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汕头大学海洋科学接受调剂
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刺青TS

新虫 (小有名气)

[求助] vmd 已有1人参与

lammps 输出的lammpsstrj导进vmd中模型为什么会出现连续的移动？我是做拉伸模拟

发自小木虫Android客户端
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1楼 2016-04-23 16:17:23
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刺青TS

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by alundilong at 2016-04-26 04:08:12
abel loop
variable i loop 300
displace_atoms force move 0.0 0.05 0.0 units box
displace_atoms lower move 0.0 -0.05 0.0 units box

这几行放在了循环里，那么你的group force/lower的原子，在每个循环 ...

谢谢，那应该怎么修改一下in文件它才不会发生平移把displace atom这几行移出label循环中？我之前用的是deform拉伸，每次拉伸都不在中间断裂而且得到数值不准确所以我就换了一种拉伸方法

发自小木虫Android客户端
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7楼2016-04-26 09:17:27
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alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
楼主贴出in文件，至少得有dump那行命令才可以做判断。

ps，猜测，楼主输出的坐标是不是xu,yu,zu?
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2楼2016-04-24 01:25:35
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刺青TS

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by alundilong at 2016-04-24 01:25:35
楼主贴出in文件，至少得有dump那行命令才可以做判断。

ps，猜测，楼主输出的坐标是不是xu,yu,zu?

dump            6 all custom 1000 lashen.lammpstrj id type x y z c_3

fix                10 all nvt temp 300 300 0.01
fix_modify     10 temp 2

label loop
variable i loop 300
displace_atoms force move 0.05 0.0 0.0 units box
displace_atoms lower move -0.05 0.0 0.0 units box

run 100000

next i
jump in.cu loop
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3楼2016-04-24 09:55:55
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alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 刺青TS at 2016-04-23 19:55:55
dump            6 all custom 1000 lashen.lammpstrj id type x y z c_3

fix                10 all nvt temp 300 300 0.01
fix_modify     10 temp 2

label loop
variable i loop 300
displace_atoms force move 0.05 ...

这几行看不出问题。你的dump也是对的。
把完整的贴出来吧，肯定有地方有错。
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4楼2016-04-25 04:51:00
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