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刺青TS

新虫 (小有名气)

[求助] vmd 已有1人参与

lammps 输出的lammpsstrj导进vmd中模型为什么会出现连续的移动？我是做拉伸模拟

发自小木虫Android客户端
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1楼 2016-04-23 16:17:23
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alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by 刺青TS at 2016-04-25 01:05:17
# LAMMPS cu
units                metal
dimension        3
boundary        s s s  
atom_style        atomic

neighbor        2.0 bin
neigh_modify        every 1

read_data         data.cu                                          
pair_style        hybr ...

abel loop
variable i loop 300
displace_atoms force move 0.0 0.05 0.0 units box
displace_atoms lower move 0.0 -0.05 0.0 units box

这几行放在了循环里，那么你的group force/lower的原子，在每个循环中都要平移，不是吗？
楼主为什么不用fix deform拉升呢？
http://lammps.sandia.gov/doc/fix_deform.html
https://icme.hpc.msstate.edu/med ... anowire_Deformation
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刺青TS
6楼2016-04-26 04:08:12
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查看全部 7 个回答

alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
楼主贴出in文件，至少得有dump那行命令才可以做判断。

ps，猜测，楼主输出的坐标是不是xu,yu,zu?
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2楼2016-04-24 01:25:35
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刺青TS

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by alundilong at 2016-04-24 01:25:35
楼主贴出in文件，至少得有dump那行命令才可以做判断。

ps，猜测，楼主输出的坐标是不是xu,yu,zu?

dump            6 all custom 1000 lashen.lammpstrj id type x y z c_3

fix                10 all nvt temp 300 300 0.01
fix_modify     10 temp 2

label loop
variable i loop 300
displace_atoms force move 0.05 0.0 0.0 units box
displace_atoms lower move -0.05 0.0 0.0 units box

run 100000

next i
jump in.cu loop
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3楼2016-04-24 09:55:55
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alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 刺青TS at 2016-04-23 19:55:55
dump            6 all custom 1000 lashen.lammpstrj id type x y z c_3

fix                10 all nvt temp 300 300 0.01
fix_modify     10 temp 2

label loop
variable i loop 300
displace_atoms force move 0.05 ...

这几行看不出问题。你的dump也是对的。
把完整的贴出来吧，肯定有地方有错。
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4楼2016-04-25 04:51:00
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