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baby54321

新虫 (小有名气)

[求助] H++在线程序如何预测组氨酸残基质子化状态 已有1人参与

“通过H++在线程序预测
荧光素酶在pH7.8的水环境条件下的质子化状态,并在蛋白质PDB文件中,用文本编辑器将HIS标记符替换为HID, HIE,或者HIP标记符。具体替换规则为:
组氨酸的δ位置氮原子被质子化则标记为HID,组氨酸的ε位置氮原子被质子化则
标记为HIE,两个位置的氮原子都被质子化则标记为HIP。”这一步该如何进行?
处理进程到图片1,接下来一步不知道该如何进行?
求助大神

H++在线程序如何预测组氨酸残基质子化状态
图片1.png
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许你安然然

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

可以通过可视化软件,比如pymol看每个组氨酸质子化情况,然后手动更改名字。
6楼2017-06-30 15:17:32
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CK6541110

新虫 (初入文坛)

下载key files to download第一个,预测结果的pdb用vmd打开看每个his质子化状态进行判断
7楼2018-04-18 22:05:55
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blacksep

铜虫 (小有名气)

你好,请问这个问题后来解决了吗?我现在要调整质子化情况,也碰到了这个问题
8楼2018-09-13 17:45:31
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