24小时热门版块排行榜    

查看: 986  |  回复: 7

whoisthis

铁虫 (小有名气)

[求助] 我想在酵母基因组中找一段大概5kb长,CG%<30%的序列,应该如何实现?

我想在酵母基因组中找一段大概5kb长,CG%<30%的序列,应该如何实现?
用什么生物信息学方法或用什么软件?
回复此楼

» 猜你喜欢

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
whoisthis: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-01-11 13:14:55
没做过。不过要我做的话,会选用2个途径:
1)用biomart来搜
2)下载全基因组序列,写个小perl程序,用sliding window的办法 (window size 5000, step size 100),看GC含量的变化
2楼2013-01-11 07:48:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

战歌2008

银虫 (小有名气)

马克一下,也想知道
3楼2013-01-11 11:03:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whoisthis

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2013-01-11 07:48:44
没做过。不过要我做的话,会选用2个途径:
1)用biomart来搜
2)下载全基因组序列,写个小perl程序,用sliding window的办法 (window size 5000, step size 100),看GC含量的变化

求biomart的方法详解~

请赐教
4楼2013-01-11 12:30:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whoisthis

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2013-01-11 07:48:44
没做过。不过要我做的话,会选用2个途径:
1)用biomart来搜
2)下载全基因组序列,写个小perl程序,用sliding window的办法 (window size 5000, step size 100),看GC含量的变化

思路, 其实就是p几段序列, 分别含同的GC%, 不过在Saccharomyces cerevisiae里面, 肉眼暂时没找到GC%<30的片段~
5楼2013-01-11 13:18:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by whoisthis at 2013-01-11 12:30:22
求biomart的方法详解~

请赐教...

我只知道biomart是个很灵活的数据库,可以查很多东西,但是不肯定可以不可以查GC含量,所以让你去试试。
6楼2013-01-11 17:42:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whoisthis

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by wizardfan at 2013-01-11 17:42:48
我只知道biomart是个很灵活的数据库,可以查很多东西,但是不肯定可以不可以查GC含量,所以让你去试试。...

perl 没有大型机能运行吗?

我只会VBscript, 我打算用VBscript写个小脚本慢慢跑
7楼2013-01-12 16:37:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by whoisthis at 2013-01-12 16:37:14
perl 没有大型机能运行吗?

我只会VBscript, 我打算用VBscript写个小脚本慢慢跑...

perl现在基本上linux上都装了,unix应该也可以跑。不明白你说的大型机是啥意思。
8楼2013-01-12 18:20:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 whoisthis 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +5 yuleib84 2026-08-19 6/300 2026-08-21 08:25 by gltch
[基金申请] 时间戳今天,20号变了 +4 archvillain 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:10 by gatelove
[基金申请] 基金啊基金 +3 longfie172 2026-08-20 3/150 2026-08-21 00:04 by wuchongjun
[基金申请] 言之凿凿,明天官网会通知放榜? +15 医学老男孩 2026-08-20 17/850 2026-08-20 20:35 by CaoLG
[基金申请] 时间戳又变了 +12 wuchongjun 2026-08-20 17/850 2026-08-20 20:05 by spzhao
[基金申请] 今天系统多次维护,明天很可能放榜! +10 zju2000 2026-08-16 11/550 2026-08-20 20:02 by cl479861084
[基金申请] 时间戳变了,能看出什么问题? +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +14 kkkl_v 2026-08-19 15/750 2026-08-20 08:21 by sunzitan
[基金申请] filecode,4个jtjc了 +11 ziyangfang 2026-08-19 13/650 2026-08-19 21:28 by aasahr
[教师之家] 为什么余额宝的年化利率越来越低?主要原因有哪些? +5 瞬息宇宙 2026-08-15 5/250 2026-08-19 20:23 by super2002521
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +10 wangze12014 2026-08-14 12/600 2026-08-19 16:56 by 苦难博士
[基金申请] 2027广东省杰青 +4 奶牛小黑 2026-08-15 10/500 2026-08-19 11:02 by wanfengnew
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 什么时候开奖? +6 CrisMessi 2026-08-18 6/300 2026-08-19 08:06 by Equinoxhua
[基金申请] 明天放榜? +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[论文投稿] 投稿咨询 +4 wwm09 2026-08-17 6/300 2026-08-18 15:36 by wwm09
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
[精细化工] 招聘 金属平磨液,抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
信息提示
请填处理意见