查看: 1049  |  回复: 7

whoisthis

铁虫 (小有名气)

[求助] 我想在酵母基因组中找一段大概5kb长,CG%<30%的序列,应该如何实现?

我想在酵母基因组中找一段大概5kb长,CG%<30%的序列,应该如何实现?
用什么生物信息学方法或用什么软件?
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
whoisthis: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-01-11 13:14:55
没做过。不过要我做的话,会选用2个途径:
1)用biomart来搜
2)下载全基因组序列,写个小perl程序,用sliding window的办法 (window size 5000, step size 100),看GC含量的变化
2楼2013-01-11 07:48:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

战歌2008

银虫 (小有名气)

马克一下,也想知道
3楼2013-01-11 11:03:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whoisthis

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2013-01-11 07:48:44
没做过。不过要我做的话,会选用2个途径:
1)用biomart来搜
2)下载全基因组序列,写个小perl程序,用sliding window的办法 (window size 5000, step size 100),看GC含量的变化

求biomart的方法详解~

请赐教
4楼2013-01-11 12:30:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whoisthis

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2013-01-11 07:48:44
没做过。不过要我做的话,会选用2个途径:
1)用biomart来搜
2)下载全基因组序列,写个小perl程序,用sliding window的办法 (window size 5000, step size 100),看GC含量的变化

思路, 其实就是p几段序列, 分别含同的GC%, 不过在Saccharomyces cerevisiae里面, 肉眼暂时没找到GC%<30的片段~
5楼2013-01-11 13:18:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by whoisthis at 2013-01-11 12:30:22
求biomart的方法详解~

请赐教...

我只知道biomart是个很灵活的数据库,可以查很多东西,但是不肯定可以不可以查GC含量,所以让你去试试。
6楼2013-01-11 17:42:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whoisthis

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by wizardfan at 2013-01-11 17:42:48
我只知道biomart是个很灵活的数据库,可以查很多东西,但是不肯定可以不可以查GC含量,所以让你去试试。...

perl 没有大型机能运行吗?

我只会VBscript, 我打算用VBscript写个小脚本慢慢跑
7楼2013-01-12 16:37:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by whoisthis at 2013-01-12 16:37:14
perl 没有大型机能运行吗?

我只会VBscript, 我打算用VBscript写个小脚本慢慢跑...

perl现在基本上linux上都装了,unix应该也可以跑。不明白你说的大型机是啥意思。
8楼2013-01-12 18:20:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 whoisthis 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[有机交流] OpenAI又攻克数学难题了,离AI做有机合成还有多远? +4 wangyl_123 2026-10-10 8/400 2026-10-12 18:09 by wangyl_123
[教师之家] 课题组会帮你通过考核么? +3 好运来~9527 2026-10-10 6/300 2026-10-12 14:55 by 简单化xn
[公派出国] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:34 by XQNyDCa1Tk5n
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:15 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 22:11 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:06 by XQNyDCa1Tk5n
[基金申请] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:06 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 14:25 by VOMexwnDzOFZ
[教师之家] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 (EPI+-1)(金币-50) +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 14:05 by VOMexwnDzOFZ
[考研] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:51 by VOMexwnDzOFZ
[硕博家园] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:45 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:54 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:34 by VOMexwnDzOFZ
[考博] 招收博士生一名 +3 mandolin 2026-10-10 3/150 2026-10-11 10:21 by 不是山谷!
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 4/200 2026-10-11 03:14 by M0zrYVSAnxpE
[有机交流] 各位大佬,路线设计求助 +6 zapen 2026-10-08 8/400 2026-10-10 15:59 by zapen
[基金申请] 入职后第一次管课题组的专利缴费,对账才发现官费比别人多掏了一倍 +5 13108017953 2026-10-08 5/250 2026-10-10 11:15 by wdwd123
[有机交流] 我应该选哪条合成路线让实验成功率高一些? +5 jing816y 2026-10-08 9/450 2026-10-10 09:05 by zapen
信息提示
请填处理意见