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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » vmd
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刺青TS

新虫 (小有名气)

[求助] vmd 已有1人参与

lammps 输出的lammpsstrj导进vmd中模型为什么会出现连续的移动？我是做拉伸模拟

发自小木虫Android客户端
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1楼 2016-04-23 16:17:23
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刺青TS

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by alundilong at 2016-04-25 04:51:00
这几行看不出问题。你的dump也是对的。
把完整的贴出来吧，肯定有地方有错。...

# LAMMPS cu
units                metal
dimension        3
boundary        s s s  
atom_style        atomic

neighbor        2.0 bin
neigh_modify        every 1

read_data         data.cu                                          
pair_style        hybrid eam/alloy airebo 3.0 1 1 lj/cut 10.0   
pair_coeff      * * eam/alloy Cu_zhou.eam.alloy NULL Cu   
pair_coeff        * * airebo CH.airebo  C NULL                  
pair_coeff      1 2 lj/cut 0.019996 3.225  
               
timestep        0.001
thermo                 1000

group                lower id <= 133
group                force id >= 2539
group                boundary union lower force
group                mobile subtract all lower force

velocity        mobile create 300 825577 dist gaussian
velocity       boundary set 0.0 0.0 0.0 units box
fix 2 lower setforce 0.0 0.0 0.0
fix 3 force setforce 0.0 0.0 0.0

minimize         1.0e-8 1.0e-8 10000 10000

reset_timestep  0

compute         2 mobile temp/com
compute         3 all pe/atom
compute         4 all ke/atom
compute         5 all coord/atom 3.0


compute s1 all stress/atom NULL
compute        strec1 mobile reduce sum c_s1[2]
variable strecy equal c_strec1/(ly*lz*lx*10000)
compute        strec2 mobile reduce sum c_s1[1]
variable strecx equal c_strec2/(ly*lz*lx*10000)

thermo_style         custom step c_2 pe ke vol v_strecx v_strecy lx ly lz


dump            6 all custom 1000 lashen.lammpstrj id type x y z c_3

fix                10 all nvt temp 300 300 0.01
fix_modify     10 temp 2

label loop
variable i loop 300
displace_atoms force move 0.0 0.05 0.0 units box
displace_atoms lower move 0.0 -0.05 0.0 units box

run 100000

next i
jump in.cu loop
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5楼2016-04-25 15:05:17
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alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
楼主贴出in文件，至少得有dump那行命令才可以做判断。

ps，猜测，楼主输出的坐标是不是xu,yu,zu?
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2楼2016-04-24 01:25:35
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刺青TS

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by alundilong at 2016-04-24 01:25:35
楼主贴出in文件，至少得有dump那行命令才可以做判断。

ps，猜测，楼主输出的坐标是不是xu,yu,zu?

dump            6 all custom 1000 lashen.lammpstrj id type x y z c_3

fix                10 all nvt temp 300 300 0.01
fix_modify     10 temp 2

label loop
variable i loop 300
displace_atoms force move 0.05 0.0 0.0 units box
displace_atoms lower move -0.05 0.0 0.0 units box

run 100000

next i
jump in.cu loop
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3楼2016-04-24 09:55:55
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alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 刺青TS at 2016-04-23 19:55:55
dump            6 all custom 1000 lashen.lammpstrj id type x y z c_3

fix                10 all nvt temp 300 300 0.01
fix_modify     10 temp 2

label loop
variable i loop 300
displace_atoms force move 0.05 ...

这几行看不出问题。你的dump也是对的。
把完整的贴出来吧，肯定有地方有错。
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4楼2016-04-25 04:51:00
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