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autoduck使用问题。关于非极性氢合并问题。
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| 我把对接的小分子配体读入的时候自动合并非极性氢之后，配体的氢就少了好多，是直接用这个继续对接还是需要再添加氢呢？添加氢的话会提示错误，可是不带氢的对接结果是否正确呀？如何处理这样的问题？而且我要把对接结果用amber动力学模拟，做小分子力场的时候，发现用reduce加氢时小分子的氢加不上，和我最初的结构中氢的个数差了很多。我现在想知道是对接的氢合并除了问题，还是我做小分子力场的时候加氢加的不对，谢谢指教。 |
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