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yangguaiw

新虫 (小有名气)

[求助] 如何用discovery studio将配体和蛋白整合为一个复合物已有2人参与

如题
如果配体和蛋白质之间结合力是氢键的话该怎么整合为一个复合物?
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changjun

铜虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by yangguaiw at 2016-04-15 17:27:40
你好!谢谢你的回帖,我按照你给的方法尝试了
之后拿这个复合物和另外的新配体对接时候Input Receptor会提示有两个(选择与原来的蛋白对接还是和原来的配体)
因为复制到新窗口层次图窗口里面他们还是分开的,是 ...

这事我做过。
你按我的步骤来:
1、新开一个文件,将蛋白和配体考过去,删除binding site,sephere等信息,保存为pdb文件;
2、用editplus软件(是一个文本编辑软件)打开,删除最前面的二条信息,再输入下面二行的信息:
    HEADER    protein kinase c           26-SEP-01   1A25
    TITLE     HUMAN protein kinase c
注意:用你的蛋白名称取代“protein kinase c”,用你的日期取代“26-SEP-01”,用你的PDBID取代“1A25”;第二行也是同样的。
3、保存为pdb文件。
最后你再用DS打开,就是一个复合物了。
天然产物、药物开发
8楼2016-10-22 17:01:17
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