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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 如何去找BL21(DE3)中的单拷贝基因
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张鑫1373

银虫 (小有名气)

[求助] 如何去找BL21(DE3)中的单拷贝基因 已有1人参与

我要测定以BL21(DE3)为受体菌中所含的重组质粒拷贝数，根据荧光定量PCR可以进行测定质粒拷贝数，不过需要BL21(DE3)中的单拷贝基因做内参，所以求求各位神虫，不胜感激！
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1楼 2016-04-06 21:14:40
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张鑫1373

银虫 (小有名气)
BL21(DE3)的全基因组数据在NCBI上找到了，不过是以单个的基因分开说明的，若要用引物比对，则需要将单个基因重新按照碱基排序从1、2、3…… 到最后进行排列，排列完之后再在基因组序列上找引物的结合位点，观察一对引物是否只有1个结合部位，若是，则证明是染色体上的单拷贝基因。

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5楼2016-04-08 23:57:06
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noblefire

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2016-04-10 23:01:24
这个菌株已经全基因组测序了，你做质粒的拷贝数一定用的是DNA作为模板，而不是cDNA，所以可以说除了rRNA gene和极少数的基因之外都是单拷贝的，你从NCBI上面下载BL21（DE3）的基因组随便找个基因就行了。
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2楼2016-04-07 08:58:57
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张鑫1373

银虫 (小有名气)
BL21(DE3)全基因组在NCBI上我也查到了，我担心正好随机选上的基因正好是多拷贝

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3楼2016-04-07 11:36:56
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noblefire

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 张鑫1373 at 2016-04-07 11:36:56
BL21(DE3)全基因组在NCBI上我也查到了，我担心正好随机选上的基因正好是多拷贝

基本上不可能，如果你有基因组序列了，可以在设计引物完成之后全基因组比对一下引物的特异性，如果特异性都没有问题那么就不可能出现多拷贝。
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4楼2016-04-08 07:32:18
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