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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » H++在线程序如何预测组氨酸残基质子化状态
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baby54321

新虫 (小有名气)

[求助] H++在线程序如何预测组氨酸残基质子化状态 已有1人参与

“通过H++在线程序预测
荧光素酶在pH7.8的水环境条件下的质子化状态，并在蛋白质PDB文件中，用文本编辑器将HIS标记符替换为HID， HIE，或者HIP标记符。具体替换规则为：
组氨酸的δ位置氮原子被质子化则标记为HID，组氨酸的ε位置氮原子被质子化则
标记为HIE，两个位置的氮原子都被质子化则标记为HIP。”这一步该如何进行？
处理进程到图片1，接下来一步不知道该如何进行？
求助大神

H++在线程序如何预测组氨酸残基质子化状态
图片1.png
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1楼 2016-04-18 20:48:12
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baby54321

新虫 (小有名气)
顶！！！
2楼2016-04-19 13:42:39
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baby54321

新虫 (小有名气)
顶！
3楼2016-04-19 16:42:35
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baby54321

新虫 (小有名气)
顶
4楼2016-04-19 17:03:44
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baby54321

新虫 (小有名气)
顶
5楼2016-04-19 20:41:37
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许你安然然

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

可以通过可视化软件，比如pymol看每个组氨酸质子化情况，然后手动更改名字。
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6楼2017-06-30 15:17:32
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CK6541110

新虫 (初入文坛)
下载key files to download第一个，预测结果的pdb用vmd打开看每个his质子化状态进行判断
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7楼2018-04-18 22:05:55
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blacksep

铜虫 (小有名气)
你好，请问这个问题后来解决了吗？我现在要调整质子化情况，也碰到了这个问题
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8楼2018-09-13 17:45:31
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