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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 一段序列的，生物信息学分析，求高手指导
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fengduyanyu

新虫 (正式写手)

[求助] 一段序列的，生物信息学分析，求高手指导 已有2人参与

自己做的orfv羊口疮病毒的研究，采集的病料经过pcr得到的序列经过测序，如下：ATGGATCCACCCGAAATCCTTGGCTTATAATCGTGGTTTGCCGAGGCCGCGGGACCAAGGAGGTGTTCCCCACGCTGCCG
TACCTAGTGGGCCTCGCCGACGACCCGCCCAAGCCTCAACCCGCACCTGCTCCCTCTCCTGCGCCAGCGCCTGCCCCAGC
GCCGGCCCCAGCTCCGTCACCGGCCCCTGCGCCGGCACCCAAGCCATCTCCTCCCGCGCCGCACCCCAAGGGCGACCACG
TGCTCAAGGCGGTGGAATGGAAAGACGTGGACTCCAAAGACTACCCGCACTTCTTCACGGACATGTGCAAGTCCACGTGT
CCGAAGGAGATGCAGCGCCGCGCGGCACACCACCTCAACCTTTGGGAGAGCATATCGGCCGGCACTGTCTCCACCAAGTA
CTCCGACAATGACTTCATCCTGGTGGTCGACAACGACATGACCTTCCGCAAGCCCGAGATGGTAAAGCCGCTCATCGAGG
CGATGAAGACGAACGGCTGGTACATGGCACAGCTCAAGGAGACCTACATGACCGGCGCGCTGGCCACCAACGTCCCCGGC
ACCGGCGACCCCGAGCTCATGGTCTACCCCGGCGGATACGACGTCTCGCTGGACGCCTACATCATCAACGTCGGCGGCAT
GAAGAAGCTCTACGACGCGATCATCAAGGATGGAGGGCTGCGCAGCGGCCTGCTCACCGAGGTGTTCACGCTAGAGAAGC
GGCTCTCTCTGGCGCGCGTGGTGCTCTCCGGCGCCGAGCAGGTGGTCTACCCTGAGTACTACATACAGGTGAAGACGCGG
CTCGGCGGCGCGCCCTCCCTGTGGTCGCTGCTCGCCACGTGGCTGGCGCGCTTCTGGCCCGGCGCCATCTACTTCCTCAC
CACGCCGCTCTTCTCCTTCATGGGGCTCTTCGACGTGGACGTGGTCGATGTTTTCATCCTGGCATACCTGCTGGTGCTCG
TGCTGCTGCTGCCGAACTCGCGGCTGCTGTGCCCTCATCGGTCCAGTCACGGCCATCGTGTGA
  共计1023bp，经过翻译得到331个氨基酸，但是中间有9个终止密码子，对进行下一步的生物信息学分析造成很大影响，二级结构，跨膜结构等，我请教了一些人 ，也说没有见过这么多的…也没有合适的办法，特此请教。
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1楼 2016-04-06 20:53:38
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卡维斯

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
多测几个，是不是测序问题导致部分碱基不一致？
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2楼2016-04-06 21:01:57
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solomon7811

新虫 (小有名气)
你序列的第一个碱基是密码子的第一位么？

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3楼2016-04-07 00:04:41
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fengduyanyu

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡维斯 at 2016-04-06 21:01:57
多测几个，是不是测序问题导致部分碱基不一致？

测序了，几次应该没错了。

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4楼2016-04-07 15:30:03
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fengduyanyu

新虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by solomon7811 at 2016-04-07 00:04:41
你序列的第一个碱基是密码子的第一位么？

是的呢

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5楼2016-04-07 15:30:44
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solomon7811

新虫 (小有名气)
你做个blast看看其他毒株的序列是怎么样的？首先要确定你这个序列是你的目标序列吧？

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6楼2016-04-07 17:45:36
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
做一个blastx，可知你的序列并不是完整的编码区，也就是说你翻译错了，你的序列正确的编码框是+3框，所以你后续的所有分析都是错的。
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7楼2016-04-07 22:09:17
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