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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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yangguaiw

新虫 (小有名气)

[求助] 如何用discovery studio将配体和蛋白整合为一个复合物 已有2人参与

如题
如果配体和蛋白质之间结合力是氢键的话该怎么整合为一个复合物?
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Jiao4333303

新虫 (正式写手)

成功对接后,新开一个文件,将蛋白和配体考过去,蛋白点掉locked勾勾,去掉对接时设定的半径,保存就行了

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» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2016-04-11 10:14:21
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xufund

至尊木虫 (知名作家)

引用回帖:
2楼: Originally posted by Jiao4333303 at 2016-04-11 10:14:21
成功对接后,新开一个文件,将蛋白和配体考过去,蛋白点掉locked勾勾,去掉对接时设定的半径,保存就行了

能详细点吗
3楼2016-04-12 06:10:14
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yangguaiw

新虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by Jiao4333303 at 2016-04-11 10:14:21
成功对接后,新开一个文件,将蛋白和配体考过去,蛋白点掉locked勾勾,去掉对接时设定的半径,保存就行了

你好!谢谢你的回帖,我按照你给的方法尝试了
之后拿这个复合物和另外的新配体对接时候Input Receptor会提示有两个(选择与原来的蛋白对接还是和原来的配体)
因为复制到新窗口层次图窗口里面他们还是分开的,是不是需要在复制到新窗口的时候把原来的配体拉到蛋白质里面?
抱歉回复比较晚因为没想到真的有人回答
4楼2016-04-15 17:27:40
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谷歌帝

铁虫 (小有名气)


5楼2016-04-18 22:58:59
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yangguaiw

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 谷歌帝 at 2016-04-18 22:58:59
347138058来我的群里面讨论呗

感谢,已加
6楼2016-04-19 14:58:07
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窗外风

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

您好,不知道您最后是怎么解决的,望指点一二。。
风雨兼程!!
7楼2016-07-06 19:26:23
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changjun

铜虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by yangguaiw at 2016-04-15 17:27:40
你好!谢谢你的回帖,我按照你给的方法尝试了
之后拿这个复合物和另外的新配体对接时候Input Receptor会提示有两个(选择与原来的蛋白对接还是和原来的配体)
因为复制到新窗口层次图窗口里面他们还是分开的,是 ...

这事我做过。
你按我的步骤来:
1、新开一个文件,将蛋白和配体考过去,删除binding site,sephere等信息,保存为pdb文件;
2、用editplus软件(是一个文本编辑软件)打开,删除最前面的二条信息,再输入下面二行的信息:
    HEADER    protein kinase c           26-SEP-01   1A25
    TITLE     HUMAN protein kinase c
注意:用你的蛋白名称取代“protein kinase c”,用你的日期取代“26-SEP-01”,用你的PDBID取代“1A25”;第二行也是同样的。
3、保存为pdb文件。
最后你再用DS打开,就是一个复合物了。
天然产物、药物开发
8楼2016-10-22 17:01:17
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