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autoduck使用问题。关于非极性氢合并问题。
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| 我把对接的小分子配体读入的时候自动合并非极性氢之后,配体的氢就少了好多,是直接用这个继续对接还是需要再添加氢呢?添加氢的话会提示错误,可是不带氢的对接结果是否正确呀?如何处理这样的问题?而且我要把对接结果用amber动力学模拟,做小分子力场的时候,发现用reduce加氢时小分子的氢加不上,和我最初的结构中氢的个数差了很多。我现在想知道是对接的氢合并除了问题,还是我做小分子力场的时候加氢加的不对,谢谢指教。 |
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