24小时热门版块排行榜    

查看: 1264  |  回复: 6
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

刺青TS

新虫 (小有名气)

[求助] vmd 已有1人参与

lammps 输出的lammpsstrj导进vmd中模型为什么会出现连续的移动?我是做拉伸模拟

发自小木虫Android客户端
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

刺青TS

新虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by alundilong at 2016-04-26 04:08:12
abel loop
variable i loop 300
displace_atoms force move 0.0 0.05 0.0 units box
displace_atoms lower move 0.0 -0.05 0.0 units box

这几行放在了循环里,那么你的group force/lower的原子,在每个循环 ...

谢谢,那应该怎么修改一下in文件它才不会发生平移把displace atom这几行移出label循环中?我之前用的是deform拉伸,每次拉伸都不在中间断裂而且得到数值不准确所以我就换了一种拉伸方法

发自小木虫Android客户端
7楼2016-04-26 09:17:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
楼主贴出in文件,至少得有dump那行命令才可以做判断。

ps,猜测,楼主输出的坐标是不是xu,yu,zu?
2楼2016-04-24 01:25:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

刺青TS

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by alundilong at 2016-04-24 01:25:35
楼主贴出in文件,至少得有dump那行命令才可以做判断。

ps,猜测,楼主输出的坐标是不是xu,yu,zu?

dump            6 all custom 1000 lashen.lammpstrj id type x y z c_3

fix                10 all nvt temp 300 300 0.01
fix_modify     10 temp 2

label loop
variable i loop 300
displace_atoms force move 0.05 0.0 0.0 units box
displace_atoms lower move -0.05 0.0 0.0 units box

run 100000

next i
jump in.cu loop
3楼2016-04-24 09:55:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 刺青TS at 2016-04-23 19:55:55
dump            6 all custom 1000 lashen.lammpstrj id type x y z c_3

fix                10 all nvt temp 300 300 0.01
fix_modify     10 temp 2

label loop
variable i loop 300
displace_atoms force move 0.05 ...

这几行看不出问题。你的dump也是对的。
把完整的贴出来吧,肯定有地方有错。
4楼2016-04-25 04:51:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[找工作] 售SCI一区文章,我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 7/350 2026-02-08 07:46 by vs90ilomwc
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 8/400 2026-02-08 07:32 by vs90ilomwc
[考博] 售SCI一区文章,我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 8/400 2026-02-08 07:27 by vs90ilomwc
[教师之家] 售SCI一区文章,我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 8/400 2026-02-08 07:26 by vs90ilomwc
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 8/400 2026-02-08 07:07 by vs90ilomwc
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8 O5 51O 54,科目齐全 +3 5lbyq5wrhb 2026-02-07 3/150 2026-02-08 03:05 by vs90ilomwc
[考博] 售SCI一区文章,我:8 O5 51O 54,科目齐全 +3 5lbyq5wrhb 2026-02-07 3/150 2026-02-08 02:52 by vs90ilomwc
[论文投稿] 售SCI一区文章,我:8 O5 51O 54,科目齐全 +3 3rkserf6qr 2026-02-07 4/200 2026-02-08 02:45 by vs90ilomwc
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8 O5 51O 54,科目齐全 +3 3rkserf6qr 2026-02-07 3/150 2026-02-08 02:32 by vs90ilomwc
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8 O5 51O 54,科目齐全 +5 2h7du0nuhk 2026-02-07 5/250 2026-02-08 02:27 by vs90ilomwc
[考博] 售SCI一区文章,我:8 O5 51O 54,科目齐全 +5 2h7du0nuhk 2026-02-07 5/250 2026-02-08 02:25 by vs90ilomwc
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 5/250 2026-02-08 02:12 by vs90ilomwc
[考博] 售SCI一区文章,我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 6/300 2026-02-08 02:07 by vs90ilomwc
[教师之家] 售SCI一区文章,我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 6/300 2026-02-08 02:05 by vs90ilomwc
[教师之家] 有院领导为了换新车,用横向课题经费买了俩车 +7 瞬息宇宙 2026-02-04 7/350 2026-02-07 21:47 by tfang
[有机交流] 酰胺脱乙酰基 10+5 chibby 2026-02-03 12/600 2026-02-07 19:29 by 江东闲人
[基金申请] 同年申请2项不同项目,第1个项目里不写第2个项目的信息,可以吗 +4 hitsdu 2026-02-06 4/200 2026-02-07 13:07 by jurkat.1640
[基金申请] 有时候真觉得大城市人没有县城人甚至个体户幸福 +9 苏东坡二世 2026-02-04 10/500 2026-02-07 12:37 by 小毛球
[考博] 天津大学招2026.09的博士生,欢迎大家推荐交流(博导是本人) +4 a793625982 2026-02-05 5/250 2026-02-07 10:57 by a793625982
[基金申请] 面上项目申报 +3 Tide man 2026-02-01 3/150 2026-02-05 22:56 by god_tian
信息提示
请填处理意见