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jzbio

新虫 (正式写手)

[求助] 会用autoduck的大神麻烦帮我解决这个困难吧 已有4人参与

本人刚刚接触AutoDuck4.2这个分子对接软件,试图将一种酶与两个底物进行对接,在网上查了很多攻略,各种教程,按照步骤运行完毕后,生成了一个.dlg文件,但是后面在ADT菜单:Analyze →Dockings →Open … 打开对接记录文件.dlg文件却打不开,为什么呢?是因为对接失败了吗?还是什么原因?
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阿狸1205

捐助贵宾 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jzbio: 金币+2, ★★★很有帮助, 谢谢 2016-04-07 15:43:38
你用记事本打开dlg文件就知道对接结果是不是出错了
2楼2016-04-07 15:18:06
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jzbio

新虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 阿狸1205 at 2016-04-07 15:18:06
你用记事本打开dlg文件就知道对接结果是不是出错了

刚刚用记事本能打开,有一大堆文字但都是乱码。
3楼2016-04-07 15:43:18
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a86052

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jzbio: 金币+2, ★★★很有帮助, 谢谢 2016-04-07 21:16:47
难道是没有对接出来?你尝试打开时有什么提示信息吗?
4楼2016-04-07 16:07:04
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阿狸1205

捐助贵宾 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by jzbio at 2016-04-07 15:43:18
刚刚用记事本能打开,有一大堆文字但都是乱码。...

如果对接失败的话,dlg文件很小,2k,然后最下面几行就是工作路径和错误原因,对结成功的话dlg文件就比较大了,然后是很多数字信息,电子,对接什么的,不过都是很工整的排列
5楼2016-04-07 16:20:12
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jzbio

新虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by a86052 at 2016-04-07 16:07:04
难道是没有对接出来?你尝试打开时有什么提示信息吗?

ERROR *********************************************
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto
    result = command( *args, **kw )
  File "C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 3852, in doit
    d.readDlg(dlgFile)
  File "C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\Docking.py", line 105, in readDlg
    self.ch = ConformationHandler(self.ligMol,
AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol'
exception in _buildInputLig


显示这个错误,我做的是酶蛋白与底物小分子的对接,是不是底物与酶对接不上就不会有对接结果?
6楼2016-04-07 19:03:08
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jzbio

新虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 阿狸1205 at 2016-04-07 16:20:12
如果对接失败的话,dlg文件很小,2k,然后最下面几行就是工作路径和错误原因,对结成功的话dlg文件就比较大了,然后是很多数字信息,电子,对接什么的,不过都是很工整的排列...

autodock4: ERROR: insufficient grid points.
autodock4: Aborting...

autodock4: Unsuccessful Completion.


用记事本打开最下面就是这个结果,对接不成功吗?
7楼2016-04-07 21:19:28
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a86052

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by jzbio at 2016-04-07 21:19:28
autodock4: ERROR: insufficient grid points.
autodock4: Aborting...

autodock4: Unsuccessful Completion.


用记事本打开最下面就是这个结果,对接不成功吗?...

这个虽然不太确定,是不是你autogrid时候,那个box调的太小了,如果太小是会做不出来的。你可以调大点试试
8楼2016-04-08 08:55:22
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9楼2016-04-08 10:12:33
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jzbio

新虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by a86052 at 2016-04-08 08:55:22
这个虽然不太确定,是不是你autogrid时候,那个box调的太小了,如果太小是会做不出来的。你可以调大点试试...

嗯嗯,可能还需要摸索一下,谢谢!
10楼2016-04-08 15:17:46
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