24小时热门版块排行榜    

查看: 1388  |  回复: 6
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

刺青TS

新虫 (小有名气)

[求助] vmd 已有1人参与

lammps 输出的lammpsstrj导进vmd中模型为什么会出现连续的移动?我是做拉伸模拟

发自小木虫Android客户端
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

刺青TS

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by alundilong at 2016-04-25 04:51:00
这几行看不出问题。你的dump也是对的。
把完整的贴出来吧,肯定有地方有错。...

# LAMMPS cu
units                metal
dimension        3
boundary        s s s  
atom_style        atomic

neighbor        2.0 bin
neigh_modify        every 1

read_data         data.cu                                          
pair_style        hybrid eam/alloy airebo 3.0 1 1 lj/cut 10.0   
pair_coeff      * * eam/alloy Cu_zhou.eam.alloy NULL Cu   
pair_coeff        * * airebo CH.airebo  C NULL                  
pair_coeff      1 2 lj/cut 0.019996 3.225  
               
timestep        0.001
thermo                 1000

group                lower id <= 133
group                force id >= 2539
group                boundary union lower force
group                mobile subtract all lower force

velocity        mobile create 300 825577 dist gaussian
velocity       boundary set 0.0 0.0 0.0 units box
fix 2 lower setforce 0.0 0.0 0.0
fix 3 force setforce 0.0 0.0 0.0

minimize         1.0e-8 1.0e-8 10000 10000

reset_timestep  0

compute         2 mobile temp/com
compute         3 all pe/atom
compute         4 all ke/atom
compute         5 all coord/atom 3.0


compute s1 all stress/atom NULL
compute        strec1 mobile reduce sum c_s1[2]
variable strecy equal c_strec1/(ly*lz*lx*10000)
compute        strec2 mobile reduce sum c_s1[1]
variable strecx equal c_strec2/(ly*lz*lx*10000)

thermo_style         custom step c_2 pe ke vol v_strecx v_strecy lx ly lz


dump            6 all custom 1000 lashen.lammpstrj id type x y z c_3

fix                10 all nvt temp 300 300 0.01
fix_modify     10 temp 2

label loop
variable i loop 300
displace_atoms force move 0.0 0.05 0.0 units box
displace_atoms lower move 0.0 -0.05 0.0 units box

run 100000

next i
jump in.cu loop
5楼2016-04-25 15:05:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
楼主贴出in文件,至少得有dump那行命令才可以做判断。

ps,猜测,楼主输出的坐标是不是xu,yu,zu?
2楼2016-04-24 01:25:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

刺青TS

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by alundilong at 2016-04-24 01:25:35
楼主贴出in文件,至少得有dump那行命令才可以做判断。

ps,猜测,楼主输出的坐标是不是xu,yu,zu?

dump            6 all custom 1000 lashen.lammpstrj id type x y z c_3

fix                10 all nvt temp 300 300 0.01
fix_modify     10 temp 2

label loop
variable i loop 300
displace_atoms force move 0.05 0.0 0.0 units box
displace_atoms lower move -0.05 0.0 0.0 units box

run 100000

next i
jump in.cu loop
3楼2016-04-24 09:55:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 刺青TS at 2016-04-23 19:55:55
dump            6 all custom 1000 lashen.lammpstrj id type x y z c_3

fix                10 all nvt temp 300 300 0.01
fix_modify     10 temp 2

label loop
variable i loop 300
displace_atoms force move 0.05 ...

这几行看不出问题。你的dump也是对的。
把完整的贴出来吧,肯定有地方有错。
4楼2016-04-25 04:51:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜? +5 Ldrop2023 2026-08-13 5/250 2026-08-14 18:48 by ssxclkj
[基金申请] 各位道友,我要去昆明玩几天,回来见。 +6 Tide man 2026-08-14 7/350 2026-08-14 18:36 by 正能量1斤
[基金申请] filecode +6 cratir 2026-08-14 10/500 2026-08-14 18:29 by 笑叹辞穷
[基金申请] 奇怪,两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +8 布布和一二 2026-08-10 11/550 2026-08-14 14:58 by Equinoxhua
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +23 Lanmanbaby 2026-08-09 37/1850 2026-08-14 13:40 by Equinoxhua
[基金申请] 好奇怪的filecode +6 布布和一二 2026-08-08 7/350 2026-08-14 13:38 by Equinoxhua
[硕博家园] 请教兼职经验 +3 是阿文鸭 2026-08-09 3/150 2026-08-14 12:07 by HER12025
[论文投稿] 职称评审,求友友推荐见刊最快的期刊 +5 工厂打螺丝 2026-08-08 5/250 2026-08-14 11:03 by 玖戈弋
[基金申请] filecode +15 documentary 2026-08-10 17/850 2026-08-14 10:08 by kissu88
[文学芳草园] 阿姨 +4 汪汪锅 2026-08-09 4/200 2026-08-13 19:43 by arzu_hma
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] Filecode 又变了,巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 结合人工智能,周易传统文化,filecode打分制来了,3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见,大家看看几个A,几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +9 布布和一二 2026-08-08 9/450 2026-08-10 11:22 by xxxx2020
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +11 布布和一二 2026-08-08 22/1100 2026-08-10 11:10 by wmfsnow
信息提示
请填处理意见