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lammps 输出的lammpsstrj导进vmd中模型为什么会出现连续的移动？我是做拉伸模拟 发自小木虫Android客户端 |
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2楼2016-04-24 01:25:35
3楼2016-04-24 09:55:55
alundilong
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4楼2016-04-25 04:51:00
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# LAMMPS cu units metal dimension 3 boundary s s s atom_style atomic neighbor 2.0 bin neigh_modify every 1 read_data data.cu pair_style hybrid eam/alloy airebo 3.0 1 1 lj/cut 10.0 pair_coeff * * eam/alloy Cu_zhou.eam.alloy NULL Cu pair_coeff * * airebo CH.airebo C NULL pair_coeff 1 2 lj/cut 0.019996 3.225 timestep 0.001 thermo 1000 group lower id <= 133 group force id >= 2539 group boundary union lower force group mobile subtract all lower force velocity mobile create 300 825577 dist gaussian velocity boundary set 0.0 0.0 0.0 units box fix 2 lower setforce 0.0 0.0 0.0 fix 3 force setforce 0.0 0.0 0.0 minimize 1.0e-8 1.0e-8 10000 10000 reset_timestep 0 compute 2 mobile temp/com compute 3 all pe/atom compute 4 all ke/atom compute 5 all coord/atom 3.0 compute s1 all stress/atom NULL compute strec1 mobile reduce sum c_s1[2] variable strecy equal c_strec1/(ly*lz*lx*10000) compute strec2 mobile reduce sum c_s1[1] variable strecx equal c_strec2/(ly*lz*lx*10000) thermo_style custom step c_2 pe ke vol v_strecx v_strecy lx ly lz dump 6 all custom 1000 lashen.lammpstrj id type x y z c_3 fix 10 all nvt temp 300 300 0.01 fix_modify 10 temp 2 label loop variable i loop 300 displace_atoms force move 0.0 0.05 0.0 units box displace_atoms lower move 0.0 -0.05 0.0 units box run 100000 next i jump in.cu loop |
5楼2016-04-25 15:05:17
alundilong
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【答案】应助回帖
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abel loop variable i loop 300 displace_atoms force move 0.0 0.05 0.0 units box displace_atoms lower move 0.0 -0.05 0.0 units box 这几行放在了循环里，那么你的group force/lower的原子，在每个循环中都要平移，不是吗？ 楼主为什么不用fix deform拉升呢？ http://lammps.sandia.gov/doc/fix_deform.html https://icme.hpc.msstate.edu/med ... anowire_Deformation |
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6楼2016-04-26 04:08:12
送红花一朵 |
谢谢，那应该怎么修改一下in文件它才不会发生平移把displace atom这几行移出label循环中？我之前用的是deform拉伸，每次拉伸都不在中间断裂而且得到数值不准确所以我就换了一种拉伸方法 发自小木虫Android客户端 |
7楼2016-04-26 09:17:27