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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 如何用discovery studio将配体和蛋白整合为一个复合物
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yangguaiw

新虫 (小有名气)

[求助] 如何用discovery studio将配体和蛋白整合为一个复合物 已有2人参与

如题
如果配体和蛋白质之间结合力是氢键的话该怎么整合为一个复合物？
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1楼 2016-04-10 13:17:26
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Jiao4333303

新虫 (正式写手)
成功对接后，新开一个文件，将蛋白和配体考过去，蛋白点掉locked勾勾，去掉对接时设定的半径，保存就行了

发自小木虫IOS客户端
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

yangguaiw
2楼2016-04-11 10:14:21
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xufund

至尊木虫 (知名作家)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Jiao4333303 at 2016-04-11 10:14:21
成功对接后，新开一个文件，将蛋白和配体考过去，蛋白点掉locked勾勾，去掉对接时设定的半径，保存就行了

能详细点吗
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3楼2016-04-12 06:10:14
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yangguaiw

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by Jiao4333303 at 2016-04-11 10:14:21
成功对接后，新开一个文件，将蛋白和配体考过去，蛋白点掉locked勾勾，去掉对接时设定的半径，保存就行了

你好！谢谢你的回帖，我按照你给的方法尝试了
之后拿这个复合物和另外的新配体对接时候Input Receptor会提示有两个（选择与原来的蛋白对接还是和原来的配体）
因为复制到新窗口层次图窗口里面他们还是分开的，是不是需要在复制到新窗口的时候把原来的配体拉到蛋白质里面？
抱歉回复比较晚因为没想到真的有人回答
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4楼2016-04-15 17:27:40
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谷歌帝

铁虫 (小有名气)
347138058来我的群里面讨论呗

发自小木虫Android客户端
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5楼2016-04-18 22:58:59
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yangguaiw

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 谷歌帝 at 2016-04-18 22:58:59
347138058来我的群里面讨论呗

感谢，已加
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6楼2016-04-19 14:58:07
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窗外风

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

您好，不知道您最后是怎么解决的，望指点一二。。
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风雨兼程！！
7楼2016-07-06 19:26:23
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changjun

铜虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by yangguaiw at 2016-04-15 17:27:40
你好！谢谢你的回帖，我按照你给的方法尝试了
之后拿这个复合物和另外的新配体对接时候Input Receptor会提示有两个（选择与原来的蛋白对接还是和原来的配体）
因为复制到新窗口层次图窗口里面他们还是分开的，是 ...

这事我做过。
你按我的步骤来：
1、新开一个文件，将蛋白和配体考过去，删除binding site，sephere等信息，保存为pdb文件；
2、用editplus软件（是一个文本编辑软件）打开，删除最前面的二条信息，再输入下面二行的信息：
    HEADER    protein kinase c           26-SEP-01   1A25
    TITLE     HUMAN protein kinase c
注意：用你的蛋白名称取代“protein kinase c”，用你的日期取代“26-SEP-01”，用你的PDBID取代“1A25”；第二行也是同样的。
3、保存为pdb文件。
最后你再用DS打开，就是一个复合物了。
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天然产物、药物开发
8楼2016-10-22 17:01:17
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