24小时热门版块排行榜    

查看: 2960  |  回复: 7

baby54321

新虫 (小有名气)

[求助] H++在线程序如何预测组氨酸残基质子化状态 已有1人参与

“通过H++在线程序预测
荧光素酶在pH7.8的水环境条件下的质子化状态,并在蛋白质PDB文件中,用文本编辑器将HIS标记符替换为HID, HIE,或者HIP标记符。具体替换规则为:
组氨酸的δ位置氮原子被质子化则标记为HID,组氨酸的ε位置氮原子被质子化则
标记为HIE,两个位置的氮原子都被质子化则标记为HIP。”这一步该如何进行?
处理进程到图片1,接下来一步不知道该如何进行?
求助大神

H++在线程序如何预测组氨酸残基质子化状态
图片1.png
回复此楼

» 猜你喜欢

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

baby54321

新虫 (小有名气)

顶!!!
2楼2016-04-19 13:42:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

baby54321

新虫 (小有名气)

顶!
3楼2016-04-19 16:42:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

baby54321

新虫 (小有名气)

4楼2016-04-19 17:03:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

baby54321

新虫 (小有名气)

5楼2016-04-19 20:41:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

许你安然然

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

可以通过可视化软件,比如pymol看每个组氨酸质子化情况,然后手动更改名字。
6楼2017-06-30 15:17:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

CK6541110

新虫 (初入文坛)

下载key files to download第一个,预测结果的pdb用vmd打开看每个his质子化状态进行判断
7楼2018-04-18 22:05:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

blacksep

铜虫 (小有名气)

你好,请问这个问题后来解决了吗?我现在要调整质子化情况,也碰到了这个问题
8楼2018-09-13 17:45:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 baby54321 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿河工大 081700 276求调剂 +4 地球绕着太阳转 2026-03-23 4/200 2026-03-26 14:27 by zzll406
[考研] 309求调剂 +4 gajsj 2026-03-25 5/250 2026-03-26 00:27 by Dyhoer
[考研] 08工学调剂 +13 用户573181 2026-03-20 18/900 2026-03-25 22:00 by zbssa
[考研] 26考研-291分-厦门大学(085601)-柔性电子学院材料工程专业求调剂 +3 min3 2026-03-24 4/200 2026-03-25 18:22 by xcjcqu
[考研] 333求调剂 +6 87639 2026-03-21 11/550 2026-03-25 16:17 by 87639
[考研] 0854人工智能方向招收调剂 +4 章小鱼567 2026-03-24 4/200 2026-03-25 13:29 by 2177681040
[考研] 考研化学308分求调剂 +10 你好明天你好 2026-03-23 11/550 2026-03-25 10:23 by userper
[考研] 0703化学求调剂 +6 奶油草莓. 2026-03-22 7/350 2026-03-25 10:00 by shangxh
[考研] 318求调剂 +5 plum李子 2026-03-21 8/400 2026-03-25 09:26 by aa331100
[考研] 材料专硕找调剂 +5 哈哈哈吼吼吼哈 2026-03-23 5/250 2026-03-24 19:07 by 了了了了。。
[考研] 一志愿南航材料专317分求调剂 +5 炸呀炸呀炸薯条 2026-03-23 5/250 2026-03-24 16:52 by 星空星月
[考研] 一志愿211 初试270分 求调剂 +5 谷雨上岸 2026-03-23 6/300 2026-03-24 16:32 by laoshidan
[考研] 材料专硕331求调剂 +4 鲜当牛 2026-03-24 4/200 2026-03-24 15:58 by JourneyLucky
[考研] 求调剂一志愿武汉理工大学材料工程(085601) +5 WW.' 2026-03-23 7/350 2026-03-24 14:50 by sprinining
[考研] 【双一流院校新能源、环境材料,材料加工与模拟招收大量调剂】 +4 Higraduate 2026-03-22 7/350 2026-03-24 11:23 by 种大树
[考研] 一志愿华东理工大学081700,初试分数271 +5 kotoko_ik 2026-03-23 6/300 2026-03-24 10:29 by 学术搬砖er
[考研] 材料/农业专业,07/08开头均可,过线就行 +3 呵唔哦豁 2026-03-23 4/200 2026-03-23 22:30 by 汪!?!
[考研] 306求调剂 +5 来好运来来来 2026-03-22 5/250 2026-03-22 16:17 by BruceLiu320
[考研] 330求调剂0854 +3 assdll 2026-03-21 3/150 2026-03-21 13:01 by 搏击518
[考研] 南昌大学材料专硕311分求调剂 +6 77chaselx 2026-03-20 6/300 2026-03-21 07:24 by JourneyLucky
信息提示
请填处理意见