| 查看: 3583 | 回复: 11 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
nnxqwei至尊木虫 (职业作家)
|
[求助]
请教Autodock Grid Box (格子中心)的设定问题！ 已有3人参与
|
|
|
通过同源建模和结构比对分析，预测目标蛋白的活性中心关键氨基酸残基为His164、Ser281、Glu435。 现用Autodock将其底物分子与该蛋白进行对接，设定格子的大小包含以上三个残基的区域为原则，那么如何设定对接Grid Box (格子)中心的x、y、z 坐标值呢？是否可以折中取这三个残基平均空间中心位置为Grid Box中心的x、y、z 坐标值呢?? 如果分别用以上每个残基的坐标设定对接Grid Box中心的x、y、z 坐标值，其它条件不变，对接结果都不一样，甚至相差很远，又是什么原因呢？ 烦请各路大神、高手指教，非常谢谢！！  |
回复此楼» 猜你喜欢
材料学硕333求调剂
已经有5人回复
-
321求调剂
已经有6人回复
-
一志愿郑州大学，080500学硕，总分317分求调剂
已经有4人回复
-
求调剂
已经有6人回复
-
327求调剂
已经有7人回复
-
349求调剂
已经有3人回复
-
325求调剂
已经有3人回复
-
0856材料专硕353求调剂
已经有7人回复
-
调剂求收留
已经有3人回复
-
调剂
已经有4人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
11楼2016-05-06 14:14:18
wbf3ng
金虫 (小有名气)
- 应助: 116 (高中生)
- 金币: 2086.3
- 红花: 8
- 帖子: 255
- 在线: 171.4小时
- 虫号: 3202097
- 注册: 2014-05-13
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
nnxqwei2楼2016-04-23 11:07:55
nnxqwei
至尊木虫 (职业作家)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 贵宾: 0.01
- 金币: 44476.4
- 散金: 66
- 红花: 110
- 帖子: 4696
- 在线: 781.9小时
- 虫号: 50626
- 注册: 2004-07-13
- 性别: GG
- 专业: 微生物学
3楼2016-04-24 10:38:56
【答案】应助回帖
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
nnxqwei: 金币+3, ★★★很有帮助, 谢谢关注，看来运用熟练后才有可能熟能生巧。至于DOCK6很少用到的，先试试看效果如何再说吧...... 2016-04-24 20:55:57
感谢参与，应助指数 +1
nnxqwei: 金币+3, ★★★很有帮助, 谢谢关注，看来运用熟练后才有可能熟能生巧。至于DOCK6很少用到的，先试试看效果如何再说吧...... 2016-04-24 20:55:57
|
1、Box应以包含这些残基为原则，同时，包含这些残基所在的口袋为宜。 2、本人经验，Autodock4和Autodock Vina的晶体构象重现性比较差，个人推荐DOCK6。教程参见："http://www.yinfotech.cn/blog/tutorial" |
4楼2016-04-24 10:43:06
