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fengduyanyu

新虫 (正式写手)

[求助] 一段序列的,生物信息学分析,求高手指导 已有2人参与

自己做的orfv羊口疮病毒的研究,采集的病料经过pcr得到的序列经过测序,如下:ATGGATCCACCCGAAATCCTTGGCTTATAATCGTGGTTTGCCGAGGCCGCGGGACCAAGGAGGTGTTCCCCACGCTGCCG
TACCTAGTGGGCCTCGCCGACGACCCGCCCAAGCCTCAACCCGCACCTGCTCCCTCTCCTGCGCCAGCGCCTGCCCCAGC
GCCGGCCCCAGCTCCGTCACCGGCCCCTGCGCCGGCACCCAAGCCATCTCCTCCCGCGCCGCACCCCAAGGGCGACCACG
TGCTCAAGGCGGTGGAATGGAAAGACGTGGACTCCAAAGACTACCCGCACTTCTTCACGGACATGTGCAAGTCCACGTGT
CCGAAGGAGATGCAGCGCCGCGCGGCACACCACCTCAACCTTTGGGAGAGCATATCGGCCGGCACTGTCTCCACCAAGTA
CTCCGACAATGACTTCATCCTGGTGGTCGACAACGACATGACCTTCCGCAAGCCCGAGATGGTAAAGCCGCTCATCGAGG
CGATGAAGACGAACGGCTGGTACATGGCACAGCTCAAGGAGACCTACATGACCGGCGCGCTGGCCACCAACGTCCCCGGC
ACCGGCGACCCCGAGCTCATGGTCTACCCCGGCGGATACGACGTCTCGCTGGACGCCTACATCATCAACGTCGGCGGCAT
GAAGAAGCTCTACGACGCGATCATCAAGGATGGAGGGCTGCGCAGCGGCCTGCTCACCGAGGTGTTCACGCTAGAGAAGC
GGCTCTCTCTGGCGCGCGTGGTGCTCTCCGGCGCCGAGCAGGTGGTCTACCCTGAGTACTACATACAGGTGAAGACGCGG
CTCGGCGGCGCGCCCTCCCTGTGGTCGCTGCTCGCCACGTGGCTGGCGCGCTTCTGGCCCGGCGCCATCTACTTCCTCAC
CACGCCGCTCTTCTCCTTCATGGGGCTCTTCGACGTGGACGTGGTCGATGTTTTCATCCTGGCATACCTGCTGGTGCTCG
TGCTGCTGCTGCCGAACTCGCGGCTGCTGTGCCCTCATCGGTCCAGTCACGGCCATCGTGTGA
  共计1023bp,经过翻译得到331个氨基酸,但是中间有9个终止密码子,对进行下一步的生物信息学分析造成很大影响,二级结构,跨膜结构等,我请教了一些人 ,也说没有见过这么多的…也没有合适的办法,特此请教。
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卡维斯

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
多测几个,是不是测序问题导致部分碱基不一致?
2楼2016-04-06 21:01:57
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solomon7811

新虫 (小有名气)

你序列的第一个碱基是密码子的第一位么?

发自小木虫Android客户端
3楼2016-04-07 00:04:41
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fengduyanyu

新虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡维斯 at 2016-04-06 21:01:57
多测几个,是不是测序问题导致部分碱基不一致?

测序了,几次应该没错了。

发自小木虫IOS客户端
4楼2016-04-07 15:30:03
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fengduyanyu

新虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by solomon7811 at 2016-04-07 00:04:41
你序列的第一个碱基是密码子的第一位么?

是的呢

发自小木虫IOS客户端
5楼2016-04-07 15:30:44
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solomon7811

新虫 (小有名气)

你做个blast看看其他毒株的序列是怎么样的?首先要确定你这个序列是你的目标序列吧?

发自小木虫Android客户端
6楼2016-04-07 17:45:36
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
做一个blastx,可知你的序列并不是完整的编码区,也就是说你翻译错了,你的序列正确的编码框是+3框,所以你后续的所有分析都是错的。
7楼2016-04-07 22:09:17
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