矢量

发自小木虫IOS客户端
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4楼2016-05-03 20:55:03
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普通回帖

abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
没用过此命令。
我想说的是，为什么不通过两个时间的位置坐标来自己 算呢？
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2楼2016-05-03 15:50:51
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我爱bigbang

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by abinitio at 2016-05-03 15:50:51
没用过此命令。
我想说的是，为什么不通过两个时间的位置坐标来自己 算呢？

我想dump出来的话，可以直接从OVITO中看到。
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3楼2016-05-03 15:54:37
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我爱bigbang

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by lx_PICO at 2016-05-04 10:32:46
dis算出来包含四个矢量，用dis dis dis

有没有命令是输出矢量的呢？我用dis[1] dis[2] dis[3]试了一下，但是用ovito看的时候是如下图这样的。但是我做的是压缩晶体，我感觉不应该出现这种情况吧。
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7楼2016-05-06 08:55:08
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我爱bigbang

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by qw8276617 at 2016-05-03 20:55:03
你的thermo-style里含有矢量，而dump里不能含有矢量

那如果需要矢量该怎么写啊。
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8楼2016-05-06 08:56:03
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lx_PICO

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by 我爱bigbang at 2016-05-06 08:55:08
有没有命令是输出矢量的呢？我用dis dis dis试了一下，但是用ovito看的时候是如下图这样的。但是我做的是压缩晶体，我感觉不应该出现这种情况吧。...

LAMMPS没有那么智能，自己把dump的数据处理一下，用tecplot显示矢量
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9楼2016-05-06 10:00:25
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qw8276617

银虫 (小有名气)
可以输出矢量，你好好看手册，dump c-dis[4]就是前三个量的矢量和

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10楼2016-05-06 10:09:26
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