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whoisthis

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[求助] 我想在酵母基因组中找一段大概5kb长，CG%<30%的序列，应该如何实现？

我想在酵母基因组中找一段大概5kb长，CG%<30%的序列，应该如何实现？
用什么生物信息学方法或用什么软件？

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1楼 2013-01-11 00:21:33

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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

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【答案】应助回帖

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whoisthis: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-01-11 13:14:55

没做过。不过要我做的话，会选用2个途径：
1）用biomart来搜
2）下载全基因组序列，写个小perl程序，用sliding window的办法（window size 5000, step size 100），看GC含量的变化

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2楼2013-01-11 07:48:44

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战歌2008

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马克一下，也想知道

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3楼2013-01-11 11:03:55

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引用回帖:

2楼: Originally posted by wizardfan at 2013-01-11 07:48:44
没做过。不过要我做的话，会选用2个途径：
1）用biomart来搜
2）下载全基因组序列，写个小perl程序，用sliding window的办法（window size 5000, step size 100），看GC含量的变化

求biomart的方法详解~

请赐教

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4楼2013-01-11 12:30:22

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