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张鑫1373

银虫 (小有名气)

[求助] 如何去找BL21(DE3)中的单拷贝基因已有1人参与

我要测定以BL21(DE3)为受体菌中所含的重组质粒拷贝数,根据荧光定量PCR可以进行测定质粒拷贝数,不过需要BL21(DE3)中的单拷贝基因做内参,所以求求各位神虫,不胜感激!
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noblefire

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2016-04-10 23:01:24
这个菌株已经全基因组测序了,你做质粒的拷贝数一定用的是DNA作为模板,而不是cDNA,所以可以说除了rRNA gene和极少数的基因之外都是单拷贝的,你从NCBI上面下载BL21(DE3)的基因组随便找个基因就行了。
2楼2016-04-07 08:58:57
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张鑫1373

银虫 (小有名气)

BL21(DE3)全基因组在NCBI上我也查到了,我担心正好随机选上的基因正好是多拷贝

发自小木虫Android客户端
3楼2016-04-07 11:36:56
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noblefire

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 张鑫1373 at 2016-04-07 11:36:56
BL21(DE3)全基因组在NCBI上我也查到了,我担心正好随机选上的基因正好是多拷贝

基本上不可能,如果你有基因组序列了,可以在设计引物完成之后全基因组比对一下引物的特异性,如果特异性都没有问题那么就不可能出现多拷贝。
4楼2016-04-08 07:32:18
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张鑫1373

银虫 (小有名气)

BL21(DE3)的全基因组数据在NCBI上找到了,不过是以单个的基因分开说明的,若要用引物比对,则需要将单个基因重新按照碱基排序从1、2、3…… 到最后进行排列,排列完之后再在基因组序列上找引物的结合位点,观察一对引物是否只有1个结合部位,若是,则证明是染色体上的单拷贝基因。

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5楼2016-04-08 23:57:06
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602059625

金虫 (知名作家)

人为插入的T7 RNA polymerase gene肯定是单拷贝
[url=http://ip.WoTuLa.com][img]http://i.WoTuLa.com/note.png?name=填写姓名&say=这里填写您想说的内容。[/img][/url]
6楼2016-04-10 18:59:14
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noblefire

铁虫 (小有名气)

肯定能下载到全序列,在ncbi下载右侧可以选择。

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7楼2016-04-11 13:19:54
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张鑫1373

银虫 (小有名气)

能给做一个在NCBI中查找并下载大肠杆菌BL21(DE3)全基因组序列的详细操作步骤吗?谢谢各位神虫

发自小木虫Android客户端
8楼2016-04-19 08:03:17
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