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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 我想在酵母基因组中找一段大概5kb长，CG%<30%的序列，应该如何实现？
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whoisthis

铁虫 (小有名气)

[求助] 我想在酵母基因组中找一段大概5kb长，CG%<30%的序列，应该如何实现？

我想在酵母基因组中找一段大概5kb长，CG%<30%的序列，应该如何实现？
用什么生物信息学方法或用什么软件？
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1楼 2013-01-11 00:21:33
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
whoisthis: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-01-11 13:14:55
没做过。不过要我做的话，会选用2个途径：
1）用biomart来搜
2）下载全基因组序列，写个小perl程序，用sliding window的办法 （window size 5000, step size 100），看GC含量的变化
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2楼2013-01-11 07:48:44
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战歌2008

银虫 (小有名气)
马克一下，也想知道
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3楼2013-01-11 11:03:55
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whoisthis

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2013-01-11 07:48:44
没做过。不过要我做的话，会选用2个途径：
1）用biomart来搜
2）下载全基因组序列，写个小perl程序，用sliding window的办法 （window size 5000, step size 100），看GC含量的变化

求biomart的方法详解~

请赐教
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4楼2013-01-11 12:30:22
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whoisthis

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2013-01-11 07:48:44
没做过。不过要我做的话，会选用2个途径：
1）用biomart来搜
2）下载全基因组序列，写个小perl程序，用sliding window的办法 （window size 5000, step size 100），看GC含量的变化

思路, 其实就是p几段序列, 分别含同的GC%, 不过在Saccharomyces cerevisiae里面, 肉眼暂时没找到GC%<30的片段~
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5楼2013-01-11 13:18:59
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by whoisthis at 2013-01-11 12:30:22
求biomart的方法详解~

请赐教...

我只知道biomart是个很灵活的数据库，可以查很多东西，但是不肯定可以不可以查GC含量，所以让你去试试。
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6楼2013-01-11 17:42:48
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whoisthis

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wizardfan at 2013-01-11 17:42:48
我只知道biomart是个很灵活的数据库，可以查很多东西，但是不肯定可以不可以查GC含量，所以让你去试试。...

perl 没有大型机能运行吗?

我只会VBscript, 我打算用VBscript写个小脚本慢慢跑
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7楼2013-01-12 16:37:14
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by whoisthis at 2013-01-12 16:37:14
perl 没有大型机能运行吗?

我只会VBscript, 我打算用VBscript写个小脚本慢慢跑...

perl现在基本上linux上都装了，unix应该也可以跑。不明白你说的大型机是啥意思。
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8楼2013-01-12 18:20:13
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